导读:本文包含了分子流行特征论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:结核分枝杆菌,基因分型,耐药性,分子流行特征
分子流行特征论文文献综述
葛君,陈赟,傅妤倩,薄旭芬,陈兆军[1]（2019）在《结核分枝杆菌基因分型与耐药性及分子流行特征探讨》一文中研究指出目的结核分枝杆菌是临床上罕见的疾病,常见类型较多,且随着临床抗结核药物的大量、不合理使用,导致结核分歧杆菌耐药性较高。因此,本文主要探讨结核分枝杆菌基因分型与耐药性及分子流行特征。方法选择2018年1月—2018年12月杭州师范大学附属医院胸外科测定的结核分枝杆菌391株作为对象,所有病原菌均采用寡核苷酸分型(spoligotyping)法完成基因的分型;选择一线抗结核药物利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、异烟肼(INF)及链霉素(SM)药物进行药敏试验。结果 391株结核分枝杆菌均完成基因分型,其中北京家族结核分枝杆菌339株,占86.70%;非北京家族结核分枝杆菌52株,占13.30%;Spoligotyping测定结果表明:北京家族菌分子流行病学仅与35～43之间的9个间隔区呈阳性;而其余结核分枝杆菌集中在35～43间1～5个位点呈阴性反应;391株结核分枝杆菌基因分型排在前3位的分别为北京型、T1型与新发现基因型,分别占86.70%、5.12%和3.58%;391株结核分枝杆菌均完成耐药性分析,北京型结核分枝杆菌与非北京型结合分枝杆菌对于RFP、EMB、INF及SM耐药性比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论结核分枝杆菌基因呈多态性,而分子流行病学特点以北京家族为主,且与耐药性无明显的相关性。(本文来源于《中华全科医学》期刊2019年11期）
曾凌,邓琼,刘洋,张杰,曾婷[2]（2019）在《2017—2018年江西地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子流行特征》一文中研究指出目的了解江西各地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的分子特征及主要流行克隆型别,探讨流行克隆可能的竞争优势,为后续的机制研究提供资料。方法收集2017年1月—2018年12月江西省11个地市11所叁甲医院临床分离的MRSA,同时应用mecA+femB双重PCR法鉴定为MRSA菌株后纳入研究,应用spa分型、SCCmec分型、PFGE和MLST进行分子分型,采用PCR方法检测杀白细胞素(PVL)毒力基因。结果 spa分型主要为t437(74株,占31.22%)、t030(32株,占13.50%);不同地区的spa型存在很大差异,南昌地区以t030为主,其余地区以t437为主。SCCmecIVa为优势型别(占66.67%),SCCmecⅢ占15.19%;除南昌地区以SCCmecⅢ为主要型别外(占59.38%),其余各地区均以SCCmecIVa为主要优势型别。经PFGE分型和MLST,优势克隆型别为ST239、ST59、ST1和ST338;优势克隆群为CC239、CC59和CC1。共检出32株(13.19%)PVL阳性菌,其中鹰潭地区PVL检出率最高(29.63%,8/27),其次为景德镇地区(26.32%,5/19)。结论 ST59-MRSA-IVa-t437为江西地区的主要优势流行克隆型,且各地区之间存在一定程度的克隆播散。ST239-MRSA-Ⅲ-t30为次要优势流行克隆型,主要在南昌地区多见,其他地区散发。江西地区PVL阳性菌株的主要型别为ST59-MRSA-t437-IVa型。(本文来源于《中国感染控制杂志》期刊2019年09期）
林垚,洪珊,蓝青萍,孙强明[3]（2019）在《东南亚地区寨卡病毒的流行及结构蛋白分子进化特征分析》一文中研究指出目的分析寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)在东南亚地区的感染传播情况,探讨其分子水平上的进化特征。方法用关键词和主题词检索ZIKV在东南亚地区暴发感染流行情况。在GenBank中获取ZIKV东南亚病毒株全基因序列,采用BIOEDIT软件进行比对;利用MEGA 7. 0软件绘制系统进化树;将结构蛋白核苷酸翻译获得其相应的氨基酸序列,分析突变情况;统计不同株型间结构蛋白核苷酸突变和氨基酸替代位点;预测包膜蛋白第叁结构域(envelop domainⅢ,ED-Ⅲ)的二级结构。