本文主要研究内容
作者许云霄（2019）在《不同病害症状油桃的病毒群体分析》一文中研究指出：桃是我国重要的经济树种之一,油桃是重要栽培种,近年来桃树病毒的侵染日益增强,成为影响桃树生长及果品质量的重要因素。本研究首先利用NGS,RT-PCR技术和遗传进化分析方法,比较不同症状油桃样品中的病毒群体差异,鉴定我国新发病毒,扩增基因组全长,研究了病毒/类病毒的复合侵染在宿主症状表现中的作用,分析了引起病害症状的主要病毒群体,为防治油桃病毒病提供理论依据;其次,对我国新发现的三种病毒建立了简便、经济、快速和准确的多重RTPCR检测体系,为田间样品的大规模调查提供了便利。1.利用NGS技术和系统发育分析的方法,比较分析了两个品种不同症状的五棵油桃树中的病毒群体,并利用RT-PCR技术在26个具有相似症状的样品中进行了验证。结果表明,病毒群体数与品种和症状紧密相关,5棵树分别鉴定到1-9种病毒或类病毒。果面有痘状凸起症状的样品T02(油桃1233)的病毒群体数最多,包含5个科中的9种病毒/类病毒,并在我国李属植物上首次发现PeVD的侵染;在果面凹凸不平症状的样品T04(中油4)中鉴定到3个科中的4种病毒/类病毒,在1个花叶症状样品T05中仅鉴定到1种类病毒PLMVd。综合不同样品的病毒群体NGS数据和遗传进化分析结果表明,T02样品症状可能是由长线形病毒科的PBNSPaV、乙型线形病毒科的CGRMV和CNRMV以及黄症病毒科的NSPaV之间相互作用的结果,并且推测CGRMV和CNRMV在该症状表达中充当“辅助病毒”的作用。T04样品症状可能与NSPaV和APV2的共侵染有关。此外,PLMVd的遗传进化分析结果表明,有症状的单棵树中存在着不同的PLMVd序列变体,推断叶片症状可能与不同的PLMVd序列变体共侵染有关。2.利用植物nad5基因作为内参,建立了一套可同时检测三种新发病毒(PaLV,PeVD和NSPaV)的多重(m)RT-PCR检测体系。以感染三种病毒的田间样品作为材料,筛选出三对特异性引物,并对引物浓度、退火温度等条件进行优化,评估了mRT-PCR的灵敏度,构建了可以在单一反应中同时检测三种病毒的mRT-PCR检测体系,并用所构建的mRT-PCR检测体系检测了田间21棵桃树叶片中的病毒。结果表明,本研究开发的mRT-PCR检测体系简便、经济、快速和准确,有助于田间样品的大规模调查。3.利用RT-PCR和RACE技术对中国分离物T04进行NSPaV全长基因组的扩增,结果显示,NSPaV-T04的基因组大小为4991 nt,与GenBank中登录的几条分离物基因组序列结构相同,编码四个开放阅读框。序列比对结果表明,中国分离物NSPaV-T04与美国分离物NSPaV/12P42(KT273410)的序列相似性最高,对ORF的几个蛋白编码区的核苷酸和氨基酸序列分析表明,ORF1(RdRp P1)的变异较大,ORF3(CP)的相似性最高。系统发育分析也表明,NSPaV-T04与NSPaV/12P42的亲缘关系最近。这是我国NSPaV全长基因组序列的首次报道。
Abstract
tao shi wo guo chong yao de jing ji shu chong zhi yi ,you tao shi chong yao zai pei chong ,jin nian lai tao shu bing du de qin ran ri yi zeng jiang ,cheng wei ying xiang tao shu sheng chang ji guo pin zhi liang de chong yao yin su 。ben yan jiu shou xian li yong NGS,RT-PCRji shu he wei chuan jin hua fen xi fang fa ,bi jiao bu tong zheng zhuang you tao yang pin zhong de bing du qun ti cha yi ,jian ding wo guo xin fa bing du ,kuo zeng ji yin zu quan chang ,yan jiu le bing du /lei bing du de fu ge qin ran zai su zhu zheng zhuang biao xian zhong de zuo yong ,fen xi le yin qi bing hai zheng zhuang de zhu yao bing du qun ti ,wei fang zhi you tao bing du bing di gong li lun yi ju ;ji ci ,dui wo guo xin fa xian de san chong bing du jian li le jian bian 、jing ji 、kuai su he zhun que de duo chong RTPCRjian ce ti ji ,wei tian jian yang pin de da gui mo diao cha di gong le bian li 。1.li yong NGSji shu he ji tong fa yo fen xi de fang fa ,bi jiao fen xi le liang ge pin chong bu tong zheng zhuang de wu ke you tao shu zhong de bing du qun ti ,bing li yong RT-PCRji shu zai 26ge ju you xiang shi zheng zhuang de yang pin zhong jin hang le yan zheng 。jie guo biao ming ,bing du qun ti shu yu pin chong he zheng zhuang jin mi xiang guan ,5ke shu fen bie jian ding dao 1-9chong bing du huo lei bing du 。