辣椒疫霉菌4个果胶甲基酯酶基因的克隆和pcpme6的真核表达研究

辣椒疫霉菌4个果胶甲基酯酶基因的克隆和pcpme6的真核表达研究

论文摘要

辣椒疫病在世界范围内广泛发生的土传病害,严重影响世界各国的农业生产,造成巨大的经济损失,病原是辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)。辣椒疫霉菌是一种土传卵菌,以卵孢子或厚垣孢子在土壤病残体中越冬,可以存活数月甚至更长时间,在适宜条件下引起青椒茎腐、根腐和枯萎;寄主范围广,除侵染辣椒外,还可以侵染西葫芦、黄瓜、番茄等20多种作物。目前,对于辣椒疫病的防治主要采用化学防治,而培育抗病品种效果不稳定,原因之一是辣椒疫霉具有较强的变异能力。因此,探索辣椒疫霉菌重要的致病因子,研究抗病性生理生化机制,结合抗病性遗传,抗病基因的QTL定位(quantitative trait loci)与基因工程,进行抗病性鉴定和抗病育种方面研究成为病害防治的前景。其中细胞壁降解酶在病害致病关键因子之一,包括角质酶(cutinase),果胶酶(pectinase),纤维素酶(cellulase),半纤维素酶(hemicellulase),蛋白酶(protease)等。而果胶酶又包括多聚半乳糖醛酸酶(PG),果胶甲基酯酶(PME),果胶裂解酶(PL)。果胶甲基酯酶(PME)是许多植物病原菌分泌的一种果胶酶,能降解植物细胞壁,许多病原真菌,卵菌,细菌在侵染过程都能分泌果胶甲基酯酶。本文以辣椒疫霉菌为研究对象,克隆辣椒疫霉果胶甲基酯酶基因及表达研究。以辣椒疫霉强致病和果胶甲基酯酶活性高的菌株为实验材料构建的DNA文库,借助Pool-PCR技术分离了4个果胶甲基酯酶基因。对基因结构分析发现4个pme基因具有很高的同源性,并具有不同数目的糖基化位点。所编码的蛋白具果胶甲基酯酶的保守序列和蛋白活性位点。本研究发现,辣椒疫霉pme基因与卵菌pme基因具高度保守序列,也证明了卵菌在自然界中的分类地位。并且对其中一个基因构建质粒进行体外诱导表达,制备了多克隆抗体,借助蛋白印记杂交验证了重组蛋白的免疫活性,其具体研究结果如下:1、Pool-PCR法筛选基因文库,分离了4个果胶甲基酯酶基因从GenBank中下载若干pme基因,同源比对设计多对引物( P230+ AP650,P230+ P920,P230+ P795,P445+ P920,P445+AP650, P620 + P920 ,P650+P920,P445+ P795),然后进行反复筛选,分离了3个全长和1个非全长基因。利用引物P230+AP650筛选出pcpme6,P650+P920筛选出pcpme7和pcpme8,其中P445+P920和P445+P795均能扩增出pcpme9。将所克隆的4个基因经过blast,显示全部为果胶甲基酯酶基因。经过DNAman软件处理分析了这4个基因的基本结构,最大开放阅读框长度差别不大,均在1100bp左右,编码345-348个氨基酸,预测氨基酸分子量为37-38kDa。利用http://www.expasy.org和http://www.cbs.dfu.dk/service/signalP对这四个基因的信号肽和N糖基化位点进行预测,信号肽长度16-20个氨基酸不等,N-端糖基化位点4-7个不等,4个基因的理论PI值为5-9。2、RACE技术扩增pcpme9的3’端将辣椒疫霉菌置于三角瓶进行振荡培养7天后,收集菌丝。然后液氮研磨,利用Trizol法提取总RNA,经反转录酶作用,合成cDNA,作为模板,以通用引物(USP)和基因特异引物(GSP)进行第一轮PCR;以第一轮产物做模板,用巢式特异引物(NGSP)和巢式通用引物(NUSP)进行第二轮PCR,目的片段回收,连接,转化大肠杆菌DH-5α后,送样测序。将测序片段拼接后,对其进行了初步分析,果胶甲基酯酶基因pcpme9序列全长为1041 bp,最大开放阅读框ORF为1038bp(1-1038),ORF编码一个346个氨基酸的蛋白质,预测编码产物大小约为38kDa,并有7个N糖基化位点,信号肽含16个氨基酸。3、pcpme6真核表达和Western blot根据已经克隆的pcpme6基因序列,设计特异性引物,PCR扩增其成熟肽片断。重组至酵母分泌型表达载体pPIC9K,构建重组表达载体pPIC9K/pcpme6,转化至大肠杆菌JM109中,筛选得到阳性克隆。重组质粒经stuⅠ线性化后转化毕赤酵母GS115感受态细胞,经G418筛选和PCR扩增转化子基因组筛选,得到数株基因工程酵母菌。SDS-PAGE分析发现,重组蛋白进行了特异表达,分子量大小为50KDa左右。通过将酵母分泌的PME蛋白免疫家兔,制备特异性抗体。Western blot分析结果进一步表明,转基因酵母成功表达,重组抗原有良好的免疫活性,多克隆抗体具有较高特异性和灵敏度,重组蛋白与制备的抗体特异性结合。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 文献综述
  • 引言
  • 1 辣椒疫病的研究进展
  • 1.1 辣椒疫病的危害
  • 1.2 传播途径及发病规律
  • 1.3 生理生化形状
  • 1.4 辣椒疫霉病害防治
  • 2 植物真菌致病基因的研究进展
  • 2.1 与侵染结构产生有关的基因
  • 2.2 与细胞壁降解有关的基因
  • 2.3 与寄主反应代谢物有关的基因
  • 2.4 毒素基因
  • 2.5 与信号传导有关的基因
  • 3 果胶甲基酯酶研究进展
