单核苷酸多态性rs2236313与汉族人寻常型白癜风表型的相关性研究

单核苷酸多态性rs2236313与汉族人寻常型白癜风表型的相关性研究

论文摘要

背景白癜风(OMIM, #193200)是一种由于选择性黑色素细胞的破坏导致的皮肤和毛发的黑色素紊乱性疾病,在不同种族和地区发病率从0.1%到2.9%不等。白癜风的发病有许多病因学理论,包括黑素细胞自身破坏学说、生化学说、神经起源学说、自身免疫学说、遗传学说等,但具体的原因仍然不清楚。白癜风的发生可能有共同的遗传背景和环境因素。Pubmed数据库共收录了92个白癜风易感基因位点:HLA-A, HLA-B, HLA-C, SLEV1, VTLG, Mitf, AIS3,FBXO11, VIT1, NLRP1, PTPN22, TYR等。白癜风是一种复杂疾病,呈非孟德尔遗传模式,具有较强的种族差异和遗传异质性。在我们团队先前的全基因关联分析研究中,证明了rs2236313与中国汉族人白癜风相关,它位于染色体6q27上,该区域包含有RNASET2、FGFR1OP和CCR6等基因,rs2236313与这三个基因相关。这为白癜风的遗传学研究提供了一个新视野。为了研究该SNP点与寻常型白癜风表型的相关性,我们这里进行了白癜风基因型表型分析。目的探讨位于染色体6q27上的一个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点rs2236313与汉族人寻常型白癜风临床表型的相关性。方法在我们先前的全基因关联分析研究中(Genome-Wide Association Study, GWAS)选取6 458例寻常型白癜风患者和9 766例正常对照的rs2236313的基因分型(CC,CT,TT)资料和临床资料;用χ2检验对各组间基因型和等位基因频率的分布进行比较。结果Rs2236313基因型频率和等位基因频率分布在病例组和对照组间存在显著性差异(P基因型=8.21×10-14, P等位基因=1.26×10-14)。早发患者和晚发患者,有伴发疾病患者和无伴发疾病患者之间的等位基因频率分布在统计学上有显著性差异(P<0.05);家族史阳性患者和家族史阴性,轻度患者与中重度患者之间的基因型和等位基因频率分布无显著性差异(P>0.05)。结论Rs2236313与汉族人寻常型白癜风易感性相关联,且与发病年龄、伴发疾病显著相关,但与家族史、病情严重程度无显著相关。

论文目录

  • 英文缩略词表
  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 1 引言
  • 2 实验材料与方法
  • 2.1 材料
  • 2.2 实验试剂
  • 2.2.1 DNA 提取试剂
  • 2.2.2 电泳用试剂
  • 2.2.3 标准化DNA 用试剂
  • 2.2.4 基因分型用试剂
  • 2.3 实验仪器
  • 2.3.1 DNA 提取器材
  • 2.3.2 电泳的仪器
  • 2.3.3 测OD 值仪器
  • 2.3.4 基因分型仪器
  • 2.4 实验方法
  • 2.4.1 全血标本采集
  • 2.4.2 基因组DNA 提取
  • 2.4.3 基因组DNA 电泳
  • 2.4.4 DNA 浓度标准化
  • 2.4.5 Illunima Human 610-Quard 芯片全基因组基因分型
  • 2.4.6 Sequenom MassArray 系统基因分型
  • 2.4.7 Taqman 基因分型系统
  • 3 结果
  • 3.1 统计学处理
  • 3.2 Hardy-Weinberg 平衡检验
  • 3.3 频数分布(Frequencies)
  • 3.4 描述(Descriptives)
  • 3.5 列联表分析(Crosstabs)
  • 3.6 病例与对照之间,以及白癜风不同表型之间的rs2236313 基因型频率和等位基因频率的比较
  • 3.6.1 发病年龄
  • 3.6.2 家族史
  • 3.6.3 严重程度
  • 3.6.4 伴发疾病
  • 4 讨论
  • 5 结论
  • 6 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 课题综述
  • 参考文献
  • 相关论文文献

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