非线性光学材料和生物酶体系的理论研究

论文摘要

材料化学和生物化学是近年来化学领域中最具应用前景的两个研究方向，也是计算化学探讨的热点方向。在材料化学中，非线性光学材料是近四十年才发展起来的一种新型材料。从技术领域到研究领域，它的应用都十分广泛，如制成电光开关、实现激光频率的调谐、进行光学信息处理等。本论文前四章即是针对无机和有机非线性光学材料进行计算，并讨论了非线性极化率和体系电子结构之间的关系。在生命活动中，生物酶起着至关重要的作用，和我们的生活也密切相关。但对它们酶催化反应机理的研究，无论在实验测定还是理论计算领域，仍存在着诸多挑战。本论文后四章即是采用分子动力学模拟结合QM／MM组合方法，计算了磷酸三酯水解酶和酵母菌胞嘧啶脱氨酶的反应机理，并对这两个体系的定点突变实验研究提出了有用的建议。总体来说，本论文主要的工作以及得出的结论包括：（1）在TDDFT／an12DZ+6-31G*水平下对（ZnS）6～12半导体团簇的三阶非线性光学性质进行了计算，并用态求和（SOS）方法求得了静态三阶宏观极化率x3和0～2．5 eV范围内输入光子能量对三阶微观极化率γ的动态行为。结果表明，（ZnS）6～12的x3值与其它半导体团簇相比略好。且（ZnS）7和（ZnS）11分别在1．6eV和2．0 eV处出现了很大的γ值，为-2．38*10-33esu和1．26*10-33esu。在此输入光子能量处激发，它们将会产生很强的三阶非线性光学效应。（2）在TDDFT-SOS／Lan12DZ+3-21G*水平下对白屈菜氨酸配合物Mm（C7H3O5N）n（M=Cu，Ag）的非线性光学性质进行了计算，并探讨了分子轨道与非线性光学性质的内在联系。结果表明，对二阶极化率有影响的电子转移为π-π*和3dM-π*，且Ag2Cu2（C7H3O5N）4在0．74 eV处出现了很大的β值，为3．84×10-25cm5esu-1。电子转移π-π*对三阶极化率的增强有非常重要的作用，最大的γ值为Ag2Cu2（C7H3O5N）4出现在0．50 eV处的-4．46×10-29esu。Cu离子作为电子桥，不仅增大了配体的电子离域范围，还导致了螺旋共轭现象的产生。（3）在QM（PM3-SPR）／MM水平下对磷酸三酯酶催化水解paiaoxon的反应机理进行分子动力学模拟，并在QM（DFT）／MM水平下计算了一些关键态的能量与动力学的结果比较。模拟开始前，我们根据DFT的计算结果重新优化了PM3中磷原子的参数，并依照文献报道更新了Zn原子的参数。结果表明，paraoxon在接近羟基过程中的扭曲是整个反应的速率决定步骤。任何可以缩短NE1@Trp131和磷酸酯上O原子之间的氢键距离的突变，都有可能增强磷酸三酯酶分解有机磷的反应活性，例如把Trp131突变为精氨酸、谷氨酰胺、甚至是酪氨酸。对Phe132进行类似的突变也会有好的效果。（4）通过QM（PM3）／MM结合MD的方法模拟了酵母菌胞嘧啶脱氨酶把胞嘧啶脱氨形成尿嘧啶的反应过程。计算结果表明，Glu264在整个反应过程中扮演了十分重要的中转站角色。由被Zn离子束缚的尿嘧啶到自由态尿嘧啶的过程为整个反应的速率决定步骤。高的能量消耗主要是由Zn离子从四配位变成五配位模式需要克服的空间位阻所造成的。所以，我们认为将Glu264突变为体积较小的残基，或是移走Ile233和His262使尿嘧啶更容易从它们的夹层中逃离，可以降低速率决定步骤的反应能垒，从而提高酵母菌胞嘧啶脱氨酶的脱氨活性。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 非线性光学材料绪论
• 1.1 非线性光学材料研究概况
• 1.1.1 非线性光学
• 1.1.2 无机材料
• 1.1.3 有机材料
• 1.2 非线性光学效应的测定
• 1.2.1 实验测定研究进展
• 1.2.2 理论计算研究进展
• 1.3 本论文非线性光学材料部分拟开展的工作
• 参考文献
• 第二章 非线性光学材料计算方法
• 2.1 密度泛函理论
• 2.2 含时密度泛函方法
• 2.3 态求和方法
• 参考文献
• 6～12团簇非线性光学性质的理论研究'>第三章 （ZnS）_6～12团簇非线性光学性质的理论研究
• 3.1 前言
• 3.2 计算细节
• 3.3 结果与讨论
• 3.3.1 几何构型的优化
• 3.3.2 静态三阶非线性光学性质
• 3.3.3 动态三阶非线性光学性质
• 3.4 结论
• 参考文献
• 第四章 白屈菜氨酸配合物Mm（C7H3O5N）n （M=Cu,Ag）非线性光学性质的理论研究
• 4.1 前言
• 4.2 计算细节
• 4.3 结果与讨论
• 4.3.1 几何结构与电子结构分析
• 4.3.2 二阶极化率性质
• 4.3.2.1 静态二阶极化率β（0）
• 4.3.2.2 动态二阶极化率β（-2ω;ω,ω）
• 4.3.3 三阶阶极化率性质
• 4.3.3.1 静态三阶极化率γ（0）
• 4.3.3.2 动态三阶极化率γ（-3 ω;ω,ω,ω）
• （3）（0）'>4.3.3.3 静态三阶光磁化率x^（3）（0）
• 4.4 结论
• 参考文献
• 第五章 生物酶体系绪论
• 5.1 磷酸三酯酶催化水解反应概述
• 5.1.1 研究背景
• 5.1.2 实验测定研究进展
• 5.1.3 理论计算研究进展
• 5.2 酵母菌胞嘧啶脱氨酶催化脱氨反应概述
• 5.2.1 研究背景
• 5.2.2 实验测定研究进展
• 5.2.3 理论计算研究进展
• 5.3 本论文生物酶体系部分拟开展的工作
• 参考文献
• 第六章 生物酶体系计算方法
• 6.1 分子动力学模拟
• 6.1.1 分子动力学基本原理
• 6.1.2 力场
• 6.1.3 边界条件
• 6.1.4 自由能的计算
• 6.1.4.1 平均力势
• 6.1.4.2 伞形取样技术
• 6.1.5 MD的计算流程与局限性
• 6.2 QM/MM组合方法
• 6.2.1 分子力学方法
• 6.2.2 半经验量子化学方法
• 6.2.3 QM/MM方法基本原理
• 参考文献
• 第七章 磷酸三酯酶催化水解反应的分子动力学模拟
• 7.1 前言
• 7.2 计算细节
• 7.3 结果与讨论
• 7.3.1 底物与酶的结合
• N2反应过程'>7.3.2 S_N2反应过程
• 7.3.3 磷酸二乙酯的脱离
• 7.3.4 与对甲苯磷酸二乙酯比较
• 7.4 结论
• 参考文献
• 第八章 酵母菌胞嘧啶脱氨酶催化脱氨反应的分子动力学模拟
• 8.1 前言
• 8.2 计算细节
• 8.3 结果与讨论
• 8.3.1 底物与酶的结合
• 8.3.2 氨分子的离去
• 8.3.3 尿嘧啶的脱离
• 8.4 结论
• 参考文献
• 附录一 三个白屈菜氨酸配合物的晶体结构数据
• 附录二 PM3-SRP parameters for the phosphorous atom
• 在学期间论文发表情况
• 致谢