两个水稻卷叶基因的精细定位和克隆

两个水稻卷叶基因的精细定位和克隆

论文摘要

叶片是植物进行光合作用和呼吸作用的主要器官,对植物的生命活动起着重要的作用,叶片的发育作为植物形态建成的一个重要方面,关系到植物株型和农业产量的形成。水稻是世界上最重要的粮食作物之一,卷叶性状是超高产育种的一项重要形态指标。因此,探明卷叶形成的分子机理,不仅能使我们更多地了解水稻的叶发育机制,而且能帮助我们通过分子设计改良株型。利用60Co-γ射线辐射水稻品种中花11,在M2代获得了三份卷叶突变体:M425、M429和M475,在日本晴的组培后代中得到一份卷叶突变体M7。其中,M425和M7表型相似,叶片都表现筒状卷曲,且籽粒畸形;M429和M475两者表型相似,叶片半卷,籽粒增多呈密穗。本研究对这些卷叶突变体进行了形态观察、突变性状的遗传分析、基因的等位性检测及图位克隆,主要研究结果如下:一、水稻卷叶基因RL9的定位和克隆1、对叶片细胞结构进行电镜观察,发现rl9-1突变体(M425)叶片小维管束远轴面厚壁细胞缺失,叶肉细胞取而代之,近轴面特有的茸毛在远轴面也有分布,而且叶绿体发育异常,基粒片层排列紊乱。2、将rl9-1突变体与中花11配制杂交,F1植株叶片表现平展,F2中正常株和突变株的分离比符合3:1,表明突变性状受单隐性基因控制。3、利用rl9-1突变体与籼稻品种Dular杂交产生的F2和F3群体,运用SSR、STS和CAPS标记,将RL9基因定位在第9染色体PAC克隆AP005904上22kb的区段上;此外,利用图位克隆的方法分离了一个与rl9-1等位的突变基因rl9-2,来自突变体M7。4、通过基因预测发现,在RL9基因所在的22kb内,仅有一个候选基因,预测编码类似MYB的蛋白;对该基因的测序结果表明,rl9-1在第一个外显子中发生了5个碱基的缺失,引起移码:rl9-2在第一个内含子和第二个外显子的剪切位点处发生了1个碱基的替换,使内含子不能被正确剪切,引起RL9阅读框改变,导致RL9功能的丧失。5、通过RT-PCR的方法确定了RL9基因位于AP005904上103061-108515处,编码区长1134bp,编码377个氨基酸,包含6个外显子和5个内含子。6、将来自日本晴BAC克隆的全长RL9基因导入rl9-1突变体后,rl9-1恢复成野生型表型,证实RL9是控制M425卷叶性状的基因。7、半定量RT-PCR结果表明,RL9基因在植株所有器官中均有表达,在根、叶片和穗中的表达量较高,在茎和叶鞘中表达量较低。8、对RL9所编码的氨基酸序列进行分析发现,RL9含有一个GARP结构域。9、将RL9蛋白序列与数据库中已命名的GARP超家族成员进行多序列比对,以邻位相连法构建进化树,发现RL9与拟南芥KANADI同源,根据KANADI在拟南芥中的功能,结合RL9功能丧失突变在水稻中的表现,推测RL9控制叶片的远轴发育。10、将RL9与GFP融合在洋葱表皮瞬时表达,融合蛋白定位在细胞核内,表明RL9是一个转录因子。二、卷叶基因RL10的定位和克隆1、对叶片细胞结构进行电镜观察,发现rl10-1突变体(M429)叶片部分小维管束远轴面的厚壁细胞缺失,并有少量类似C4植物的“花环”结构产生,而且近轴面所属的茸毛在远轴面也有分布。2、将rl10-1突变体与中花11配制杂交,F1植株叶片表现平展,F2中正常株和突变株的分离比符合3:1,表明突变性状受单隐性基因控制。3、利用rl10-1突变体与籼稻品种Dular杂交产生的F2和F3群体,将RL10基因定位在STS标记f70和f87之间约38kb的区段内;同样,利用图位克隆的方法分离了一个与rl10-1等位的突变基因rl10-2,来自突变体M475。4、通过基因预测发现,在RL10基因定位的38kb内,存在5个基因,对它们进行测序分析发现,第二个基因在两个突变体中发生了序列变化,rl10-1在外显子中发生了单碱基替换(T→C),导致一个丝氨酸突变成脯氨酸,rl10-2在终止密码子前发生了两个碱基的缺失,导致翻译终止滞后。5、对野生型品种的候选基因2进行RNA干涉,产生类似突变体的表型,表明该基因是控制rl10突变性状的基因。6、半定量RT-PCR结果表明,RL10基因在植株所有器官中均有表达,在叶片、叶鞘和穗中的表达量较高,在根和茎中的表达量稍低。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 符号说明
  • 第一章 文献综述及研究背景
  • 1.1 引言
  • 1.2 水稻叶的功能、形态和结构
  • 1.2.1 水稻叶的功能和形态
  • 1.2.2 水稻叶片的构造
  • 1.2.3 禾本科C3和C4植物叶片结构
