人类基因组CpG岛文库的构建和抑制物控制性PCR的建立与应用

论文摘要

目的1.建立分离和富集人类基因组CpG岛（CpG islands, CGIs）的甲基化敏感性镜像定位选择（methylation- sensitive mirror orientation selection, MS-MOS）方法,并将MS-MOS产物制备成CGIs文库。2.建立抑制物控制性PCR（inhibitor-controlled PCR, IC-PCR）方法,并系统地探讨内对照处理（internal processing control, IPC）与目的DNA之间的相互作用关系,同时,将IC-PCR应用于比较分析多种不同DNA抽提方法降低或消除猪源性肝素粗制品（industrial crude porcine heparin, ICPH）中的PCR抑制物的能力。3.分析不同核酸荧光染料在琼脂糖凝胶电泳中的染色特性,找到一种比EB更安全的核酸荧光染色法。方法1. MS-MOS方法的建立和CGIs文库的制备1.1 MS-MOS分离和富集人类基因组CGIs1.1.1样本DNA（tester DNA, T-DNA）和驱动DNA（driver DNA, D-DNA）的制备:男性基因组经Mse I酶切后与H24接头连接,一部分连接产物经连接介导性PCR（ligation-medicated PCR, LM-PCR）制备成preT-DNA,另一部分连接产物则经Hpa II/Hha I双酶切后再经LM-PCR制备成preD-DNA。preT-DNA和preD-DNA经Mse I酶切分别制备成T-DNA和D-DNA。1.1.2 CGIs的分离和富集:应用镜像定位选择（mirror orientation selection, MOS）分离和富集只存在于T-DNA的非甲基化CGIs（nonmethylated CGIs, UM-CGIs）,并以Spike消减为阳性对照,自身消减和反向消减为阴性对照。1.2 CGIs文库的制备与鉴定正向消减的MS-MOS产物以TA克隆方式转化至E.Coli XL1-Blue MRF’制备成CGIs文库。通用引物PCR（universal primer PCR, UPPCR）鉴别CGIs文库克隆是否存在

论文目录

• 英文缩写
• 英文摘要
• 中文摘要
• 论文正文 人类基因组CpG 岛文库的构建和抑制物控制性PCR 的建立与应用
• 前言
• 第一部分 甲基化敏感性镜像定位选择法制备人类CpG 岛文库
• 前言
• 材料与方法
• 结果
• 讨论
• 结论
• 参考文献
• 第二部分 抑制物控制性PCR 方法的建立与应用
• 前言
• 材料与方法
• 结果
• 讨论
• 结论
• 参考文献
• 第三部分 琼脂糖凝胶电泳中核酸荧光染料染色特性的比较分析
• 前言
• 材料与方法
• 结果与讨论
• 结论
• 参考文献
• 全文总结
• 致谢
• 文献综述一 肿瘤表观遗传学
• 参考文献
• 文献综述二 DNA 甲基化分析技术
• 参考文献
• 文献综述三 DNA 甲基化微阵列
• 参考文献
• 文献综述四 人类表观基因组计划
• 参考文献
• 攻读博士学位期间发表论文
• 攻读博士学位期间参编专著
• 攻读博士学位期间获得科研基金资助
• 攻读博士学位期间获得成果与奖励