南方根结线虫寄生相关基因的分离及RNA干涉研究

南方根结线虫寄生相关基因的分离及RNA干涉研究

论文摘要

植物寄生线虫是世界范围内对农业生产造成极大破坏的病原生物,其中主要的三类固定内寄生线虫,即球形胞囊属、异皮属和根结属线虫,每年给世界农业生产造成的损失约为一千亿美元,特别是南方根结线虫,由于其地理分布和寄主范围非常广泛,因而被认为是最具有破坏性的病原线虫。根结线虫侵染性二龄幼虫从靠近植物根尖的部位侵入寄主,移动至根尖顶端分生区后向上折返进入维管束,继续移动一段距离后选择5-7个植物细胞,利用口针分泌的蛋白诱导和调节植物细胞形成永久性的取食位点“巨细胞”,线虫经三次蜕皮后发育为成熟雌虫。来自根结线虫三个食道腺的分泌物被认为在线虫寄生过程中具有重要作用,因此鉴定编码线虫食道腺分泌蛋白的寄生相关基因,是明确线虫寄生寄主植物机理的基础。通过运用多种分子生物学手段,已成功克隆了多个线虫寄生相关基因,包括纤维素酶、果胶裂解酶、扩展蛋白和分支酸变位酶等,然而植物寄生线虫专性寄生以及难以转化和突变的特点,极大的阻碍了对线虫寄生基因功能的研究。RNA干涉技术的出现,为植物寄生线虫基因功能研究提供了一种有效工具,并为运用转基因技术防治根结线虫提供了新的策略。本研究运用代表性差异显示技术(RDA)分离南方根结线虫寄生相关基因,选择分离得到的推测编码的氨基酸与毒液过敏原相似的cDNA片段,克隆其全长并进行分析,并且运用活体外(in vitro)和活体内(in vivo)两种RNA干涉方式对该基因进行功能分析。以南方根结线虫寄生早期二龄幼虫和寄生期幼虫为材料,用RDA分离两个样本间的差异表达基因,在材料中同时加入了远源序列绿色荧光蛋白基因(gfp)的片段作为内标,最终筛选获得了15个cDNA片段。RT-PCR验证表明有5个片段差异表达明显,其中两个片段在寄生早期二龄幼虫特异性表达,两个片段在寄生早期二龄幼虫中高水平表达,另有一个片段在寄生期幼虫中上调表达,其余片段在两个样本间表达水平无明显差异。BLASTX分析表明,15个cDNA片段中有5个在数据库中没有同源序列,其余片段分别与已报道的植物寄生线虫、新秀丽小杆线虫及动物寄生线虫的蛋白质序列相似。选择正向RDA分离的差异表达片段Blb,根据其cDNA序列设计引物,结合快速扩增cDNA末端法(RACE)及基因组DNA扩增,获得了南方根结线虫类毒液过敏原基因(Mi-vap-2)全序列。Mi-vap-2全长1917bp,包含3个长度从29bp到797bp的内含子,以及4个37bp到361bp的外显子。Mi-vap-2的cDNA序列编码294个氨基酸的开放阅读框(ORF),包含一个预测的16个氨基酸的分泌信号肽。Southern blot分析表明该基因在南方根结线虫中可能以多拷贝或多基因家族的方式存在。原位杂交显示Mi-vap-2特异性的在南方根结线虫亚腹食道腺表达。RT-PCR分析该基因发育表达模式证实,Mi-vap-2仅在侵染性二龄幼虫和寄生早期幼虫中表达,推测该基因可能在南方根结线虫与寄主互作过程中具有重要作用。比较分析了神经刺激类物质章鱼胺(octopamine)和间苯二酚(resorcinol)在体外条件下对根结线虫二龄幼虫吞咽的刺激效果,结果显示章鱼胺对刺激根结线虫在体外条件下吞咽没有明显作用,而间苯二酚则能有效刺激二龄幼虫的吞咽;并对间苯二酚在体外条件下对刺激根结线虫摄食的方式和条件进行了优化。以^Mi-vap-2cDNA为模板,体外转录合成dsRNA,结合优化的刺激条件,对南方根结线虫类毒液过敏原基因Mi-vap-2进行了活体外(in vitro) RNA干涉诱导基因沉默的研究。RT-PCR检测显示,dsRNA的浸泡处理引起了南方根结线虫侵染性二龄幼虫体内Mi-vap-2转录水平的下降,接种实验证实处理后的线虫在感病番茄上的繁殖力降低,表明活体外RNA干涉Mi-vap-2在南方根结线虫中的表达取得了成功,并且表明Mi-vap-2对南方根结线虫寄生寄主植物可能有重要作用。