结果 ZIKV在东南亚国家均有血清学感染或回顾性检测阳性报道,其中越南、泰国和新加坡ZIKV感染病例较多,疾病负担较为严重。系统进化树表明,东南亚ZIKV株均属于亚洲型,2016年新加坡株(序列号:KY241788)与2015年巴西株亲缘关系最近,1966年分离的马来西亚株与其他东南亚株亲缘关系较远。东南亚ZIKV各株型间衣壳蛋白(capsid protein,C)的碱基突变点为22处,突变率为6. 36%,造成非同义氨基酸突变点为19处,突变率为16. 52%。前膜蛋白(pre-membrane protein,prM)的碱基突变点为51处,突变率为10. 12%,造成非同义氨基酸突变点为37处,突变率为22. 02%。包膜蛋白(envelope protein,E)的碱基突变点为141处,突变率为9. 33%,造成非同义氨基酸突变点为101处,突变率为20. 04%。ED-Ⅲ二级结构预测结果显示,在该区域2株代表株有相同数量的蛋白结合位点,代表株2(1966 Malaysia KX377336)存在1个蛋白结合位点富集区(ED-Ⅲ:55-63),而代表株1(2014 Thailand KU681081)蛋白结合位点分布较均匀,代表株2的ED-Ⅲ存在1个二硫键,而代表株1不存在,代表株1(ED-Ⅲ:79-80)存在1个解螺旋,而代表株2不存在。结论通过病例统计分析、系统发育分析、蛋白质核苷酸及氨基酸序列比较分析、ED-Ⅲ二级结构预测,为研究东南亚地区ZIKV不同株型间的生物学和流行致病性差异提供参考。(本文来源于《中国生物制品学杂志》期刊2019年09期）
刘婧娴,阿旺穷吉,刘瑛[4]（2019）在《产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌克隆复合群258的分子流行特征》一文中研究指出肺炎克雷伯菌是临床常见的条件致病菌之一,可引起血流感染、肺炎、尿路感染和中枢神经系统感染等。肺炎克雷伯菌遗传背景丰富多样,据巴斯德研究所统计,目前已检出3000余种序列型(sequence type,ST)。近年,耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的广泛播散已成为最棘手的全球性公共卫生问题之一,给人类健康带来了严重的威胁[1]。产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌(本文来源于《中国感染与化疗杂志》期刊2019年04期）
戴兵,徐罡,吴亚玲,何吉,朱发明[5]（2019）在《浙江献血者丙型肝炎病毒的分子流行特征研究》一文中研究指出目的调查丙型肝炎病毒(HCV)在浙江献血者中的流行情况,明确其分子流行特性。方法通过酶联免疫吸附实验(ELISA)使用2种不同厂家试剂进行抗-HCV检测。同时采用转录介导的核酸扩增检测技术(TMA)进行HCV RNA检测。获得抗-HCV和HCV RNA流行率数据。采用荧光定量PCR技术对HCV RNA阳性样本进行病毒载量分析,并采用聚合酶链反应-测序分型技术(PCR-SBT)通过系统进化方法进行病毒基因分型检测明确病毒的分子流行特性。结果收集2011年11月-2015年1月浙江省血液中心献血的样本365 530例,抗-HCV和HCV RNA的阳性率分别为0.20%和0.018%。所有HCV RNA阳性献血者均为初次献血者且均为汉族。病毒载量的平均值为(6.45±0.80)log_(10 )IU/ml。HCV基因亚型的分布为1b(69.23%)、6n(13.85%)、2a(9.23%)、6a(3.08%)、3a(3.08%)、3b(1.54%)。结论病毒载量分布与性别、婚姻情况、教育水平和基因亚型无关;且6n亚型的比例较高,超过了2a亚型。(本文来源于《中国卫生检验杂志》期刊2019年12期）
林金端,刘红伟,望丹丹,尹卫国,刘倩[6]（2019）在《广东清远IVS-Ⅱ-654点突变地中海贫血的分子流行特征及血液表型分析》一文中研究指出目的了解广东省清远地区IVS-Ⅱ-654点突变β地中海贫血(以下简称"654Mβ地贫")基因携带情况及基因型组合特点,并分析其红细胞参数特点,为更好地筛查和预防地贫提供参考数据。方法收集2014年1月～2015年9月清远市人民医院门诊地贫基因诊断标本6760例,根据受检者年龄将标本分为婴幼儿组(≤3岁,n=804),儿童组(>3岁～<18岁,n=1050),成人(≥18岁n=4856)。