软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus)三个亚种的分子系统发育研究

软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus)三个亚种的分子系统发育研究

论文摘要

软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus)隶属于裸裂尻鱼属,裂腹鱼亚科,属喜冷性鱼类,多生活在水流清澈的峡谷河流的上段或高山溪流中,以藻类或水生昆虫为食物,生长速度缓慢。软刺裸裂尻鱼有软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus malacanthus),大渡裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus chengi)和宝兴裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus baoxingensis)三个亚种。软刺裸裂尻鱼分布在金沙江水系和雅砻江水系,大渡裸裂尻鱼分布在大渡河的中上游,宝兴裸裂尻鱼分布在青衣江水系的宝兴河。2003—2005年,分别从金沙江和雅砻江采集软刺裸裂尻鱼,从大渡河采集大渡裸裂尻鱼,从宝兴河东河的宝兴裸裂尻鱼,提取了总DNA,分别扩增了线粒体DNA控制区序列和细胞色素b基因。依据控制区序列和细胞色素b基因,并通过与裸裂尻鱼属其他种类的比较,对软刺裸裂尻鱼三个亚种的系统发育关系进行了分析。结果表明,宝兴裸裂尻鱼和大渡裸裂尻鱼间的遗传距离很近,而其与软刺裸裂尻鱼的遗传距离较远,甚至接近或大于软刺裸裂尻鱼与裸裂尻鱼属中其他一些种类间的遗传距离。依据线粒体DNA控制区序列和Cyt b基因构建的系统进化树显示,这三个亚种没有聚成一个单系群,其中,软刺裸裂尻鱼聚在一枝,而大渡裸裂尻鱼和宝兴裸裂尻鱼聚在了另一枝。因此,依据分子系统发育分析,大渡裸裂尻鱼和宝兴裸裂尻鱼不适合作为软刺裸裂尻鱼的亚种,可以将大渡裸裂尻鱼从软刺裸裂尻鱼中划分出来作为一个独立的种,并将宝兴裸裂尻鱼作为该种的亚种。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus)三个亚种的分子系统发育研究
  • 1 引言
  • 2 材料与方法
  • 2.1 主要的试剂和药品
  • 2.2 主要仪器
  • 2.3 材料来源
  • 2.4 模板 DNA的制备
  • 2.5 PCR扩增
  • 2.6 PCR产物的回收
  • 2.7 扩增片段与载体连接
  • 2.8 转化
  • 2.9 测序
  • 2.10 序列分析
  • 3 结果
  • 3.1 软刺裸裂尻鱼亚种及嘉陵裸裂尻鱼比对后的序列
  • 3.2 遗传距离
  • 3.3 系统发育分析
  • 4 讨论
  • 4.1 形态特征及分类关系的探讨
  • 4.2 宝兴裸裂尻鱼起源及进化的探讨
  • 4.3 宝兴裸裂尻鱼的分布及保护现状
  • 第二章 动物线粒体DNA序列分析及其在鱼类系统发育和遗传多样性研究中的应用
  • 1. 线粒体DNA
  • 1.1 动物线粒体的主要特征
  • 1.2 动物线粒体DNA的结构特征
  • 1.3 线粒体DNA的遗传系统
  • 1.4 线粒体DNA的进化速率
  • 2 动物线粒体DNA的多态研究方法
  • 2.1 主要检测方法
  • 2.2 数据分析方法
  • 2.3 构建分子系统树
  • 3. 线粒体DNA在动物分子系统学研究中的应用
  • 3.1 全序列mtDNA的研究
  • 3.2 线粒体控制区序列在研究鱼类种内遗传分化中的重要意义
  • 3.3 系统发育与种群关系
  • 3.4 分子系统地理学
  • 3.5 保护生物学
  • 4 展望
  • 参考文献
  • 硕士生期间发表的学术论文
  • 致谢
  • 相关论文文献

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