蛋白质半合理设计改变古菌Aeropyrum pernix K1酰基氨酰肽酶/酯酶的底物特异性

蛋白质半合理设计改变古菌Aeropyrum pernix K1酰基氨酰肽酶/酯酶的底物特异性

论文摘要

来源于古菌Aeropyrum pernix K1的酰基氨酰肽酶/酯酶(APE1547)具有超常的热稳定性和双酶活力(酯酶/肽酶)。应用半合理设计的方法对其底物选择性和催化机制进行研究,有助于揭示酶的分子进化机制,促进酶的工业应用。本文应用Error Prone-PCR构建随机突变库,经过两轮随机突变对共约5000株克隆的筛选,获得了酯酶活力提高约6倍的突变体。基因序列测定表明:第一代突变体含有突变R526S,比活力较野生型提高约1.5倍;第二代突变体含有3个新增突变位点E88G、A200T和I519L,其比活力较第一代突变体无变化,表达量较第一代突变体提高约4倍。进化突变体序列和结构分析表明,R526位点在整个脯氨酸寡肽酶家族中高度保守,已有研究表明它是肽底物与酶的S2-P2作用的关键位点。对该位点饱和突变结果显示,突变体的肽酶和酯酶活力发生了明显变化,疏水残基(I、V和L)能够使酯酶活力明显提高,肽酶活力明显降低。通过测定野生型与突变体分步速率和构建酶-底物相互作用的计算机模型,深入地探讨了R526位点对APE1547活性中心及催化机制的影响,确定了R526位点是APE1547肽酶和酯酶活力分歧进化中的标志性位点。

论文目录

  • 第一章 前言
  • 第一节 极端微生物及嗜热古菌简介
  • 第二节 酯酶简介
  • 1. 酯酶及其分类
  • 2. 酯酶的应用
  • 第三节 脯氨酸寡肽酶简介
  • 1. 生理活性
  • 2. 结构特征
  • 3. 活性中心
  • 4. 底物选择性
  • 5. 动力学特征
  • 第四节 酰基氨酰肽酶简介
  • 1. 酰基氨酰肽酶研究简介
  • 2. 催化机制
  • (1) 催化三联体与过渡态
  • (2) 稳定过渡态的氧阴离子穴
  • 第五节 酶的理性设计与非理性设计
  • 1. 蛋白质的理性设计
  • 2. 酶的定向进化
  • (1) 定向进化的原理及目的
  • (2) 定向进化中突变文库的构建方法
  • (3) 突变基因的筛选和选择
  • (4) 酶的定向进化的应用
  • 3. 蛋白质工程改造脂肪酶
  • 4. 蛋白质工程改造蛋白酶
  • 5. 蛋白质的半合理设计
  • (1) 基于结构的有选择的随机突变
  • (2) 随机突变后的定点饱和突变
  • (3) 随机突变与定点饱和突变同步
  • (4) 计算机辅助的半合理设计
  • 第六节 本论文立题依据
  • 参考文献
  • 第二章 定向进化提高APE1547 的酯酶活力
  • 第一节 序言
  • 第二节 实验材料
  • 1. 质粒和菌种
  • 2. 试剂
  • 3. 仪器
  • 4. 溶液配置
  • 第三节 实验方法
  • 1. 野生单克隆库的构建及酯酶活力的测定
  • 2. 筛选方法灵敏性的统计学分析
  • 3. 随机突变库的构建与筛选
  • (1) 目的基因的制备
  • (2) 载体的制备
  • (3) 目的基因与载体的连接
  • (4) 突变库的构建
  • (5) 随机突变库的筛选
  • 4. 野生型与阳性突变体的纯化
  • 5. 酯酶活力的测定
  • 6. 核酸序列测定
  • 7. 酶学性质表征
  • (1) 最适温度的测定
  • (2) 热稳定性测定
  • (3) 最适pH 和催化基团解离常数的测定
  • (4) 突变位点结构分析
  • 第四节 实验结果
  • 1. 酶标板筛选灵敏性的统计学分析
  • 2. 随机突变库的构建
  • (1) Error-Prone PCR 模板制备
  • (2) Error-Prone PCR
  • (3) 随机突变库的随机突变率评估
  • 3. 进化突变体的获得
  • (1) 突变库的筛选、阳性突变体纯化和活力测定
  • (2) 野生型和突变体肽酶/酯酶活力比较
  • 4. 野生型和阳性突变体酶学性质的表征
  • (1) 突变体的热稳定性
  • (2) 温度对野生型和突变体催化活力的影响
  • (3) pH 对野生型和突变体活力影响和催化残基解离常数的测定
  • 第五节 讨论
  • 第六节 小结
  • 参考文献
  • 第三章 理性设计提高APE1547 酯酶活力
  • 第一节 序言
  • 第二节 实验材料
  • 1. 菌种和质粒
  • 2. 试剂
  • 3. 仪器
  • 4. 溶液配置
  • 第三节 实验方法
  • 1. 同源序列比对
  • 2. 三级结构比对
  • 3. 改进的全质粒PCR(定点饱和突变)
  • 4. 蛋白质纯化和米氏常数测定
  • 5. 限速步骤的确定
  • 6. 分步速率与对应活化能的计算
  • 7. 模型构建
  • 第四节 实验结果
  • 1. 序列和结构同源性比对
  • 2. R526 位点的饱和突变
  • 3. 突变体的纯化及突变体的动力学分析
  • 4. 突变体和野生型分步速率与对应活化能
  • 5. 酶与底物复合物计算机模建及分子动力学模拟
  • 第五节 讨论
  • 第六节 小结
  • 参考文献
  • 论文创新点
  • 作者简历
  • 中文摘要
  • Abstract
  • 致谢
  • 相关论文文献