  • 1.3 植物叶的发育机制
  • 1.3.1 叶形态决定的细胞学基础理论
  • 1.3.2 叶发育的分子机制
  • 1.4 水稻卷叶性状的研究进展
  • 1.4.1 卷叶与理想株型的关系
  • 1.4.2 水稻卷叶性状的类型
  • 1.4.3 水稻卷叶资源及其利用
  • 1.4.4 水稻叶片卷曲度的判断
  • 1.4.5 水稻卷叶性状生理生态效应的研究
  • 1.4.6 水稻卷叶的形成机制
  • 1.4.7 已发现、定位和克隆的水稻卷叶基因
  • 1.5 水稻基因的图位克隆
  • 1.5.1 图位克隆技术原理
  • 1.5.2 图位克隆的技术环节
  • 1.5.3 水稻基因的图位克隆进展
  • 1.6 本研究的选题和目标
  • 第二章 水稻卷叶基因RL9的定位和克隆
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 植物材料
  • 2.1.2 菌株和载体
  • 2.1.3 常用分子生物学试剂
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 叶片的细胞结构观察
  • 2.2.2 透射电镜样品的制备和观察
  • 2遗传分析群体和基因定位群体的构建'>2.2.3 F2遗传分析群体和基因定位群体的构建
  • 2.2.4 水稻DNA提取
  • 2.2.5 初步定位
  • 2.2.6 精细定位
  • 2.2.7 rl9-1和rl9-2突变基因等位性的分子检测
  • 2.2.8 DNA序列分析
  • 2.2.9 水稻RNA提取和cDNA第一条链的获得
  • 2.2.10 PCR/RT-PCR反应
  • 2.2.11 RL9基因编码区(Coding Sequences,CDS)的鉴定和获得
  • 2.2.12 互补试验
  • 2.2.13 蛋白比对及进化树分析
  • 2.2.14 RL9的细胞核定位分析
  • 2.3 结果与分析
  • 2.3.1 水稻卷叶突变体,rl9的形态特征
  • 2.3.2 卷叶性状的遗传分析
  • 2.3.3 RL9基因的分子定位
  • 2.3.4 基因预测及序列测定
  • 2.3.5 基因结构预测及编码区的确定
  • 2.3.6 RL9基因的功能互补
  • 2.3.7 半定量RT-PCR
  • 2.3.8 RL9蛋白分析
  • 2.3.9 RL9蛋白的亚细胞定位分析
  • 2.4 小结与讨论
  • 2.4.1 卷叶基因RL9的多效性
  • 2.4.2 RL9的遗传分析和图位克隆
  • 2.4.3 RL9是KAN的同源基因
  • 2.4.4 RL9编码GARP蛋白
  • 第三章 水稻卷叶基因RL10的定位和克隆
  • 3.1 实验材料
  • 3.1.1 植物材料
  • 3.1.2 菌株和载体
  • 3.1.3 常用分子生物学试剂
  • 3.2 实验方法
  • 3.2.1 农艺性状考察
  • 3.2.2 叶片的细胞结构观察
  • 3.2.3 遗传分析群体和基因定位群体的构建
  • 3.2.4 水稻DNA提取
  • 3.2.5 基因定位
  • 3.2.6 DNA序列分析
  • 3.2.7 水稻RNA提取和cDNA第一条链的获得
  • 3.2.8 PCR/RT-PCR反应
  • 3.2.9 载体构建及转化
  • 3.3 结果与分析
  • 3.3.1 水稻卷叶突变体rl10的形态特征
  • 3.3.2 突变性状的遗传分析
  • 3.3.3 RL10基因的定位
  • 3.3.4 基因预测及序列测定
  • 3.3.5 rl10基因序列的突变分析
  • 3.3.6 RL10基因的RNA干扰
  • 3.3.7 RL10的功能互补
  • 3.3.8 半定量RT-PCR
  • 3.4 讨论
  • 3.4.1 RL10的突变利用价值
  • 3.4.2 突变体叶片C4花环结构的功能
  • 3.4.3 定位群体的大小
  • 第四章 讨论
  • 4.1 卷叶的形态发生
  • 4.2 卷叶基因的调控
  • 4.3 卷叶性状/基因的利用
  • 4.4 分子与育种的思考
  • 4.5 后续工作设想
  • 参考文献
  • 附录
  • 附录1 水稻DNA提取
  • 附录2 水稻RNA提取和cDNA第一条链的获得
  • 附录3 质粒提取
  • 附录4 基因枪操作与GFP的观察
  • 致谢
  • 攻读学位期间发表的学术论文
  • 相关论文文献

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