骨鳔鱼类若干类群的分子系统发育和分化时间估算

论文摘要

骨鳔总目鱼类（Ostariophysi）隶属于鲱形亚部（Clupeocephala）,是真骨鱼中的第二大总目,由非耳鳔系（Anotophysi）和耳鳔系（Otophysi）组成;其中非耳鳔系指鼠鱚目,耳鳔系包括鲤形目、脂鲤目、鲇形目、电鳗目。解决骨鳔鱼类及其相关类群的高阶系统发育关系有助于解决基部真骨鱼的分化,而且为主要的淡水类群——世界性分布的耳鳔系鱼类的历史生物地理学分析奠定基础。然而,骨鳔鱼类的系统发育关系和历史生物地理学分析尚有较大空白和争议。我们选择四个类群,从不同的分类阶元来研究其分子系统发育和估算分化时间。因此,本论文主要分为四个部份。其主要的研究结论如下:1. U17 snoRNA是H/ACA纲的snoRNA,参与rRNA的加工成熟。我们测定了49种鱼类、67条rpS7 intron6序列,得到U17 snoRNA f copy,共计55个单倍型,包括42种骨鳔鱼类,7种外类群。综合从GenBank下载的4条U17 snoRNA基因序列,总计59条序列,采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和Bayesian系统发育分析。采用approximately unbiased test （AU test）、Kishino-Hasegawa test （KH test）和Shimodaira-Hasegawa test （SH test）检验相互竞争的拓扑树或系统育假设。并运用松散分子钟方法,估算骨鳔鱼类分化时间。结果

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 第一章 文献综述
• 1 分子系统学
• 1.1 生物分类观念与方法的演变
• 1.2 分子生物学技术与系统分类学的融合
• 1.3 分子系统学研究进展
• 1.3.1 分子序列数据的特点
• 1.3.2 系统发育重建
• 1.3.3 分子钟与分歧时间估算
• 2 生物地理学
• 2.1 生物地理学的发展
• 2.2 历史生物地理学的分析方法
• 2.3 祖先分布区的重建:DIVA简介
• 3 骨鳔鱼类的系统学研究进展
• 4 snoRNA与U17 snoRNA研究进展
• 4.1 snoRNA的结构与功能
• 4.2 脊椎动物U17 snoRNA的结构、进化与系统发育意义
• 5 本研究的目的意义
• 第二章 U17 snoRNA基因序列变异与骨鳔鱼类分子系统发育及分化时间估算
• 1 引言
• 2 材料与方法
• 2.1 标本采集与实验样品
• 2.2 实验器材
• 2.3 实验步骤
• 2.3.1 基因组DNA的提取及检测
• 2.3.2 PCR扩增
• 2.3.3 PCR产物回收
• 2.3.4 目的DNA克隆
• 2.3.5 基因测序
• 2.4 数据分析
• 2.4.1 序列的比对排列
• 2.4.2 序列的初步分析
• 2.4.3 系统发育分析
• 2.4.4 分歧时间估算
• 3 结果
• 3.1 序列变异及二级结构特征
• 3.2 系统发育关系
• 3.3 分歧时间估算
• 4 讨论
• 4.1 U17 snoRNA基因序列变异及其系统发育意义
• 4.2 骨鳔鱼类的系统发育关系
• 4.3 化石记录与分化时间
• 第三章 基于RAG1和RAG2基因序列的耳鳔鱼类分子系统发育与分化时间估算
• 1 引言
• 2 材料与方法
• 2.1 标本采集与实验样品
• 2.2 基因组DNA的提取、PCR扩增与克隆测序
• 2.3 数据分析
• 2.3.1 序列的比对排列
• 2.3.2 序列的初步分析
• 2.3.3 系统发育分析
• 2.3.4 分歧时间估算
• 3 结果
• 3.1 序列变异
• 3.1.1 RAG1基因序列
• 3.1.2 RAG2基因序列
• 3.2 耳鳔系鱼类系统发育关系
• 3.2.1 RAG1基因
• 3.2.2 RAG2基因
• 3.3 分歧时间估算
• 3.3.1 RAG1基因
• 3.3.2 RAG2基因
• 4 讨论
• 4.1 基因序列变异及其系统发育意义
• 4.2 耳鳔系鱼类的系统发育关系
• 4.3 分歧时间估计的可靠性及意义
• 第四章 S7 核糖体基因内含子6序列变异与鲤形目鱼类分子系统发育及分化时间估算
• 1 引言
• 2 材料与方法
• 2.1 标本采集与实验样品
• 2.2 基因组DNA提取、PCR扩增与克隆测序
• 2.3 数据分析
• 2.3.1 序列的比对排列
• 2.3.2 序列的初步分析
• 2.3.3 系统发育分析
• 2.3.4 分歧时间估算
• 3 结果
• 3.1 rpS7 intron6 序列变异
• 3.2 鲤形目鱼类的系统发育关系
• 3.3 分歧时间估算
• 4 讨论
• 4.1 rpS7 intron6 序列变异及其系统发育意义
• 4.2 鲤形目鱼类的系统发育关系
• 第五章运用cyt b和165 rRNA基因序列重建鮡科鱼类的系统发育和历史生物地理学
• 1 引言
• 2 材料与方法
• 2.1 样品采集
• 2.2 基因组DNA的提取、PCR扩增与测序
• 2.3 数据分析
• 2.3.1 序列的比对排列
• 2.3.2 序列的初步分析
• 2.3.3 系统发育分析
• 2.3.4 分歧时间估算
• 2.4 初级BPA、DIVA和WAAA分析
• 3 结果
• 3.1 序列变异
• 3.1.1 cyt b 基因序列
• 3.1.2 16S rRNA基因序列
• 3.2 鮡科鱼类的系统发育关系
• 3.3 分歧时间估算
• 3.4 历史生物地理学
• 4 讨论
• 4.1 鮡科鱼类的系统发育关系
• 4.2 鮡科鱼类的历史生物地理学过程
• 参考文献
• 攻读博士学位期间发表论文
• 致谢
• 附录Ⅰ地质时间表
• 附录Ⅱ分子系统发育与进化相关大事简表
• 附录Ⅲ个人简历