基于DDRT-PCR法的籽粒苋在镉胁迫下基因差异表达分析

基于DDRT-PCR法的籽粒苋在镉胁迫下基因差异表达分析

论文摘要

籽粒苋(Amaranthus hypochondriacus)是粮、饲、肥菜兼用型的优质、高产、高效的多功能作物,也是一种很有开发价值的生物钾源。工业生产活动使地球上的部分土壤被重金属污染,这已成为深受全球关注的环境问题,而镉(Cd)是被列为我国优先控制污染的8种重金属元素之一。植物修复技术是目前经济有效的重金属污染土壤修复方法之一,能富集和耐受Cd的籽粒苋成为应用此技术进行Cd污染防治的关注热点。本研究首次将技术成熟的差异显示PCR技术应用于籽粒苋Cd胁迫环境下的差异表达基因的筛选。本实验意图将在Cd胁迫环境下有表达变化的基因片段作为以后籽粒苋富集和耐受Cd的机理研究的基础,对Cd污染防治做出一定的贡献。通过实验得到了以下结果:1.籽粒苋储存材料RNA提取效果优于鲜样,而籽粒苋叶、根、果部位的RNA提取效果均优于茎部位的RNA提取效果。2.通过均匀设计法对DDRT-PCR的PCR体系的优化结果显示,Mix体系PCR优化条件为:cDNA 1μL,退火温度40.8℃,35个循环。酶体系PCR优化条件为:cDNA 1.5μL, dNTP 2 μL, Mg2+1 μL, Taq酶2 μL,退火温度为45℃,45个循环。3.通过引物筛选,确定了进行研究所需的引物组合:适用于叶部位材料的5条引物(RP18、RP19、RP20、RP23、RP24)与AP1、AP2、AP3的引物组合,以及适用于根和果部位的7条引物(RP8、RP14、RP18、RP19、RP20、RP23、RP24)与AP1、AP2、AP3的引物组合。将籽粒苋的根、果、叶三个部位的材料分为对照组和处理组(Cd胁迫)进行实验,电泳结果显示,处理组与对照组的基因表达存在上调表达、下调表达、常量表达三种表达量变化。籽粒苋Cd胁迫下DNA聚合酶Ⅲ基因表达呈上调表达变化,而SSA基因、假定蛋白MTR、β-葡萄糖苷酶基因呈下调表达。推测是由于Cd胁迫导致机体遗传物质代谢受损,DNA聚合酶Ⅲ表达量上升,植物机体遗传分子复制机制机制更加活跃,弥补胁迫带来的损伤。而SSA蛋白的表达下降,植物有衰老迹象,但同时诱发了ACC合成酶和ACC氧化酶的表达量的同步降低,直接有效抑制乙烯的生物合成,延缓成熟,抵御植物Cd胁迫带来的生物活性的降低和衰退。假定蛋白MTR表达量下降,通过叶酸调节细胞物质代谢。而β-葡萄糖苷酶表达量降低,影响ABA的表达量,从而调节植物体的生长代谢水平。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1. 绪论
  • 1.1 研究背景及意义
  • 1.2 国内外研究现状和发展趋势
  • 1.2.1 Cd污染的危害
  • 1.2.2 Cd胁迫机制
  • 1.2.3 籽粒苋富集重金属的研究
  • 1.2.4 研究方法
  • 2. 技术路线
  • 3. 材料和方法
  • 3.1 实验材料
  • 3.1.1 材料的处理
  • 3.1.2 实验器材
  • 3.1.3 实验试剂盒
  • 3.1.4 实验试剂
  • 3.2 籽粒苋总RNA的提取及完整性检测
  • 3.2.1 准备工作
  • 3.2.2 RNA的提取
  • 3.2.3 去除基因组污染
  • 3.3 逆转录RNA合成cDNA的第一条链
  • 3.4 cDNA的PCR扩增
  • 3.4.1 PCR引物的筛选
  • 3.4.2 PCR条件的优化
  • 3.5 目的条带的回收
  • 3.6 目的片段与载体的链接
  • 3.7 载体的转化
  • 3.8 转化子的筛选及检测
  • 3.9 目的片段的测序与对比分析
  • 4. 结果与分析
  • 4.1 不同材料RNA提取效果
  • 4.2 不同部位RNA提取效果
  • 4.3 均匀设计优化PCR条件
  • 4.3.1 Mix反应体系PCR条件优化
  • 4.3.2 酶体系均匀设计PCR
  • 4.4 引物组合的筛选
  • 4.5 测序结果分析
  • 4.5.1 叶AP1-RP24测序结果分析
  • 4.5.2 叶AP2-RP24测序结果分析
  • 4.5.3 根AP1-RP24测序结果分析
  • 4.5.4 果AP1-RP24测序结果分析
  • 5. 讨论与结论
  • 5.1 籽粒苋RNA的提取
  • 5.2 PCR体系条件优化
  • 5.3 相关基因功能分析
  • 5.4 结论
  • 6. 创新点
  • 参考文献
  • 致谢
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