通过将南方根结线虫类毒液过敏原基因Mi-vap-2的部分cDNA序列分别以正向和反向的方式插入到载体pHANNIBAL,再将含有反向重复序列的该转化单元亚克隆至二元表达载体pART27,获得了以Mi-vap-2为沉默靶标的dsRNA表达载体。在农杆菌的介导下用叶碟法将该表达载体转化烟草,通过对筛选到的T2代转基因烟草Southern blot分析,表明目标转化单元以单拷贝的方式整合到了烟草的基因组中并得到了稳定的遗传,同时通过Northern blot,在转基因烟草中检测到了与Mi-vap-2同源的小干扰RNA (siRNA)。接种实验中该转基因烟草没有引起南方根结线虫寄生能力的明显下降,表明Mi-vap-2可能不是较佳的沉默靶标来进行转基因防治根结线虫。实验结果还证实了利用寄主植物产生并递送dsRNA至线虫的RNA干涉策略是可行的。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 上篇 文献综述
  • 第一章 植物病原线虫寄生相关基因分离与鉴定的方法
  • 1 线虫分泌蛋白的研究
  • 1.1 免疫亲和纯化
  • 1.2 直接纯化分泌物
  • 2 线虫基因转录水平的研究
  • 2.1 EST分析
  • 2.2 酵母信号肽筛选
  • 2.3 RNA指纹技术
  • 2.4 cDNA扩增片段长度多态性
  • 2.5 示差筛选
  • 2.6 抑制性差减杂交
  • 2.7 固相差减杂交
  • 2.8 代表性差异显示
  • 2.9 基因表达图谱
  • 第二章 植物寄生线虫寄生相关基因功能的分析方法
  • 1 致病相关基因的表达图谱
  • 2 寄生蛋白在植物组织中的定位
  • 3 寄生蛋白在植物组织的亚细胞定位
  • 4 寻找互作蛋白
  • 5 突变互补
  • 6 在植物中表达线虫寄生相关基因
  • 7 基因沉默
  • 第三章 植物寄生线虫与寄主植物互作的分子机理
  • 1 抵御寄主防卫反应
  • 1.1 过氧化物酶
  • 1.2 FAR
  • 2 协助线虫侵染及移动
  • 2.1 纤维素酶
  • 2.2 果胶裂解酶
  • 2.3 纤维素结合蛋白
  • 2.4 扩展蛋白
  • 3 取食结构(巨细胞/合胞体)的诱导及维持
  • 3.1 分支酸变位酶
  • 3.2 小分子多肽
  • 3.3 泛素蛋白
  • 4 其它寄生相关蛋白
  • 4.1 几丁质酶
  • 4.2 类毒液过敏原蛋白
  • 4.3 14-3-3蛋白
  • 第四章 植物寄生线虫RNAi的研究进展
  • 1 RNAi(RNA interference)简史
  • 2 RNAi作用机制
  • 3 线虫中RNAi机制的特点
  • 4 植物寄生线虫中的RNA干涉
  • 4.1 活体外(in vitro)条件下dsRNA的递送
  • 4.2 影响RNAi效果的条件
  • 4.3 RNAi诱导的基因沉默持效期
  • 4.4 植物组织内(in vivo)RNA干涉线虫寄生基因
  • 4.5 dsRNA分子进入线虫体内
  • 4.6 植物寄生线虫RNAi表型鉴定
  • 5 基于RNAi的根结线虫防治的前景
  • 参考文献
  • 下篇 研究内容
  • 第一章 代表性差异显示法分离南方根结线虫寄生相关基因
  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 1 材料与方法
  • 1.1 线虫的培养
  • 1.2 寄生早期二龄幼虫及寄生期幼虫的分离与收集
  • 1.3 核酸的提取及cDNA的合成
  • 1.4 RDA
