家蚕（Bombyx mori） triosephosphate isomerase和transformer-2基因的克隆与染色体定位研究

论文题目: 家蚕（Bombyx mori） triosephosphate isomerase和transformer-2基因的克隆与染色体定位研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 特种经济动物学

作者: 牛宝龙

导师: 吕顺霖,孟智启

关键词: 家蚕,生物信息学,数据库,功能预测,家蚕磷酸甘油醛异构酶基因,染色体,基因定位,比较荧光定量,家蚕基因,功能结构域,结构域,结构域,选择性剪接

文献来源: 浙江大学

发表年度: 2005

论文摘要: 生物信息学(Bioinformatics)是近年来在生命科学领域由分子生物学和计算机信息处理技术相结合的一个交叉学科,它的基本出发点是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。 随着家蚕基因组序列的完全解读,家蚕分子生物学数据库信息积累将越来越多,家蚕EST数据库中已有近12万条序列,利用已经获得的大量EST、cDNA克隆和基因组序列等生物信息资源对家蚕基因组中所包含的约2万多个基因的功能进行研究,是家蚕功能基因组研究的主要任务,而建立在生物信息数据库基础之上的电子克隆技术是进行功能基因研究的有效手段。 本文通过对家蚕EST数据库的检索筛选,克隆了家蚕生命活动过程中的两个关键基因,预测了它们的功能;并利用它们各自的生物信息资源对它们的表达调控和染色体定位进行了研究。研究结果如下: 1 家蚕磷酸甘油醛异构酶基因(Bmtpi)的克隆与染色体定位分析 以长翅蝶磷酸甘油醛异构酶(tpi)基因cDNA序列为探针,对家蚕EST数据库进行同源检索筛选,克隆了家蚕磷酸甘油醛异构酶(Bmtpi)基因的cDNA序列,基因全长1,051bp。通过NCBI的ORF finder服务器对所获得的cDNA序列进行开放阅读框架(ORF)分析,结果发现其开放阅读框架位于第95～839位,推测编码248个氨基酸。为了验证所克隆Bmtpi基因cDNA序列的正确性,在其起始密码子区域和终止密码子区域设计特异引物,经RT-PCR克隆、序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。 通过设计特异引物,克隆到全长为2,875bp的家蚕Bmtpi基因组序列(GenBank登记号为AY734490)。通过与cDNA序列进行比对,发现家蚕Bmtpi基因组序列内有5个内含子,且剪切位置均符合“GT-AG法则”,大小分别为580bp、297bp、103bp、1,187bp和333bp;还有6个外显子大小分别为66bp、120bp、112bp、110bp、207bp和319bp,其ORF横跨5个外显子。分析家蚕Bmtpi基因ORF上游700bp基因组DNA序列的启动子区域,结果发现存在1个启动子,位于第267～317位,可能性为0.81,没有发现典型的TATA-box和CAAT-box。 家蚕Bmtpi基因编码248个氨基酸的蛋白质(BmTPI),在蛋白质数据库中进

论文目录:

