本文主要研究内容
作者史东杰,胡金有,朱华,张欣,李荣妮,孙砚胜（2019）在《锦鲤基因组数据分析及体色相关基因的筛选》一文中研究指出：为了获得红白锦鲤的基因组信息,筛选与其肤色相关的基因,采用Illumina高通量测序技术对红白锦鲤皮肤组织的基因组进行测序,获得127.23 Gb clean data,Q20碱基比例在95.59%及以上,Q30碱基比例在90.81%及以上,GC含量为37.32%～42.38%,测序错误率为0.07。与鲤鱼基因组序列进行比对的结果显示,比对效率为96.35%。研究共鉴定了1 048 576个SNPs(单核苷酸多态性),其中3.12百万～5.40百万个SNPs位于短reads比对不到的区域,其中变异位点位于外显子区域的有579 778个SNPs。SNP位点分布于锦鲤的50条染色体上,不包含scaffold(染色体骨架)。经ANNOVAR软件进行功能注释,纯合类型的SNPs数量是574 310个,杂合类型的SNPs数量是474 265个。SNPs位于基因间的数量最多,SNPs位于基因内的外显子区域的多态性最高。通过对8个重要候选基因注释的理解,发现微管蛋白LOC109046532、LOC109049213这2个基因与色素颗粒运输有关。其中基因LOC109046532含有突变,而另1个基因LOC109049213则不含有任何突变。8个候选基因都含有外显子SNP位点,但是没有发现终止密码子突变。
Abstract
wei le huo de gong bai jin li de ji yin zu xin xi ,shai shua yu ji fu se xiang guan de ji yin ,cai yong Illuminagao tong liang ce xu ji shu dui gong bai jin li pi fu zu zhi de ji yin zu jin hang ce xu ,huo de 127.23 Gb clean data,Q20jian ji bi li zai 95.59%ji yi shang ,Q30jian ji bi li zai 90.81%ji yi shang ,GChan liang wei 37.32%～42.38%,ce xu cuo wu lv wei 0.07。yu li yu ji yin zu xu lie jin hang bi dui de jie guo xian shi ,bi dui xiao lv wei 96.35%。yan jiu gong jian ding le 1 048 576ge SNPs(chan he gan suan duo tai xing ),ji zhong 3.12bai mo ～5.40bai mo ge SNPswei yu duan readsbi dui bu dao de ou yu ,ji zhong bian yi wei dian wei yu wai xian zi ou yu de you 579 778ge SNPs。SNPwei dian fen bu yu jin li de 50tiao ran se ti shang ,bu bao han scaffold(ran se ti gu jia )。jing ANNOVARruan jian jin hang gong neng zhu shi ,chun ge lei xing de SNPsshu liang shi 574 310ge ,za ge lei xing de SNPsshu liang shi 474 265ge 。SNPswei yu ji yin jian de shu liang zui duo ,SNPswei yu ji yin nei de wai xian zi ou yu de duo tai xing zui gao 。tong guo dui 8ge chong yao hou shua ji yin zhu shi de li jie ,fa xian wei guan dan bai LOC109046532、LOC109049213zhe 2ge ji yin yu se su ke li yun shu you guan 。ji zhong ji yin LOC109046532han you tu bian ,er ling 1ge ji yin LOC109049213ze bu han you ren he tu bian 。8ge hou shua ji yin dou han you wai xian zi SNPwei dian ,dan shi mei you fa xian zhong zhi mi ma zi tu bian 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自江苏农业科学的史东杰,胡金有,朱华,张欣,李荣妮,孙砚胜，发表于刊物江苏农业科学2019年16期论文，是一篇关于基因组重测序论文,锦鲤论文,体色基因论文,候选基因论文,江苏农业科学2019年16期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自江苏农业科学2019年16期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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