本文主要研究内容
作者丁婷婷,张红,罗杰,刘晓曦,马虎（2019）在《基于生物信息学技术对结直肠癌相关lncRNA、miRNA和mRNA的筛选及其部分生物学功能的分析》一文中研究指出：目的:筛选TCGA数据库中结直肠癌(CRC)差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,探讨其与CRC预后的关系及相关生物学功能。方法:从TCGA数据库中下载CRC样本的RNA测序(RNA-Seq)数据及miRNA-Seq数据并进行分析,利用R程序筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和m RNA。通过miRcode、TargetScan和miRTarbase 3个数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析整合,构建CRC中的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。用Kaplan-Meier法分析ceRNA网络中的lncRNA、miRNA和mRNA表达量与患者生存预后的关系,后用GSEA功能富集分析软件分析出参与CRC发生发展的信号通路。结果:共鉴定出CRC中614个差异表达的lncRNA、244个差异表达的miRNA、12 672个差异表达的mRNA;构建了由139个lncRNA、37个miRNA和228个mRNA组成的ceRNA网络;发现有58个lncRNA、23个miRNA、150个mRNA与CRC的预后相关。GSEA富集分析结果显示,mRNA主要参与Notch、Hedgehog和TGF-β等信号通路。结论:成功构建CRC相关ce RNA网络,并筛选出与CRC预后相关的lncRNA、miRNA和mRNA,为后续深入开展CRC的临床研究及基础实验研究提供有价值的前期基础。
Abstract
mu de :shai shua TCGAshu ju ku zhong jie zhi chang ai (CRC)cha yi biao da de lncRNA、miRNAhe mRNA,tan tao ji yu CRCyu hou de guan ji ji xiang guan sheng wu xue gong neng 。fang fa :cong TCGAshu ju ku zhong xia zai CRCyang ben de RNAce xu (RNA-Seq)shu ju ji miRNA-Seqshu ju bing jin hang fen xi ,li yong Rcheng xu shai shua chu cha yi biao da de lncRNA、miRNAhe m RNA。tong guo miRcode、TargetScanhe miRTarbase 3ge shu ju ku dui cha yi biao da de RNAzhi jian de guan ji jin hang fen xi zheng ge ,gou jian CRCzhong de lncRNA-miRNA-mRNA ceRNAwang lao 。yong Kaplan-Meierfa fen xi ceRNAwang lao zhong de lncRNA、miRNAhe mRNAbiao da liang yu huan zhe sheng cun yu hou de guan ji ,hou yong GSEAgong neng fu ji fen xi ruan jian fen xi chu can yu CRCfa sheng fa zhan de xin hao tong lu 。jie guo :gong jian ding chu CRCzhong 614ge cha yi biao da de lncRNA、244ge cha yi biao da de miRNA、12 672ge cha yi biao da de mRNA;gou jian le you 139ge lncRNA、37ge miRNAhe 228ge mRNAzu cheng de ceRNAwang lao ;fa xian you 58ge lncRNA、23ge miRNA、150ge mRNAyu CRCde yu hou xiang guan 。GSEAfu ji fen xi jie guo xian shi ,mRNAzhu yao can yu Notch、Hedgehoghe TGF-βdeng xin hao tong lu 。jie lun :cheng gong gou jian CRCxiang guan ce RNAwang lao ,bing shai shua chu yu CRCyu hou xiang guan de lncRNA、miRNAhe mRNA,wei hou xu shen ru kai zhan CRCde lin chuang yan jiu ji ji chu shi yan yan jiu di gong you jia zhi de qian ji ji chu 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自中国肿瘤生物治疗杂志的丁婷婷,张红,罗杰,刘晓曦,马虎，发表于刊物中国肿瘤生物治疗杂志2019年10期论文，是一篇关于结直肠癌论文,竞争性内源网络论文,数据库论文,功能富集分析论文,预后分析论文,中国肿瘤生物治疗杂志2019年10期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自中国肿瘤生物治疗杂志2019年10期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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