应用PCR-DGGE和454焦磷酸测序分析儿童龋病相关口腔菌群多样性

论文摘要

口腔微生物在维持口腔内环境稳定上起非常重要的作用。龋病是非常常见的一种牙齿疾病,特别是在幼儿期。然而对于患有龋病的儿童口腔内微生物整个菌群结构和动力学研究至今仍未被清晰的阐明。在本实验中,利用PCR-DGGE与454高通量焦磷酸测序技术相结合,对患有龋病儿童（CAC,下同）和无龋病儿童（CFC,下同）口腔内的微生物菌群进行多样性的比较分析。收集这些儿童的唾液和牙菌斑,提取DNA。设计通用引物测序扩增16S rDNA基因V3变异区进行测序和DGGE分析。测序总计得到186787条序列和41905个单一序列,经鉴定细菌来源10个门的200多个属。研究结果显示来自CFC和CAC的细菌可以聚成两个簇和若干个种型,在龈上菌斑中Streptococcus（连锁状球菌属）,Veillonella（韦荣球菌属）,Actinomyces（放线菌属）,Granulicatella（颗粒链菌属）,Leptotrichia（纤毛菌属）和Thiomonas（硫单胞菌属）与龋病有关,这些细菌相互作用,逐渐破坏生态平衡,最终导致龋病的发生。我们无法找到一个单一的致病菌但是发现了对龋病发生有着显著相关的致病菌群,而且这些致病菌群有可能成为干预龋病发生的目标。

论文目录

• 致谢
• 目录
• 缩写词（Abbreviation）
• 摘要
• Abstract
• 引言
• 第一章 文献综述
• 1.1 口腔微生物的研究
• 1.1.1 微生物研究的进程
• 1.1.2 龋病的介绍
• 1.1.3 口腔龋病的研究
• 1.1.4 龋病的发病机理
• 1.1.5 形成龋病的内外在因素
• 1.1.6 龋病的诊断及预防
• 1.2 分子生物学方法在微生物领域的应用
• 1.2.1 16S核糖体DNA（16S rDNA）
• 1.2.2 PCR-DGGE
• 1.2.3 454焦磷酸测序技术
• 第二章 样本采集及PCR扩增细菌16S rDNA基因
• 2.1 材料和方法
• 2.1.1 取样
• 2.1.2 核酸的抽提
• 2.1.3 核酸的测定
• 2.1.4 PCR扩增
• 2.2 结果与分析
• 2.2.1 样品收集情况统计
• 2.2.2 PCR扩增结果
• 第三章 DGGE图谱分析口腔菌群多样性
• 3.1 材料和方法
• 3.1.1 引物的设计和PCR反应条件
• 3.1.2 琼脂糖电泳
• 3.1.3 割胶回收
• 3.1.4 DGGE电泳
• 3.1.5 DGGE条带鉴定
• 3.1.6 DGGE图谱分析
• 3.2 结果和分析
• 3.2.1 含有GC夹子的PCR扩增结果
• 3.2.2 DGGE图谱分析
• 第四章 454焦磷酸测序对口腔菌群多样性分析
• 4.1 材料和方法
• 4.1.1 测序样品的准备
• 4.1.2 454测序结果预处理
• 4.1.3 序列的比对和聚类
• 4.1.4 统计学分析OTUs的丰度:rarefaction曲线,Chao1和ACE
• 4.2 结果与分析
• 4.2.1 bacorde的设计
• 4.2.2 454测序得到的数据的特征
• 4.2.3 CAC和CFC口腔菌群的丰度和分类
• 4.2.4 根据焦磷酸测序结果分析口腔菌群组成和分布
• 第五章 讨论
• 第六章 结论和展望
• 参考文献
• 附件（一） 收样情况及核酸提取记录表
• 个人简历