    • [1].古菌或为人类终极祖先[J]. 中国科学基金 2020(02)
    • [2].调水和季节变化对河流沉积物古菌群落的影响[J]. 中国环境科学 2020(03)
    • [3].滨海化工园区海域沉积物古菌多样性及其影响因素研究[J]. 海洋环境科学 2020(04)
    • [4].泉古菌醇与绿素在东海陆架区的分布及关系研究[J]. 微生物学报 2019(01)
    • [5].棉花长期连作对新疆农田土壤古菌群落演替的影响[J]. 生态环境学报 2019(04)
    • [6].中国近海区域古菌群落结构研究概述[J]. 海洋科学 2019(05)
    • [7].古菌研究进展[J]. 安徽农业科学 2018(28)
    • [8].滨海深古菌的研究进展[J]. 微生物学通报 2017(07)
    • [9].湛江湾表层水体海洋类群Ⅱ古菌的基因组分析[J]. 广东海洋大学学报 2020(06)
    • [10].古菌、生命树和真核细胞的功能演化[J]. 中国科学:地球科学 2019(07)
    • [11].深古菌门的核心代谢功能和热环境起源[J]. Engineering 2019(03)
    • [12].极端嗜酸热古菌Acidianus manzaensis胞外硫活化蛋白质基因的筛选及鉴定[J]. 生物技术通报 2016(12)
    • [13].中国南海北部陆坡沉积物古菌多样性及丰度分析[J]. 微生物学通报 2017(07)
    • [14].超嗜热古菌整合性遗传元件的研究进展[J]. 微生物学报 2017(09)
    • [15].嗜盐古菌分类学研究进展[J]. 微生物学通报 2016(05)
    • [16].古菌——生命的第三种形式[J]. 大自然 2008(06)
    • [17].佛斯特拉古菌门(Verstraetearchaeota)研究进展[J]. 生物资源 2020(05)
    • [18].古菌蛋白质修饰研究进展[J]. 微生物学通报 2014(03)
    • [19].氨氧化古菌的生态学研究进展[J]. 微生物学报 2010(04)
    • [20].灌木林土壤古菌群落结构对地表野火的快速响应[J]. 生态学报 2010(24)
    • [21].长期不同施肥黑土细菌和古菌群落结构及主效影响因子分析[J]. 植物营养与肥料学报 2015(06)
    • [22].基于高通量测序分析的大鹏澳海域沉积物古菌群落结构初步研究[J]. 南方水产科学 2015(06)
    • [23].九龙江-河口表层沉积物中古菌脂类的空间分布特征[J]. 中国科学:地球科学 2016(06)
    • [24].放射污染区古菌分离及多样性分析[J]. 微生物学通报 2014(07)
    • [25].新疆罗布泊地区可培养嗜盐古菌多样性及其功能酶筛选[J]. 微生物学报 2011(09)
    • [26].腾冲两热泉泉古菌多样性及系统发育的初步分析[J]. 微生物学通报 2008(03)
    • [27].南海三沙永乐龙洞古菌群落结构与多样性特征[J]. 海洋与湖沼 2018(06)
    • [28].辽河口芦苇湿地细菌和古菌群落周期日变化特征[J]. 中国环境科学 2019(02)
    • [29].不同质量窖泥古菌群落的研究[J]. 酿酒科技 2015(02)
    • [30].超嗜热古菌基因组的热稳定性[J]. 生命科学 2014(01)

    标签:;  ;  ;  ;  ;  ;  

    蛋白质半合理设计改变古菌Aeropyrum pernix K1酰基氨酰肽酶/酯酶的底物特异性
    下载Doc文档

    猜你喜欢