致谢

摘要

第一部分 文献综述

第一章 家蚕基因组研究及其生物信息资源的利用

1 家蚕分子遗传图谱

1.1 RFLP分析

1.2 RAPD分析

1.3 AFLP分析

1.4 SSR-PCR分析

1.5 家蚕数量性状基因位点(Quantitative Trait Locus，QTL)定位

2 家蚕基因组测序

3 家蚕功能基因研究

3.1 家蚕EST

3.2 RNA干涉

3.3 家蚕蛋白质组研究

4 家蚕分子生物学数据库资源的利用

4.1 公共数据库

4.2 家蚕生物信息学专业数据库

第二章 家蚕性别决定

1 果蝇的性别决定机理

1.1 果蝇的体细胞性别分化阶梯

1.2 剂量补偿

1.3 生殖细胞分化

2 家蚕的性别决定机理

2.1 家蚕的性染色体

2.2 家蚕的性别决定

第三章 实时定量PCR研究进展及其应用

1 定量PCR的定量原理

2 定量PCR的方法学进展

2.1 外对照PCR定量

2.2 有限稀释PCR定量分析

2.3 内对照PCR定量

2.4 竞争性定量PCR

3 实时荧光定量PCR

3.1 实时定量PCR的定量基础

3.2 常用的Real-time PCR仪

3.3 实时定量PCR荧光模式

3.4 建立实时PCR分析体系的关键

3.5 扩增效率

3.6 局限性

4 实时定量PCR的应用现状

第二部分 一般材料与方法

第四章 利用家蚕生物信息学数据库资源

1 家蚕新基因电子克隆的基本思路

2 目标基因相关的EST序列分析

2.1 EST序列分析工具

2.2 目标基因EST序列延伸相关生物信息学资源

2.3 利用UniGene数据库进行目标基因电子延伸

3 目标基因cDNA序列电子克隆

3.1.目标基因种子EST序列的获得

3.2 组装序列的EST候选清单的获取

3.3 目标基因cDNA序列的拼接组装

3.4 目标基因cDNA序列开放阅读框分析

4 目标基因DNA序列的电子克隆与分析

4.1 目标基因cDNA序列与基因组序列的对齐及其内含子／外显子显示

4.2 目标基因因启动子及其他转录调控位点分析

5 目标基因蛋白质序列分析及同源性比较

5.1 目标基因蛋白质基本性质分析

5.2目标基因蛋白质功能预测

5.3 不同物种间目标基因蛋白质序列之间的多重比对及分子进化分析

第五章 分子生物学研究的材料和方法

1 材料

1.1 昆虫

1.2 菌种和载体

1.3 试剂和仪器

2 方法

2.1 培养基和缓冲液

2.2 细菌培养

2.3 质粒DNA的少量提取(碱法)

2.4 核酸纯化

2.5 连接反应

2.6 昆虫总RNA的提取

2.7 RT-PCR

2.8 昆虫基因组DNA的制备

2.9 感受态细胞制备及转化

2.10 重组质粒的鉴定

2.11 DNA序列测定及分析

第三部分 研究内容、结果和分析

第六章 家蚕磷酸甘油醛异构酶(Bmtpi)基因的克隆

1 材料和方法

1.1 实验材料和仪器

1.2 方法

2 结果

2.1 家蚕EST数据库的检索

2.2 家蚕Bmtpi基因cDNA片段的克隆与分析

2.3 家蚕Bmtpi基因组DNA片段的克隆与结构分析

2.4 家蚕Bmtpi基因编码蛋白的功能分析及不同物种间蛋白质同源性比较

3 讨论

第七章 家蚕Bmtpi基因的染色体定位

1 材料与方法

1.1 实验材料和仪器

1.2 方法

2 结果

2.1 标准曲线的建立

2.2 家蚕基因组中Bmtpi基因拷贝数的测定及其染色体定位

3 讨论

第八章 家蚕Bombyx mori transformer-2基因的克隆

1 材料和方法

1.1 实验材料和仪器

1.2 方法

2 结果

2.1 家蚕EST数据库的检索

2.2 家蚕Bmtra-2基因cDNA片段的克隆与northern杂交分析

2.3 家蚕Bmtra-2基因DNA片段的克隆与结构分析

2.4 家蚕Bmtra-2基因编码蛋白的功能分析及不同物种间蛋白质同源性比较

3 讨论

第九章 家蚕Bmtra-2基因pre-mRNA选择性剪切分析

1 材料和方法

1.1 实验材料和仪器

1.2 方法

2 结果

2.1 检索家蚕Bmtra-2基因相关的EST序列

2.2 RT-PCR检验家蚕Bmtra-2基因pre-mRNA的选择性剪接

2.3 家蚕BmTRA-2同工蛋白质分析

3 讨论

第十章 创新与进一步研究的设想

1 创新点

2 进一步研究的设想

2.1 家蚕剂量补偿的研究

2.2 Bmtra-2基因功能的研究

Abstract

附录Ⅰ

附录Ⅱ

附录Ⅲ

发布时间: 2005-07-27

相关论文

• [1].家蚕几种组织的EST及基因表达特征分析[D]. 沈以红.西南农业大学2003
• [2].蜜蜂（Apis mellifera）ant基因和vha16基因的克隆及其功能预测的生物信息学研究[D]. 陈大福.浙江大学2004
• [3].家蚕SSR分子遗传图的构建及基因定位的研究[D]. 李明辉.中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）2006
• [4].微卫星遗传标记在家蚕中的应用研究[D]. 李木旺.中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）2006
• [5].家蚕（Bombyx mori）性别决定网络及其关键基因BmSxl的cDNA克隆和功能研究[D]. 查幸福.西南大学2006
• [6].家蚕胚胎发育相关基因的克隆、表达及功能研究[D]. 柴春利.西南大学2007
• [7].家蚕基因组数据库的构建及应用[D]. 段军.西南大学2008
• [8].家蚕（Bombyx mori）全基因组细胞色素P450基因结构与进化分析及CYP18A1克隆与功能研究[D]. 艾均文.西南大学2008
• [9].家蚕翅模式决定基因的克隆、表达及功能研究[D]. 童晓玲.西南大学2008
• [10].家蚕谷胱甘肽-S-转移酶基因的功能研究[D]. 余泉友.西南大学2008

标签：家蚕论文;  生物信息学论文;  数据库论文;  功能预测论文;  家蚕磷酸甘油醛异构酶基因论文;  染色体论文;  基因定位论文;  比较荧光定量论文;  家蚕基因论文;  功能结构域论文;  结构域论文;  选择性剪接论文;