采用gap-PCR扩增法检测3种常见的缺失型α地贫基因(-α3.7/、-α4.2/、--SEA/),PCR-膜反向点杂交(PCR-RDB)技术检测17种突变型β地贫基因,统计654Mβ基因的携带率;并对基因型为654M的受检者进行血常规检测,观察红细胞计数(RBC)、血红蛋白浓度(Hb)、红细胞压积(Hct)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和红细胞平均血红蛋白浓度(MCHC)6项指标,分析性别、年龄等因素对654Mβ基因的携带者红细胞参数的影响,并与(第4版)《全国临床检验操作规程》比较,观察654M杂合子与健康人红细胞参数的异同。结果①调查人群中,654M总携带率为4.79%(324/6760),其中654M杂合子256例(3.79%),654M复合α地贫52例(0.77%),654M复合β地贫16例(0.24%);各年龄组654M杂合子携带率和654M复合α地贫基因携带率比较,差异均无统计学意义(P> 0.05);婴幼儿组654M复合β地贫基因携带率高于儿童组,差异有统计学意义(P <0.05),成人组目前未发现654M复合其他β地贫基因的基因型。②654M杂合子、654M复合α地贫基因和654M复合β地贫基因三种基因型对RBC、Hb、Hct影响大小顺序为654M复合β地贫>654M杂合子>654M复合α地贫(均P <0.05),但叁种基因组合的MCV、MCH、MCHC差异均无统计学意义(P> 0.05)。③不同人群的654M杂合子携带者的红细胞参数差异表现在男性RBC、Hb、Hct高于成人女性、男性婴幼儿与男性儿童,差异均有统计学意义(P <0.05),其他组间各红细胞参数差异均无统计学意义(P> 0.05)。④与健康人比较,男性654M杂合子的血液表型主要体现在RBC增高,MCV、MCH、MCHC下降(均P <0.05);Hb、Hct处于临界低值(均P> 0.05);女性654M杂合子血液表型主要体现Hb、Hct、MCV、MCH、MCHC下降(均P <0.05);RBC处于临界高值(P> 0.05)。结论清远地区654Mβ地贫以654M杂合子最为常见,其次为654M复合α地贫,654M复合β地贫最为少见。不同基因组合的654Mβ地贫红细胞参数差异较大,在进行遗传咨询时,应做好遗传告知;成年男性654M RBC、Hb、Hct与婴幼儿、儿童及成人女性的差异较大,在制订筛查指标临界值时需注意区分。(本文来源于《中国医药导报》期刊2019年13期）
张蕊[7]（2019）在《鸭星状病毒3型流行株分子特征及荧光定量检测方法的建立》一文中研究指出鸭病毒性肝炎(Duck viral hepatitis,DVH)是一种对雏鸭造成急性、高度接触性的传染病,病原包括鸭甲肝病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)和鸭星状病毒(Duck astrovirus,DAstV)。现有研究表明鸭群中存在4种鸭星状病毒(DAstV),即鸭星状病毒1型(DAstV-1)、DAstV-2、DAstV-3和DAstV-4,其中DAstV-3是近年来在我国鸭群中新发现的感染率和发病率均较高的星状病毒,流行的地区越来越广。目前关于DAstV-3的基因组分子特征及其快速检测方法报道较少,对其的检测方法主要为常规的RT-PCR方法,该方法仅能对DAstV-3进行定性诊断,但不能定量分析。本研究对1株新分离获得的DAstV-3(命名为GX1806株)进行全基因组序列分析,并建立了针对该病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测方法,为深入研究DAstV-3的遗传变异情况和该病的早期快速诊断提供有效的技术支撑。本研究从广西临床样品中分离获得1株DAstV-3(GX1806株),应用RT-PCR方法对病毒GX1806株基因组进行分段扩增。对测序结果进行编辑、拼接后获得GX1806株基因组序列。基因组序列分析显示,GX1806株基因组全长7463nt,具有星状病毒基因组典型特征,包含ORF1a、ORF1b和ORF2叁个开放阅读框。ORF1a和ORF1b的重合区域存在AAAAAAC的七碱基滑动序列,ORF1b中存在对单股正链RNA病毒复制中不可或缺的RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RDRP)基因。遗传进化分析表明,GX1806株与GenBank中CPH株的亲缘关系最近,全基因组序列同源性达到96.87%。为建立一种DAstV-3的实时荧光定量检测方法,本研究扩增出RDRP基因一段609 bp大小的保守区域,并将该扩增片段克隆至pMD18-T载体上。将该质粒进行10倍梯度稀释,作为标准品模板来进行实时荧光定量PCR扩增,建立了实时荧光定量PCR标准曲线。