论文摘要
长期以来,生物信息技术被认为是辅助研究复杂的生物学现象、加速生物医学研究最具潜力的方法之一。然而生物信息技术具有跨学科的特点,其中复杂的数学计算、逻辑推导、数据可视化往往令生物学家望而却步。现已有的分析、推理算法的程序繁多,各种独立的小型软件也可谓众多。因此研究和开发一套面向生物学家的通用的计算和仿真软件平台有重要意义。BioLAB 是直接针对这一需要,而开发一套可用于进行分子、细胞和器官等层次的生物功能信息整合、计算模拟和可视化的通用软件平台。根据生物学研究需要将计算机辅助工作进行粒度划分成为独立的工作节点,然后通过组合工作节点形成业务流程。这样独立的工作节点就成为复用的单位,并可以整合已有的软件资源。BioLAB系统提供简单的工作节点接口,便于系统的增添工作节点库,对BioLAB 进行扩展。本文讲述了生物学平台软件BioLAB 的开发和实现过程。BioLAB 是基于三层体系结构来构建的分布式系统,并使用工作流技术来实现系统的业务逻辑层以达到整合、复用、可扩展的特点。另外由于软件使用对象是生物学家和相关研究人员,BioLAB提供简易的操作方式,便于学习使用。BioLAB 系统的开发是在充分考虑到生物学家对生物信息学相关计算机辅助的多方面、多层次需求的基础上完成的。开发中使用到J2EE、XML、Web Portal 等技术。软件具有易操作性,并实现了可扩展性,可重用性以及可整合性。
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