杂色鲍和大黄鱼微卫星标记的筛选

论文摘要

本研究采用FIASCO（Fast Isolation by AFLP Sequences COntaining repeats）方法分别构建了杂色鲍（Haliotis diversicolor ）的（CT）n微卫星富集文库和大黄鱼（Pseudosciaena crocea）的（AC）n微卫星富集文库,并从中获得大量的微卫星序列,开发出新的标记。杂色鲍的（CT）n微卫星富集文库包含1212个克隆,从中取114克隆测序,获得48条微卫星序列,阳性克隆率为40.5%。从这些微卫星序列中开发出11对具有多态性的微卫星标记。利用24个野生杂色鲍个体检测了这11个标记的多态性,其等位基因数从3个到10个不等,多态信息含量（PIC）为0.148～0.818,观测杂合度0.083～0.913,期望杂合度0.159～0.856。9个位点符合遗传平衡,而位点SA-JMU4和SA-JMU12明显偏离哈代温伯格平衡（P<0.01）。大黄鱼的（AC）n微卫星富集文库包含1440个克隆,从中取257个克隆测序,其中182个克隆含重复数≧10的微卫星序列,阳性克隆率为70.8%。从中设计了26对引物,检测了其中10个位点的多态性,其等位基因数为3～12个,多态信息含量为0.283～0.866,观测杂合度为0.233到0.900,期望杂合度为0.326～0.893。未发现其中存在可能连锁的位点,但除了LYC0044、LYC0046、LYC0053和LYC0060四个位点外,其余位点皆偏离哈代温伯格平衡。论文从技术角度对水产动物微卫星富集文库构建、提高微卫星标记得率的方法进行了讨论;也讨论了杂色鲍与大黄鱼野生群体的遗传多态性问题。本研究新开发的微卫星标记大部分PIC值都高于0.5,适用于各种遗传学分析,它们的出现将会帮助推动杂色鲍和大黄鱼相关研究的进一步深入。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 引言
• 1.1 微卫星标记概述
• 1.1.1 微卫星的分布和进化方式
• 1.1.1.1 微卫星的分布
• 1.1.1.2 微卫星的进化方式
• 1.1.2 微卫星标记在水产动物中的应用
• 1.1.2.1 群体遗传学
• 1.1.2.2 亲缘关系鉴定
• 1.1.2.3 遗传图谱和 QTL 分析
• 1.1.2.4 分子标记辅助育种
• 1.2 微卫星标记的筛选方法
• 1.2.1 搜索电子数据库
• 1.2.2 从近缘种获得通用引物
• 1.2.3 构建文库
• 1.3 研究目的与意义
• 1.3.1 杂色鲍的相关研究背景
• 1.3.2 大黄鱼微卫星标记研究的现状
• 1.3.3 本研究的目的和意义
• 第二章 材料与方法
• 2.1 杂色鲍微卫星标记的筛选
• 2.1.1 实验材料
• 2.1.2 实验仪器与试剂
• 2.1.2.1 实验仪器
• 2.1.2.2 主要试剂
• 2.1.2.3 接头和引物序列
• 2.1.3 实验方法
• 2.1.3.1 基因组 DNA 提取
• 2.1.3.2 基因组酶切及接头连接
• 2.1.3.3 PCR 扩增
• 2.1.3.4 探针杂交与磁珠筛选
• 2.1.3.5 目的 DNA 片段的扩增及载体连接
• 2.1.3.6 高效感受态细胞的准备
• 2.1.3.7 电转化与克隆筛选
• 2.1.3.8 测序和引物设计
• 2.1.3.9 微卫星标记的多态性分析
• 2.1.3.10 数据分析
• 2.2 大黄鱼微卫星标记的筛选
• 2.2.1 实验材料
• 2.2.2 实验仪器与试剂
• 2.2.3 实验方法
• 2.2.3.1 基因组DNA 提取
• 2.2.3.2 基因组酶切及接头连接
• 2.2.3.3 PCR 扩增
• 2.2.3.4 探针杂交与磁珠筛选
• 2.2.3.5 目的 DNA 片段的扩增及载体连接
• 2.2.3.6 准备高效感受态细胞
• 2.2.3.7 电转化与克隆筛选
• 2.2.3.8 测序和引物设计
• 2.2.3.9 微卫星标记的多态性分析
• 第三章 结果与分析
• 3.1 基因组DNA 的提取
• 3.2 基因组DNA 的酶切和接头连接的结果
• 3.3 磁珠筛选和载体连接的结果
• 3.4 阳性克隆检测结果和微卫星标记的多态性检测
• 第四章 讨论
• 4.1 微卫星富集文库的效率
• 4.1.1 内切酶的选择
• 4.1.2 探针的选择和杂交筛选时条件的控制
• 4.1.3 文库的冗余
• 4.2 微卫星标记的多态性检验
• 4.3 杂色鲍和大黄鱼野生群体的遗传多样性
• 第五章 结论与展望
• 致谢
• 参考文献
• 在学期间发表的学术论文