当RDRP基因含量在1.15×10~2拷贝/μL~1.15×10~8拷贝/μL时,循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系,其扩增相关系数为0.997,扩增效率为99.9%。建立的DAstV-3实时荧光定量PCR检测方法敏感度高,最低检测限为1.15×10~2拷贝/μL,敏感性为常规RT-PCR检测方法的1000倍;特异性强,对常见病毒(如禽流感病毒、鸭呼肠孤病毒、坦布苏病毒、鸭甲肝病毒等以及鸭星状病毒1型和鸭星状病毒2型)的检测均呈阴性。重复性结果表示组内重复变异系数为0.14%~0.65%、组间重复变异系数为0.53%~2.20%,表明重复性良好。SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的阳性率为59.5%(22/37),常规PCR方法的阳性率为43.2%(16/37),2种方法的符合率为100%。以上结果表明本研究首次建立的基于SYBR GreenⅠ的实时荧光定量PCR检测方法可用于临床中对DAstV-3引起疾病的早期诊断。(本文来源于《福建农林大学》期刊2019-04-01）
朱东安,周凯鑫,常东,孙景勇[8]（2019）在《无乳链球菌中可接合性转移元件的检测及携带菌株的分子流行特征调查》一文中研究指出目的了解临床分离的无乳链球菌中可接合性转移元件(ICE)的分布,分析其耐药和分子流行病学特征。方法对临床分离的无乳链球菌进行纸片扩散法药敏试验,通过PCR检测ICESa2603家族和类ICESa2603家族ICE不同的整合酶基因及插入位点基因筛选可能携带ICE的菌株;对携带ICE的菌株进行多位点序列分型(MLST),了解其分子流行特征;对部分ICE阳性菌株进行接合试验,了解ICE及相关耐药基因的转移性并通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)、MLST及药敏试验证实。结果 178株无乳链球菌中检出携带ICE菌株27株(15.2%),其中ICESa2603家族14株,类ICESa2603家族19株,两类家族皆为阳性的有6株。27株携带ICE的无乳链球菌MLST结果显示:最多的为ST-12型10株(37.0%),其次为ST-27型4株(14.8%)、ST-24型3株(11.1%)、ST-19型3株(11.1%)。15株红霉素耐药ICE阳性的无乳链球菌中,10株(66.7%)检测到了ICE与红霉素耐药性的接合转移。ICE阳性的无乳链球菌对红霉素、克林霉素和四环素的耐药率明显高于ICE阴性的菌株,但对左氧氟沙星的耐药率前者明显低于后者。结论 ICE在临床分离的无乳链球菌中具有较高的检出率,且可能在红霉素、四环素等耐药基因的水平传播上起着一定作用,ICE阳性菌株中的主要克隆型为ST-12型。(本文来源于《中国感染与化疗杂志》期刊2019年02期）
李素华,赵玉玲,高丽君,张雅兰,周瑞敏[9]（2019）在《河南省信阳市发热伴血小板减少患者中巴贝虫感染的分子流行特征分析》一文中研究指出目的探讨河南省信阳市发热伴血小板减少患者中巴贝虫感染分子流行特征,为信阳市及河南省巴贝虫病的防治提供依据。方法采集信阳市2012年有发热伴血小板减少症状患者的血样和基本信息。提取血样DNA,用两对引物(Bab5/Bab8+Bab6/Bab7和RIB-19/RIB-20+BAB-rumF/BAB-rumR)巢式PCR扩增巴贝虫18S r RNA基因,测序后与GenBank中田鼠巴贝虫的相应序列进行比对。对血样检测阳性的病例进行地区、发病时间、人群、蜱虫叮咬和布尼亚病毒检测情况的分析。结果共收集600例有发热伴血小板减少症状的患者血样, 59例(9.8%)血样两对引物巢式PCR均扩增出约430 bp的18S r RNA基因片段。序列比对结果显示, 59条扩增序列与田鼠巴贝虫(GenBank登录号:LC314655.1)的一致性均高于97%。59例血样扩增阳性中, 51例来自信阳市(86.4%),其中商城县16例(27.1%),光山县12例(20.3%);发病时间集中在5月(23.7%, 14/59)、6月(39.0%, 23/59)和7月(17.0%, 10/59);患者以中老年人为主, 40岁以上者48例(81.4%, 48/59)。59例阳性病例中14例(23.7%)曾被蜱虫叮咬, 31例(2.5%)布尼亚病毒检测阳性。结论河南省信阳市发热伴血小板减少患者中巴贝虫感染率较高,尤其中老年患者。(本文来源于《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》期刊2019年01期）
