基于线粒体细胞色素b基因的大沙鼠系统地理格局

论文摘要

大沙鼠（Rhombomys opimus）是西北干旱区荒漠、半荒漠的典型鼠种。研究大沙鼠的系统地理学对于理解蒙新区生物多样性的起源与演化以及干旱环境的演变过程具有重要的意义。通过内蒙、新疆、甘肃的41个大沙鼠样品和1个伊朗撒拉克mtDNA的细胞色素b基因全序列遗传分析，对我国大沙鼠的分子系统地理学进行了初步探讨。结果表明，我国41个样品的cyt b基因包含了50个核苷酸变异位点（占全序列的4．39％），其中，转换48个，颠换2个，共定义23个单倍型。各地理种群的单倍型多样性高，核苷酸多样性低，遗传变异在种群间和种群内均有发生。FST统计结果表明，除内蒙古中部半荒漠区地理种群与新疆北疆地区地理种群之间差异显著外（P＜0．05），其它地理种群间的差异均极显著（P＜0．01）。基于大沙鼠单倍型系统树（NJ树）显示，42只大沙鼠形成三支，其中，伊朗撒拉克地区大沙鼠和中国地区大沙鼠之间的亲缘关系比中国两支大沙鼠之间的亲缘关系远，分析表明，中国分布大沙鼠两支之间分歧时间估计在0．093Ma前。嵌套支分析表明，大沙鼠历史种群曾发生过异域片段化、受阻碍基因流和持续等种群扩张事件。种群扩张分析提示大沙鼠在0．0119Ma前经历一次种群扩张事件，种群可能受到末次冰期波动的影响。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 一、引言
• 1 蒙新区动物动物地理学研究概况
• 2 大沙鼠生物地理学研究现状
• 3 分子标记技术在分子系统地理学中的应用
• 3.1 分子系统地理学
• 3.2 分子标记技术
• 二、材料与方法
• 1 样品的采集和保存方法
• 1.1 器材和试剂的准备
• 1.1.1 野外器材和试剂
• 1.1.2 室内器材和试剂
• 1.2 标本的野外处理和保存
• 1.3 标本的制作
• 1.3.1 标本软化
• 1.3.2 皮张标本制作
• 1.3.3 头骨处理
• 1.3.4 组织样品保存
• 1.4 组织样品DNA的提取及扩增
• 1.5 遗传分析用样品保存方法的总结和展望
• 2 实验方法
• 2.1 实验试剂以及试剂配制
• 2.1.1 实验试剂
• 2.1.2 主要试剂的配制
• 2.2 实验仪器
• 2.3 实验材料
• 2.4 DNA的提取
• 2.4.1 酚氯仿抽提法提取步骤
• 2.4.2 UNIQ-10抽提试剂盒提取步骤
• 2.5 PCR扩增
• 2.6 胶回收和测序
• 2.7 DNA序列的处理和分析
• 2.7.1 种群遗传多样性
• 2.7.2 种群遗传差异和基因流水平
• 2.7.3 系统地理学分析
• 2.7.4 嵌套支分析
• 2.7.5 种群动态分析
• 三、研究结果
• 1 Cyt b基因序列变异和遗传多样性分析
• 2 种群结构分析
• 3 系统地理分析
• 4 嵌套支分析
• 四、讨论
• 1 大沙鼠的遗传多样性及种群结构
• 2 大沙鼠的系统地理学
• 3 小结
• 五、结论
• 参考文献
• 致谢
• 读研期间主要研究成果