论文题目: 鮈亚科鱼类分子系统发育、演化过程及生物地理学研究
论文类型: 博士论文
论文专业: 水生生物学
作者: 杨金权
导师: 何舜平,刘焕章
关键词: 鲤科,鮈亚科,分子系统发育,生物地理学,线粒体细胞色素,线粒体控制区,进化生物学
文献来源: 中国科学院研究生院（水生生物研究所）
发表年度: 2005
论文摘要: 鮈亚科(Gobioninae)是一群集中分布东亚水系,仅个别属跨欧亚分布的中小型淡水鱼类,有近30 个属和亚属,190 余种及亚种,是鲤科(Cyprinidae)中最大的亚科之一。由于种类颇多,形态、生态和行为差异极大,因此,该亚科的单系性、系统位置、属间系统发育关系和部分属的有效性等问题,至今仍然存在着争议。本研究以线粒体细胞色素b 基因(cyt b)和控制区序列(d-loop)为分子标记,对鮈亚科鱼类进行了较为全面的分子系统发育研究。另外,还以cyt b基因序列构建分子钟,分析了鮈亚科鱼类在不同地史时期的的演化过程和规律,以及部分代表属、种的生物地理学过程。最后,还结合得到的分子系统发育关系,推测了鮈亚科鱼类形态特征的演化过程。研究得到的主要结果如下: 1. 测定了鮈亚科鱼类23 属55 种61 尾样本以及其他鲤科9 属9 种鱼类样本的cyt b 基因的全序列,另外从GenBank 下载了鮈亚科鱼类4 属4 种以及分属于雅罗鱼系各亚科的8 属8 种鱼类的cyt b 基因的全序列,以鲃系的Barbus barbus、Cyprinus carpio 和Discogobio tetrabarbatus 为外类群,总计82 条序列,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)、邻接法(NJ)和Bayesian 法分别构建系统发育树。结果表明,鮈亚科是一个包括鳅鮀鱼类和稀有鮈鲫在内的单系群,应归于雅罗鱼系;鮈亚科鱼类可划分为四个类群——鱼骨群、鳈群、鮈群以及似鮈群;罗马尼亚鮈属、胡鮈属、片唇鮈属和突吻鮈属应作为有效属而存在,似鱼骨属和似白鮈属为无效属,分别为鱼骨属和颌须鮈属的同物异名。2. 以分别来自相同个体的鮈亚科鱼类样本20 属34 种37 尾的控制区序列和cyt b 基因的全序列进行两个基因进化速率比较和控制区的结构分析,并讨论了控制区序列在鮈亚科鱼类系统发育上的意义。对鮈亚科鱼类两个基因进化速率比较和控制区的结构分析表明,总体上控制区序列的进化速率比cyt b 基因进化要快,但是在近缘物种间控制区序列的进化速率却比cyt b 基因要慢;鮈亚科鱼类控制
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目录
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第一章 文献综述
1 生物系统学研究进展
1.1 系统发育系统学
1.2 分子系统学
2 生物地理学
2.1 历史生物地理学
2.2 分子系统发育地理学
3 鮈亚科的研究进展
3.1 分类学历史
3.2 系统发育研究进展
3.3 地理分布
3.4 生物地理学研究进展
3.5 生态学研究概况
4 本研究的目的及意义
第二章 基于细胞色素b 基因序列变异的鮈亚科鱼类系统发育研究
1 引言
2 材料与方法
2.1 标本的采集
2.2 外类群的选择
2.3 实验器材
2.4 基因组 DNA 的提取
2.5 PCR 扩增
2.6 PCR 产物的回收
2.7 序列测定
3 数据分析
4 结果
4.1 Cytb基因序列变异
4.2 系统发育分析结果
4.3 可选拓扑结构的检验
5 讨论
5.1 鮈亚科的单系性与系统位置
5.2 鮈亚科鱼类的类群划分
5.3 鮈亚科争议属的有效性
6 小结
第三章 鮈亚科鱼类线粒体控制区序列和细胞色素b 基因进化速率的比较及其系统发育意义
1 引言
2 材料与方法
2.1 标本的采集
2.2 DNA 的提取与 PCR 扩增
2.3 PCR 产物的纯化与测序
2.4 数据分析
3 结果
3.1 序列变异及控制区序列的结构
3.2 系统发育分析结果
4 讨论
4.1 控制区序列的进化机制
4.2 控制区序列系统发育意义
4.3 鮈亚科鱼类的系统发育关系
第四章 地史时期鮈亚科鱼类的演化过程与规律
1 引言
2 材料与方法
3 结果
3.1 鮈亚科鱼类在不同地史时期的分化情况
3.2 鮈亚科鱼类谱系数目的增加规律
3.3 鮈亚科谱系数的增长率
3.4 鮈亚科谱系数的净增长率
3.5 鮈亚科种上阶元的寿命
3.6 鮈亚科现存物种的寿命
3.7 鮈亚科四大类群现存的物种数
4 讨论
4.1 鮈亚科的起源与分化过程
4.2 鮈亚科鱼类的演化规律
4.3 鮈亚科各类群的进化
第五章 鮈亚科鱼类的生物地理学研究
1 引言
2 材料与方法
3 结果
3.1 麦穗鱼的系统发育与种群间地理分布格局
3.2 棒花鱼属的系统发育与种间地理分布格局
3.3 蛇鮈属的系统发育与种间地理分布格局
3.4 鳈属的系统发育与种间地理分布格局
4 讨论
4.1 晚近时期鮈亚科鱼类生物地理格局的形成
4.2 大时间尺度下鮈亚科鱼类的生物地理学过程
4.3 鮈亚科及东亚淡水鱼类的生物地理学过程
第六章 鮈亚科鱼类的形态演化过程及其生态适应性初探
1 引言
2 方法
3 结果与讨论
参考文献
致谢
附录:在学期间完成论文
发布时间: 2005-12-02
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标签：鲤科论文; 鮈亚科论文; 分子系统发育论文; 生物地理学论文; 线粒体细胞色素论文; 线粒体控制区论文; 进化生物学论文;