  • 3.1 果胶
  • 3.2 果胶酶
  • 3.2.1 果胶酶的分布
  • 3.2.2 果胶酶类型上的分化
  • 4 果胶酶的应用性研究
  • 4.1 利用果胶酶瓦解植物细胞的细胞壁
  • 4.2 部分分解细胞间质中的果胶物质
  • 4.3 利用果胶酶生产果胶低聚糖
  • 5 果胶甲基酯酶
  • 5.1 果胶甲基酯酶的存在与来源
  • 5.2 果胶甲基酯酶的分子量及分子组成
  • 5.3 果胶甲基酯酶的结构
  • 5.4 果胶甲基酯酶的性质与作用机理
  • 5.5 果胶甲基酯酶分子生物学研究
  • 6 利用酵母体系表达外源蛋白的研究进展
  • 6.1 毕赤酵母表达体系
  • 6.2 巴斯德毕赤酵母的生物学特性
  • 6.3 毕赤酵母宿主菌和表达载体的类型
  • 6.4 表达载体在毕赤酵母中的整合
  • 7 实验目的及意义
  • 第一章 果胶甲基酯酶基因克隆与测序
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 DNA 文库
  • 1.1.2 菌株与质粒
  • 1.1.3 酶和生化试剂
  • 1.1.4 仪器
  • 1.1.5 培养基
  • 1.1.6 溶液配制
  • 1.2 实验方法
  • 1.2.1 引物设计
  • 1.2.2 96 个克隆总质粒DNA 的大量提取(碱裂解法)
  • 1.2.3 16 个克隆总质粒DNA 的提取
  • 1.2.4 单个克隆质粒 DNA 的提取
  • 1.2.5 Pool PCR 法筛选基因组文库
  • 1.2.6 基因序列的生物信息学分析
  • 2 结果与分析
  • 2.1 辣椒疫霉菌果胶甲基酯酶pcpme6基因的核苷酸序列和氨基酸序列分析
  • 2.2 辣椒疫霉菌果胶甲基酯酶基因pcpm7 的核苷酸序列和氨基酸序列分析
  • 2.3 辣椒疫霉菌果胶甲基酯酶pcpme8基因的核苷酸序列和氨基酸序列分析
  • 2.4 辣椒疫霉菌果胶甲基酯酶pcpme9基因的核苷酸序列和氨基酸序列分析
  • 3 讨论
  • 3.1 PCR 常见问题及解决方案
  • 3.2 利用基因组文库筛选基因
  • 3.3 果胶甲基酯酶基因的结构分析
  • 第二章 Race 分离果胶甲基酯酶基因 pcpme9 3’端
  • 1 材料与方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 菌株与质粒
  • 1.1.2 酶和生化试剂
  • 1.1.3 仪器
  • 1.1.4 培养基及溶液配制
  • 1.2 实验方法
  • 1.2.1 辣椒疫霉菌RNA 的提取
  • 1.2.2 cDNA 的合成
  • 1.2.3 引物设计
  • 1.2.4 用 RACE cDNA Amplification Kit 扩增目的片段
  • 1.2.5 目的片段连接转化
  • 1.2.6 克隆测序
  • 2 结果与分析
  • 2.1 RNA 的提取
  • 2.2 RACE PCR 结果
  • 2.3 测序结果
  • 3 讨论
  • 3.1 总 RNA 的提取
  • 3.2 RACE 技术
  • 第三章 辣椒疫霉菌果胶甲基酯酶 pcpme6 的真核表达和 western blot
  • 1 材料和方法
  • 1.1 材料
  • 1.1.1 菌株和质粒
  • 1.1.2 酶和生化试剂
  • 1.1.3 培养基及有关溶液的配制
  • 1.1.4 主要仪器设备
  • 1.2 实验方法
  • 1.2.1 果胶甲基酯酶基因pcpme6 成熟肽基因序列的分离
  • 1.2.2 酵母表达载体的构建
  • 1.2.3 重组转化子鉴定与筛选
  • 1.2.4 果胶甲基酯酶 Pcpme6 基因在毕赤酵母中的诱导表达
  • 1.2.5 果胶甲基酯酶SDS-PAGE 分析
  • 1.2.6 利用基因表达产物制备兔抗血清
  • 1.2.7 Western blot 杂交
  • 2 结果与分析
  • 2.1 pcpme6 成熟肽基因序列的分离
  • 2.2 酵母表达载体的构建和鉴定
  • 2.3 酵母转化子筛选与鉴定
  • 2.4 重组蛋白的诱导表达和SDS-PAGE 分析
  • 2.5 western blot 杂交
  • 3 讨论
  • 3.1 表达系统的选择
  • 3.2 外源基因在 Pichia pastoris 中的分泌表达的必要性
  • 3.3 影响外源基因表达量的因素
  • 3.3.1 表达载体的构建策略
  • 3.3.2 电转化提高转化效率
  • 3.3.3 表达载体与宿主染色体的整合
  • 3.3.4 外源基因的拷贝数
  • 3.3.5 产物的稳定性
  • 3.3.6 培养条件
  • 3.4 表达果胶甲基酯酶PME6 的活性
  • 3.5 western blot
  • 3.5.1 多克隆抗体的制备
  • 3.5.2 聚丙烯酰胺凝胶制备
  • 3.5.3 转膜
  • 结论与建议
  • 1 结论
  • 2 建议
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读学位期间发表论文情况
  • 相关论文文献

    标签:;  ;  ;  ;  ;  

    辣椒疫霉菌4个果胶甲基酯酶基因的克隆和pcpme6的真核表达研究
    下载Doc文档

    猜你喜欢