利用EST-CAPS标记构建桉树遗传图谱

论文摘要

本文以尾叶桉和细叶桉两亲本及其杂交产生的124个子代为材料,运用EST-CAPS标记构建了桉树的遗传框架图谱。从GenBank共下载4037条桉树EST序列,拼接以后得到了3095条独立序列,并对2500条独立序列设计了PCR引物,在母本尾叶桉中能够成功扩增的有1684条。本研究利用6种限制性内切酶,对622条扩增产物长度大于400bp的EST进行了CAPS酶切多态性筛选,得到了能在作图群体中产生等位片段多态性的61个EST;同时,结合前期开发的12个EST-CAPS标记,共有73个标记进行了作图分析。研究结果如下:（1）对73个EST的酶切结果的χ2检验（α=0.05）表明,24个标记是偏分离的,偏分离比率为32.9%。由于标记数量较少,所以将所有的标记都用于作图分析。（2）分别用Mapmaker 3.0、JoinMap 4.0、FsLinkageMap 1.0三个软件进行了标记连锁分析。用Mapmaker 3.0在LOD为3.0的情况下,构建的图谱长度为537.3cM,有48个标记连锁成18个连锁群,连锁群内标记数为2-5个。用JoinMap 4.0在LOD不小于3的情况下,构建的图谱长度为654.0cM,有49个标记连锁成18个连锁群,连锁群内标记数为2-6个。用FsLinkageMap 1.0在LOD为3的条件下,构建的图谱长度为993.4cM,有63个标记连锁成17个连锁群,连锁群内标记数为2-10个。比较三个软件的分析结果,用Mapmaker 3.0构建的图谱与用JoinMap 4.0构建的图谱结果相近,有9个完全相同的连锁群。而用Mapmaker 3.0构建的连锁群与FsLinkageMap 1.0构建的连锁群相差较大,没有完全相同的连锁群发现。（3）根据Mapmaker 3.0构建的图谱总长537.3cM,初步估算对桉树基因组的覆盖度为33.9%-35.6%。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 绪论
• 1.1 引言
• 1.1.1 研究背景
• 1.1.2 研究目的和意义
• 1.1.3 项目来源与经费支持
• 1.2 国内外研究现状与评述
• 1.2.1 分子标记类型与特点概述
• 1.2.2 分子标记在林木遗传育种中的应用
• 1.2.3 研究评述
• 1.3 研究目标和主要研究内容
• 1.3.1 研究目标
• 1.3.2 主要研究内容
• 1.4 研究技术路线
• 第二章 研究材料与方法
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 实验材料
• 2.1.2 实验方法
• 第三章 结果与分析
• 3.1 DNA 提取
• 3.2 PCR 反应与引物筛选
• 3.3 酶切位点多态性筛选
• 3.4 作图群体的CAPS 实验
• 3.5 遗传图谱的构建
• 3.5.1 运用Mapmaker 3.0 进行图谱构建分析
• 3.5.2 运用JoinMap 4.0 进行图谱构建分析
• 3.5.3 运用FsLinkage 1.0 进行图谱构建分析
• 3.6 三种作图软件构建的图谱的比较
• 3.6.1 JoinMap 4.0 与Mapmaker 3.0 构建图谱的比较
• 3.6.2 FsLinkageMap 1.0 与Mapmaker 3.0 构建图谱的比较
• 3.6.3 小结
• 第四章 结论与讨论
• 4.1 讨论
• 4.1.1 作图群体亲本的选择
• 4.1.2 EST-CAPS 标记技术
• 4.1.3 林木遗传图谱构建存在的问题和解决办法
• 4.2 结论
• 参考文献
• 附录
• 在读期间的学术研究
• 致谢