6个黄牛群体IGFBP-5及MyoG基因多态性及其与体尺性状关联分析

论文摘要

中国地方黄牛品种存在体格偏小、后躯尖斜等缺陷,由于体尺性状的遗传力较高且与屠宰性状等重要经济性状有一定的相关性,对体尺性状的选择可能会有效地提高中国黄牛的生产性能。本研究以胰岛素生长因子结合蛋白IGFBP-5基因及肌细胞生成素MyoG基因为研究对象,利用PCR-SSCP和DNA测序技术对秦川牛、南阳牛、鲁西牛、西鲁F1（西门塔尔×鲁西牛）、夏南牛和郏县红牛共6个黄牛群体779份血样进行SNPs检测,并与黄牛体尺性状进行关联分析,试图找到影响黄牛体尺性状的主效基因,为改良我国地方黄牛生产性能提供一定的理论依据,研究结果如下:在IGFBP-5基因第三外显子发现了1处多态;在MyoG基因第一外显子和3’侧翼区分别发现1处多态,各位点的突变情况及不同基因型与体尺性状的相关分析结果如下:1. IGFBP-5基因第三外显子遗传多态性分析在IGFBP-5基因第三外显子检测到1处多态,表现为3种基因型AA、AB和BB型;测序结果显示,该处多态的产生是由于IGFBP-5基因第3402 bp处发生G→A碱基突变,为丙氨酸同义突变;多态信息含量分析表明,该突变位点在6个黄牛群体中均呈现中度多态;χ2检验结果显示,该基因座在秦川牛群体中偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05）,在其余5个群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（ P>0.05 ）。基因型与各体尺性状关联性分析发现,各群体中AA基因型个体的坐骨端宽均显著高于BB基因型个体（P<0.05）;其中秦川牛、郏县红牛、鲁西牛群体中AA基因型个体的胸围显著高于BB基因型个体（P<0.05）;南阳牛群体中AA基因型个体的腰高显著高于BB基因型个体（P<0.05）;鲁西牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型个体（P<0.05）。2. MyoG基因第一外显子遗传多态性分析对MyoG基因的第一外显子扩增产物进行SSCP分析,检测到3种基因型（CC、CD、DD）,测序结果表明该位点为T→C天冬酰胺同义突变（EF636458:g.314T>C）。经χ2检验,该基因座除鲁西牛、南阳牛和秦川牛群体外（P<0.05）,在其余群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（ P>0.05 ）。基因型与各体尺性状关联分析发现,鲁西牛群体中CC基因型个体的体斜长、尻长显著高于DD基因型（P<0.05）;西鲁F1群体中CC和CD基因型个体的腰高显著高于DD基因型（P<0.05）,CC基因型个体的坐骨端宽显著高于DD基因型（P<0.05）;南阳牛群体中CC基因型个体的腰高、坐骨端宽显著高于DD基因型个体（P<0.05）;夏南牛群体中CC基因型个体的尻长、坐骨端宽显著高于DD基因型个体（P<0.05）;郏县红牛群体中,CC基因型个体的尻长显著高于DD基因型个体（P<0.05）;秦川牛群体中CC基因型个体的腰高和尻长显著高于DD基因型个体（P<0.05）。3. MyoG基因3’侧翼区遗传多态性分析PCR-SSCP检测MyoG基因第三外显子及其侧翼区,发现3种基因型（AA、AB、BB）,测序结果表明该突变为位于3’侧翼区2109 bp处A→G突变。相关性分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体（P<0.05）;鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型（P<0.05）;郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型（P<0.05）。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 IGFBP-5 基因简介
• 1.1.1 IGFBPs 基因家族研究进展
• 1.1.2 IGFBP-5 基因研究进展
• 1.2 MyoG 基因简介
• 1.2.1 MyoG 基因的发现
• 1.2.2 MyoG 基因结构和功能
• 1.2.3 MyoG 基因的多态性研究
• 第二章 材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 血样采集
• 2.1.2 体尺指标
• 2.2 主要试验仪器及试剂的配制
• 2.2.1 主要试验仪器
• 2.2.2 主要试验试剂的配制
• 2.3 试验方法
• 2.3.1 牛血样基因组DNA 的提取与检测
• 2.3.2 PCR 扩增
• 2.3.3 SSCP 分析
• 2.3.4 扩增产物的测序
• 2.4 统计分析
• 第三章 IGFBP-5 基因遗传多态性分析
• 3.1 牛血样基因组DNA 的提取效果
• 3.2 IGFBP-5 基因第一外显子多态性检测
• 3.3 IGFBP-5 基因第二外显子多态性检测
• 3.4 IGFBP-5 基因第三外显子多态性检测
• 3.4.1 IGFBP-5 基因第三外显子扩增片段SSCP 分析
• 3.4.2 突变片段序列分析
• 3.4.3 IGFBP-5 基因第三外显子多态位点的遗传学分析
• 3.4.4 IGFBP-5 基因第三外显子多态性与黄牛体尺性状的相关性分析
• 3.5 IGFBP-5 基因第四外显子多态性检测
• 3.6 IGFBP-5 基因第二内含子多态性检测
• 3.7 IGFBP-5 基因第三内含子多态性检测
• 3.8 讨论
• 第四章 MyoG 基因单核苷酸多态性分析
• 4.1 MyoG 基因第一外显子多态性检测
• 4.1.1 MyoG 基因第一外显子扩增片段SSCP 分析
• 4.1.2 突变片段序列分析
• 4.1.3 MyoG 基因第一外显子多态位点的遗传学分析
• 4.1.4 MyoG 基因第一外显子多态性与黄牛体尺性状相关性分析
• 4.2 MyoG 基因第二外显子多态性检测
• 4.3 MyoG 基因第三外显子及其 3’-侧翼区多态性检测
• 4.3.1 MyoG 基因第三外显子及其 3’-侧翼区扩增片段 SSCP 分析
• 4.3.2 突变片段序列分析
• 4.3.3 MyoG 基因 3’-侧翼区多态位点的遗传学分析
• 4.3.4 MyoG 基因 3’-侧翼区多态性与黄牛体尺性状的相关性分析
• 4.4 讨论
• 第五章 结论
• 参考文献
• 附录
• 致谢
• 作者简介