  • 1.5 差异表达的cDNA片段的克隆、测序
  • 1.6 RT-PCR验证获得的cDNA片段的差异表达性
  • 2 结果
  • 2.1 样本RNA的提取及cDNA的合成
  • 2.2 RDA富集效果
  • 2.3 检测差减杂交的效率及灵敏度
  • 2.4 富集片段的克隆和测序
  • 2.5 RT-PCR进一步筛选验证差异表达的cDNA片段及其序列分析
  • 3 讨论
  • 第二章 南方根结线虫类毒液过敏原基因的克隆与分析
  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 1 材料与方法
  • 1.1 线虫的培养及分离
  • 1.2 寄生前及寄生后不同阶段线虫的分离与收集
  • 1.3 基因组DNA的提取
  • 1.4 总RNA的提取及mRNA的分离
  • 1.5 RACE获取全长cDNA
  • 1.6 目标片段的克隆
  • 1.7 测序及序列拼接
  • 1.8 类毒液过敏原蛋白cDNA序列的生物信息学分析
  • 1.9 原位杂交分析
  • 1.10 南方根结线虫类毒液过敏原基因的发育表达模式
  • 1.11 类毒液过敏原蛋白gDNA序列的获取
  • 1.12 Southern blot
  • 2 结果
  • 2.1 南方根结线虫类毒液过敏原基因全长cDNA
  • 2.2 类毒液过敏原蛋白基因在基因组中的序列结构
  • 2.3 类毒液过敏原蛋白基因Southern blot
  • 2.4 类毒液过敏原氨基酸序列的分析与比对
  • 2.5 南方根结线虫类毒液过敏原基因的发育表达模式
  • 2.6 类毒液过敏原蛋白的组织定位
  • 3 讨论
  • 第三章 南方根结线虫类毒液过敏原基因活体外RNA干涉的研究
  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 1 材料与方法
  • 1.1 主要试剂
  • 1.2 线虫的培养及二龄幼虫的分离与收集
  • 1.3 活体外刺激线虫吞咽效果比较
  • 1.4 活体外刺激条件的优化
  • 1.5 活体外刺激浸泡/活体外RNA干涉
  • 2 结果
  • 2.1 章鱼胺对南方根结线虫的刺激效果
  • 2.2 间苯二酚对南方根结线虫的刺激效果
  • 2.3 根结线虫活体外RNA干涉的条件优化
  • 2.4 Mi-vap-2活体外RNAi
  • 2.5 活体外RNA干涉后Mi-vap-2转录水平的检测
  • 2.6 接种实验
  • 3 讨论
  • 第四章 南方根结线虫类毒液过敏原基因的活体内RNA干涉研究
  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 1 材料与方法
  • 1.1 微生物和植物材料
  • 1.2 线虫的培养、分离与收集
  • 1.3 核酸的提取及cDNA的合成
  • 1.4 dsRNA表达载体的构建
  • 1.5 pART27-VAP-F-R转化农杆菌
  • 1.6 转基因烟草的产生
  • 1.7 转基因烟草的检测
  • 1.8 转基因烟草接种实验
  • 2 结果
  • 2.1 dsRNA表达载体的构建
  • 2.2 转基因烟草的获得和鉴定
  • 2.3 转基因烟草接种实验
  • 3 讨论
  • 参考文献
  • 附录
  • 附录一 培养基及相关试剂
  • 附录二 各章中用到的引物或寡聚核苷酸序列
  • 附录三: dsRNA表达载体pART27-VAP-F-R的构建图
  • 攻读博士学位期间发表的研究论文
  • 致谢
  • 相关论文文献

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