CLPG基因的SNPs和五个微卫星位点多态性与肉羊后臀发育相关性研究

论文摘要

本研究针对双肌臀（Callipyge）基因的SNPs开展研究,通过多种分子遗传标记方法探讨它们对肉羊后臀发育的影响,进而为肉羊的合理选育及肉羊新品种的培育奠定基础。本试验选择无角陶赛特、萨福克成年公羊为试验材料,经颈静脉采血提取血液中基因组DNA,并现场对采样肉羊进行臀围和臀宽测量。1:实验一选择SNPCLPG两侧的五个微卫星点（OY3、MCMA26、UWCA4、TGLA122、BM3413）。对五个微卫星点的遗传变异（基因频率、杂合度、PIC和有效等位基因数）进行了初步分析和研究。结果显示这5个微卫星点在萨福克、无角陶赛特2个群体中都存在多态性,等位基因数均大于8,然后通过对5个微卫星不同基因型与无角陶赛特和萨福克臀围臀宽指标进行相关性分析,结果发现微卫星OY3、MCMA26、UWCA4不同基因型对萨福克羊的后臀发育有显著影响（P<0.05）,微卫星OY3、MCMA26、UWCA4、TGLA122、BM3413不同基因型对无角陶赛特羊的后臀发育有显著影响（P<0.05）;同时也发现了一些与无角陶赛特和萨福克后臀发育紧密相关的等位基因。研究结果初步说明所选择的微卫星标记座位与肉羊后臀发育间存在连锁关系,在生产实践中,这些标记有可能成为标记辅助选择和早期育种的分子标记。2:实验二采用PCR-SSCP技术分析肉羊双肌臀（CLPG）基因SNPs在无角陶赛特和萨福克羊中的单核苷酸多态性,研究SNP对肉羊后臀发育的影响。结果表明:CLPG基因的SNP在无角陶赛特和萨福克羊中存在多态性,在两个品种中都发现了AA、AB和BB三种基因型。测序发现,BB与AA型相比在扩增片断的第118位存在G-A的碱基突变,在无角陶赛特群体中基因型频率分别是AA（0.7391）、AB（0.2174）、BB（0.0435）;在萨福克群体中基因型频率分别是AA（0.6667）,AB（0.2667）、BB（0.0666）。经相关性分析,由无角陶赛特肉羊中各基因型臀围和臀宽的最小二乘均值表明,AB基因型（分别是41.85和24.05）和AA基因型之间（37.54和24.05）差异显著(（P<0.05）,BB基因型（分别是43.92和25.22）和AA基因型之间（37.54和24.05）差异显著(（P<0.05）;由萨福克肉羊中各基因型臀围和臀宽最小二乘均值表明,AB基因型（分别是45.80和27.80）和AA基因型之间（40.70和24.05）差异显著(（P<0.05）,BB基因型（分别是46.02和28.33）和AA基因型之间（40.70和24.05）差异显著（（P<0.05）。结果说明,该SNPs对肉羊后臀发育影响显著,可能是与CLPG紧密连锁的QTL。3:实验三利用PCR-RFLP技术分析肉羊CLPG）基因的SNPs在无角陶赛特和萨福克羊中的限制性片段长度多态性。结果表明:CLPG基因的SNP在无角陶赛特和萨福克羊中存在多态性,在两个品种中都发现了AA、AB和BB三种基因型。测序发现,与AA型相比,BB型在扩增片段的第62位存在C-T的碱基突变。在无角陶赛特群体中基因型频率分别是AA（0.7391）,AB（0.2174）,BB（0.0435）;在萨福克群体中基因型频率分别是AA（0.6000）,AB（0.3333）,BB（0.0667）。统计分析发现,该SNPs不同基因型臀围臀宽最小二乘均值表现为BB >AB>AA。结果初步揭示B等位基因可能与后臀的发育呈正相关。

论文目录

• 摘要
• Summary
• 第一部分 文献综述
• 1 标记辅助育种
• 1.1 限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphisms，RFLP）
• 1.2 微卫星DNA 标记（Microsatellite DNA）
• 1.3 SNP 分子标记（Single Nucleotide polymorphisms）单核苷酸多态性
• 1.4 PCR-SSCP 标记（Single-Strand Conformational Polymorphism）－单链构型多态性
• 2 绵羊CLPG 基因及其SNP
• 2.1 Callipyge 基因的发现
• 2.2 Callipyge 基因的遗传方式
• 2.3 Callipyge 基因的印记性
• 2.4 Callipyge 基因突变与SNP
• 2.5 Callipyge 基因的遗传效应
• 2.6 绵羊Callipyge 基因的SNP 研究进展
• 3 试验的目的和意义
• 第二部分 试验研究
• 第一章 五个微卫星DNA 多态性与肉羊后臀发育相关性研究
• 1 材料与方法
• 1.1 试验材料
• 1.2 主要仪器与试剂
• 1.3 试验方法
• 1.4 遗传参数计算
• 1.5 统计分析
• 2 结果
• 2.1 基因组DNA 提取结果
• 2.2 五个微卫星位点的聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱
• 2.3 各微卫星基因座的遗传特性
• 2.4 不同标记基因型与陶赛特后臀体尺性状的相关性分析
• 2.5 不同标记基因型与萨福克后臀体尺性状的相关性分析
• 3 讨论
• 第二章 双肌臀基因的SNP 位点PCR-SSCP 与肉羊后臀发育相关性研究
• 1 材料与方法
• 1.1 试验动物及血液样品的采集
• 1.2 主要仪器与试剂
• 1.3 试验方法
• 2 结果
• 2.1 PCR 扩增结果
• 2.2 PCR-SSCP 检测
• 2.3 基因型及基因频率的分布
• 2.4 多态基因位点与体尺性状的相关性分析
• 2.5 不同带型个体测序
• 3 讨论
• 第三章 双肌臀基因的SNP 位点PCR-RFLP 与肉羊后臀发育的相关性分析
• 1 材料与方法
• 1.1 试验动物及血液样品的采集
• 1.2 主要仪器与试剂
• 1.3 试验方法
• 1.4 测序
• 1.5 统计分析
• 2 结果
• 2.1 RFLP 多态性检测
• 2.2 不同带型个体测序
• 2.3 基因型及基因频率的分布
• 2.4 多态基因位点与体尺性状的相关性分析
• 3 讨论
• 第三部分 结论
• 致谢
• 参考文献
• 作者简介
• 导师简介