小黑杨(Populus simonii×P.nigra)休眠芽的蛋白质组学和转录组学研究

小黑杨(Populus simonii×P.nigra)休眠芽的蛋白质组学和转录组学研究

论文摘要

对于生长在温带和寒带地区的树种来说,生长与休眠周期交替是它们生存和生长的一个重要的自适应特征。植物芽休眠的诱导到解除是个复杂的生物学过程,它涉及到细胞信号转导、碳水化合物代谢、激素调控、氨基酸的转运、营养物质合成及能量的产生、细胞分裂及分生组织分化及等多个方面,是多种基因协同作用的结果。本研究综合运用无标记定量分析技术和Solexa测序方法对生长在中国哈尔滨(E126°41’,N45°45’)分别代表进入休眠、保持休眠和解除休眠三个阶段的小黑杨的芽进行蛋白质组学和转录组学的研究,系统地分析了杨树顶芽从休眠诱导到解除的分子调控机制,初步阐释调控杨树芽休眠诱导到解除的调控网络,发掘关键基因。进一步从整体水平上了解林木芽休眠诱导和解除的分子机理。通过蛋白质组学的研究,我们鉴定到的74个差异蛋白一共被分为14类,涵盖了大范围的生物功能与活动路径。本研究所获得的差异蛋白主要参与了碳水化合物代谢、氧化还原调控、氨基酸运输与代谢和胁迫响应等生物途径,所占比例分别为22%,19%,10%,8%。在表达差异显著的蛋白中,31个蛋白在芽休眠的三个阶段中呈上调表达,5个蛋白下调表达,而其余的38个蛋白在三个时期休眠芽中特异表达。根据亚细胞定位分析,发现这74个蛋白质主要位于细胞质(64%)、线粒体(10%)、叶绿体(4%),还有18%的蛋白质不清楚在细胞中的具体位置和分布。在杨树芽休眠过程中,参与糖酵解及磷酸戊糖途径的相关酶在芽2中表现为上调表达,主要为芽休眠提供必要的能量储备,其主要形式就是碳水化合物。同时植物产生的渗透调节物质,包括蔗糖、葡萄糖、果糖、半乳糖等,通过调节代谢途径来减少或消除非生物逆境所带来的伤害。此外,消除活性氧等有害物质的过氧化物酶类蛋白和防御蛋白在芽2休眠保持时期上调表达,为杨树芽顺利过冬提供了保证。在转录组学研究方面,我们将变化倍数(log2值)>2和<-2、统计学有效值(P-value值)<0.001、错误发生率(FDR)<0.01作为筛选基因的标准,共鉴定到了562个表达显著差异的基因,其中154个上调和408个下调的基因。它们涉及转录调控、产物代谢、蛋白激酶调控、逆境胁迫应答、激素信号转导等生物功能,从中可以看出差异表达的基因与植物的抗逆反应及生长发育调控有着密切关系。在所鉴定到的表达差异显著的基因中与转录相关的基因多在芽1阶段大量表达,特别是与核糖体相关基因的表达,说明杨树芽休眠过程首先发生在转录水平;而与细胞周期相关基因多在芽1和芽3阶段上调表达,标志着芽休眠的进入和解除。在代谢和能量转换的通路中的差异基因,mRNA与蛋白质表达变化趋势基本相同。那些在mRNA与蛋白质表达变化差异显著的基因,将为我们今后对抗逆基因转录后调控机制的研究提供参考信息。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 绪论
  • 1.1 杨树概述
  • 1.2 植物芽休眠调控机理的研究进展
  • 1.2.1 芽休眠的涵义与分类
  • 1.2.2 影响芽休眠的主要因素
  • 1.2.3 芽休眠过程的分子水平调控
  • 1.3 林木的基因组研究进展
  • 1.3.1 林木结构基因组学
  • 1.3.2 林木功能基因组学
  • 1.4 林木的蛋白质组研究进展
  • 1.4.1 蛋白质组学概述
  • 1.4.2 蛋白质组学研究技术
  • 1.4.3 林木生物胁迫蛋白质组学的研究
  • 1.4.4 林木非生物胁迫蛋白质组学的研究
  • 1.4.5 林木发育相关蛋白质组学的研究
  • 1.5 本研究的目的和意义
  • 2 小黑杨芽休眠的蛋白质组学分析
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 植物材料
  • 2.1.2 实验试剂
  • 2.1.3 主要实验仪器
  • 2.1.4 缓冲液的配制
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 提取样品的总蛋白
  • 2.2.2 双向凝胶电泳
  • 2.2.3 无标记定量分析
  • 2.3 实验结果
  • 2.3.1 小黑杨休眠芽及其2-DE图谱
  • 2.3.2 休眠芽蛋白的无标记定量分析
  • 2.4 讨论
  • 2.4.1 杨树芽休眠进入到解除过程的蛋白质组变化
  • 2.4.2 芽进入休眠的能量变化
  • 2.4.3 逆境胁迫相关蛋白的变化
  • 3 小黑杨芽休眠的转录组学分析
  • 3.1 实验材料
  • 3.1.1 植物材料
  • 3.1.2 实验试剂
  • 3.2 实验方法
  • 3.2.1 杨树芽总RNA提取
  • 3.2.2 cDNA文库的构建
  • 3.2.3 数据处理
  • 3.2.4 荧光定量PCR验证
  • 3.3 实验结果
  • 3.3.1 总RNA的质量评估
  • 3.3.2 测序质量评估
  • 3.3.3 基因相关性分析
  • 3.3.4 差异表达基因分析
  • 3.3.5 聚类分析
  • 3.3.6 定量PCR对测序结果的验证
  • 3.4 讨论
  • 3.4.1 芽休眠过程与转录相关
  • 3.4.2 逆境胁迫相关基因的变化
  • 3.4.3 芽休眠过程代谢基因的变化
  • 3.4.4 芽休眠过程与细胞周期相关
  • 结论
  • 参考文献
  • 附录
  • 攻读学位期间发表的学术论文
  • 致谢
  • 相关论文文献

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