牛LXRα、FIAF基因多态性及其与生长性状的相关性研究

论文摘要

本研究采用DNA测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对LXRα和FIAF两个候选基因在鲁西牛、郏县红牛、渤海黑牛、秦川牛、南阳牛和青海牦牛6个群体中共373个个体的遗传多态性进行检测,并分析了鲁西牛和郏县红牛基因遗传变异与其生长性状间的相关性,结果如下:1.牛LXRα基因遗传多态性分析在上述6个牛群体上对LXRα基因编码区进行遗传多态性检测,结果发现4处SNPs:LXRα-I1基因座1028T>C、LXRα-E2基因座1514T>C、LXRα-E4基因座2929G>A和LXRα-I5基因座3493T>C（与NC007313对照）,其中1514T>C位属于天冬氨酸的同义突变,2929G>A位属于脯氨酸的同义突变。1028T>C和1514T>C两个位点在5个黄牛群体中属于中度多态,青海牦牛群体中属于低度多态;2929G>A和3493T>C两个位点在6个牛群体中均属于低度多态。2.牛LXRα基因多态性与其生长性状间的关联分析牛LXRα基因遗传变异与鲁西牛和郏县红牛的体高、体重、体斜长等生长性状进行关联分析。对于LXRα-I1基因座,鲁西牛群体体高指标上TC基因型显著高于CC基因型（P<0.05）,体斜长指标上TC基因型极显著高于CC基因型（P<0.01）;郏县红牛群体不同基因型对生长性状的影响不显著（P>0.05）。对于LXRα-E2基因座,鲁西牛群体体高指标上TT基因型显著高于TC基因型（P<0.05）;郏县红牛群体体高、体斜长和腰角宽指标上TT基因型极显著高于TC基因型（P<0.01）,体重、胸围和腹围指标上TT基因型显著高于TC基因型（P<0.05）。对于LXRα-E4基因座,鲁西牛群体十字部高指标上GA基因型显著高于GG基因型（P<0.05）;郏县红牛群体不同基因型在各指标间差异不显著。对于LXRα-I5基因座,鲁西牛群体除坐骨端宽外的指标上TT基因型均显著高于CC基因型,这个结论有待进一步考证;郏县红牛群体不同基因型对各项指标差异不显著。3.牛FIAF基因遗传多态性分析应用PCR-SSCP和DNA测序技术在6个牛群体上FIAF基因编码区进行遗传多态性检测,结果发现3处SNPs:FIAF-E3基因座1422 T>C,属于亮氨酸>脯氨酸的错义突变;FIAF-E5基因座4899 C>T,属于丝氨酸的同义突变;FIAF-E6基因座5095 T>A,属于精氨酸的同义突变（对照NC007305）。其中1422 T>C位点仅鲁西牛和秦川牛群体属于中度多态,4899 C>T和5095 T>A两个位点在6个牛群体中均处于低度多态。4.牛FIAF基因多态性与其生长性状间的关联分析牛FIAF基因遗传变异与鲁西牛和郏县红牛的体高、体重、体斜长等生长性状进行关联分析。对于FIAF-E3基因座,鲁西牛群体体斜长、腰角宽和十字部高指标上TT基因型显著高于CC基因型（P<0.05）;郏县红牛群体在各项生长性状指标上差异都不显著。对于FIAF-E5和FIAF-E6基因座,鲁西牛和郏县红牛群体不同基因型对其生长性状的贡献差异不显著。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 肉牛业发展现状
• 1.2 主要黄牛品种简介
• 1.2.1 鲁西牛
• 1.2.2 郏县红牛
• 1.2.3 秦川牛
• 1.2.4 南阳牛
• 1.3 分子遗传标记
• 1.3.1 单核苷酸多态性
• 1.3.2 本试验所用的 SNPS 检测方法
• 1.4 候选基因研究进展
• 1.4.1 LXRα基因研究进展
• 1.4.2 FIAF 基因研究进展
• 第二章 材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 试验动物
• 2.1.2 体尺指标
• 2.2 主要仪器设备与试剂
• 2.3 试验方法
• 2.3.1 生物信息学分析
• 2.3.2 牛血样基因组DNA 的提取
• 2.3.3 基因组DNA 浓度的检测
• 2.3.4 构建混合样品DNA 池
• 2.3.5 PCR 扩增
• 2.3.6 PCR-SSCP
• 2.3.7 PCR-RFLP
• 2.4 统计分析方法
• 2.4.1 遗传多态性指标分析
• 2.4.2 关联分析统计模型
• 第三章 生物信息学分析
• 3.1 牛LXRα基因的生物信息学分析
• 3.1.1 牛与其他物种LXRα基因编码区序列的同源性分析
• 3.1.2 牛LXRα基因编码区基本信息分析
• 3.1.3 牛LXRα蛋白的氨基酸基本分析及理化性质
• 3.1.4 牛LXRα蛋白的二级结构
• 3.1.5 牛LXRα蛋白的高级结构
• 3.2 牛FIAF 基因的生物信息学分析
• 3.2.1 牛与其他物种FIAF 基因编码区序列的同源性分析
• 3.2.2 牛FIAF 基因编码区基本信息分析
• 3.2.3 牛FIAF 蛋白的氨基酸基本分析及理化性质
• 3.2.4 牛FIAF 蛋白的二级结构
• 3.2.5 牛FIAF 蛋白的高级结构
• 第四章 牛LXRα基因多态性及其与生长性状的关联分析
• 4.1 基因组DNA 样品的检测
• 4.2 牛LXRα基因的多态性检测
• 4.2.1 牛LXRα基因的PCR 扩增结果
• 4.2.2 牛LXRα基因SNPs 位点测序结果
• 4.2.3 牛 LXRα 基因的 PCR-RFLP 结果
• 4.2.4 牛 LXRα 基因的 PCR-SSCP 结果
• 4.3 牛LXRα基因遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 4.3.1 牛LXRα-I1 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 4.3.2 牛LXRα-E2 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 4.3.3 牛LXRα-E4 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 4.3.4 牛LXRα-I5 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 4.4 讨论
• 4.4.1 牛LXRα基因遗传变异研究
• 4.4.2 牛LXRα基因SNPs 与生长性状的关联分析
• 第五章 牛FIAF 基因多态性及其与生长性状的关联分析
• 5.1 牛FIAF 基因的多态性检测
• 5.1.1 牛 FIAF 基因的 PCR 扩增结果
• 5.1.2 牛 FIAF 基因 SNPs 位点测序结果
• 5.1.3 牛FIAF 基因的PCR-SSCP 结果
• 5.2 牛FIAF 基因遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 5.2.1 牛FIAF-E3 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 5.2.2 牛FIAF-E5 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 5.2.3 牛FIAF-E6 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析
• 5.3 讨论
• 5.3.1 牛FIAF 基因遗传变异研究
• 5.3.2 牛FIAF 基因SNPs 与生长性状的关联分析
• 第六章 结论与创新点
• 6.1 结论
• 6.2 创新点
• 参考文献
• 附录
• 附录1
• 附录2
• 附录3
• 致谢
• 作者简介