曹蓝,鲁恩洁,陈艺韵,马钰,李魁彪[10]（2019）在《2017—2018年广州市H3N2流感病毒流行及血凝素基因分子特征分析》一文中研究指出目的对广州市H3N2流感病毒进行基因变异和进化分析,为H3N2流感科学防控提供科学依据。方法对广州市2017年1月-2018年9月流感监测标本进行H3N2病毒检测和分离,并对HA基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒变异和进化特点。结果所监测的8 535份标本中,检出H3N2流感阳性标本386份,阳性率为4.52%。对其中16株分离株HA基因测序结果显示,与同年度疫苗推荐株A/Hong Kong/4801/2014相比,2017年广州H3N2病毒A区抗原位点变异频率较高,多发生于140位、144位和150位,其中有7株病毒发生新抗原漂移,变异毒株占比43.75%。受体结合位点变异主要发生在前壁,位于T131K位和T135K(N)位。糖基化位点变异同样多发生于A区抗原位点和受体结合位点前壁。2017年广州H3N2流感病毒均位于3C.2a分支,但分支内又进一步进化形成3个不同的小流行分支,包括3C.2a1分支,以及与2016年北京、2017年美国分离株亲缘相近的另外两个小分支。结论 2017年广州H3N2流感病毒HA蛋白重要氨基酸位点的变异表现遗传多态性,特别是在抗原性上可能发生了较大变异。在基因进化上表现为多样性和复杂性,呈现多分支进化特点。因此有必要密切监测流行毒株的进化趋势,以期及时对疫苗株的匹配性进行有效评估。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2019年10期）
分子流行特征论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的了解江西各地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的分子特征及主要流行克隆型别,探讨流行克隆可能的竞争优势,为后续的机制研究提供资料。方法收集2017年1月—2018年12月江西省11个地市11所叁甲医院临床分离的MRSA,同时应用mecA+femB双重PCR法鉴定为MRSA菌株后纳入研究,应用spa分型、SCCmec分型、PFGE和MLST进行分子分型,采用PCR方法检测杀白细胞素(PVL)毒力基因。结果 spa分型主要为t437(74株,占31.22%)、t030(32株,占13.50%);不同地区的spa型存在很大差异,南昌地区以t030为主,其余地区以t437为主。SCCmecIVa为优势型别(占66.67%),SCCmecⅢ占15.19%;除南昌地区以SCCmecⅢ为主要型别外(占59.38%),其余各地区均以SCCmecIVa为主要优势型别。经PFGE分型和MLST,优势克隆型别为ST239、ST59、ST1和ST338;优势克隆群为CC239、CC59和CC1。共检出32株(13.19%)PVL阳性菌,其中鹰潭地区PVL检出率最高(29.63%,8/27),其次为景德镇地区(26.32%,5/19)。结论 ST59-MRSA-IVa-t437为江西地区的主要优势流行克隆型,且各地区之间存在一定程度的克隆播散。ST239-MRSA-Ⅲ-t30为次要优势流行克隆型,主要在南昌地区多见,其他地区散发。江西地区PVL阳性菌株的主要型别为ST59-MRSA-t437-IVa型。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子流行特征论文参考文献
[1].葛君,陈赟,傅妤倩,薄旭芬,陈兆军.结核分枝杆菌基因分型与耐药性及分子流行特征探讨[J].中华全科医学.2019
[2].曾凌,邓琼,刘洋,张杰,曾婷.2017—2018年江西地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子流行特征[J].中国感染控制杂志.2019
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[7].张蕊.鸭星状病毒3型流行株分子特征及荧光定量检测方法的建立[D].福建农林大学.2019
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[10].曹蓝,鲁恩洁,陈艺韵,马钰,李魁彪.2017—2018年广州市H3N2流感病毒流行及血凝素基因分子特征分析[J].中国人兽共患病学报.2019