guo mian you dou zhuang tu qi zheng zhuang de yang pin T02(you tao 1233)de bing du qun ti shu zui duo ,bao han 5ge ke zhong de 9chong bing du /lei bing du ,bing zai wo guo li shu zhi wu shang shou ci fa xian PeVDde qin ran ;zai guo mian ao tu bu ping zheng zhuang de yang pin T04(zhong you 4)zhong jian ding dao 3ge ke zhong de 4chong bing du /lei bing du ,zai 1ge hua xie zheng zhuang yang pin T05zhong jin jian ding dao 1chong lei bing du PLMVd。zeng ge bu tong yang pin de bing du qun ti NGSshu ju he wei chuan jin hua fen xi jie guo biao ming ,T02yang pin zheng zhuang ke neng shi you chang xian xing bing du ke de PBNSPaV、yi xing xian xing bing du ke de CGRMVhe CNRMVyi ji huang zheng bing du ke de NSPaVzhi jian xiang hu zuo yong de jie guo ,bing ju tui ce CGRMVhe CNRMVzai gai zheng zhuang biao da zhong chong dang “fu zhu bing du ”de zuo yong 。T04yang pin zheng zhuang ke neng yu NSPaVhe APV2de gong qin ran you guan 。ci wai ,PLMVdde wei chuan jin hua fen xi jie guo biao ming ,you zheng zhuang de chan ke shu zhong cun zai zhao bu tong de PLMVdxu lie bian ti ,tui duan xie pian zheng zhuang ke neng yu bu tong de PLMVdxu lie bian ti gong qin ran you guan 。2.li yong zhi wu nad5ji yin zuo wei nei can ,jian li le yi tao ke tong shi jian ce san chong xin fa bing du (PaLV,PeVDhe NSPaV)de duo chong (m)RT-PCRjian ce ti ji 。yi gan ran san chong bing du de tian jian yang pin zuo wei cai liao ,shai shua chu san dui te yi xing yin wu ,bing dui yin wu nong du 、tui huo wen du deng tiao jian jin hang you hua ,ping gu le mRT-PCRde ling min du ,gou jian le ke yi zai chan yi fan ying zhong tong shi jian ce san chong bing du de mRT-PCRjian ce ti ji ,bing yong suo gou jian de mRT-PCRjian ce ti ji jian ce le tian jian 21ke tao shu xie pian zhong de bing du 。jie guo biao ming ,ben yan jiu kai fa de mRT-PCRjian ce ti ji jian bian 、jing ji 、kuai su he zhun que ,you zhu yu tian jian yang pin de da gui mo diao cha 。3.li yong RT-PCRhe RACEji shu dui zhong guo fen li wu T04jin hang NSPaVquan chang ji yin zu de kuo zeng ,jie guo xian shi ,NSPaV-T04de ji yin zu da xiao wei 4991 nt,yu GenBankzhong deng lu de ji tiao fen li wu ji yin zu xu lie jie gou xiang tong ,bian ma si ge kai fang yue dou kuang 。xu lie bi dui jie guo biao ming ,zhong guo fen li wu NSPaV-T04yu mei guo fen li wu NSPaV/12P42(KT273410)de xu lie xiang shi xing zui gao ,dui ORFde ji ge dan bai bian ma ou de he gan suan he an ji suan xu lie fen xi biao ming ,ORF1(RdRp P1)de bian yi jiao da ,ORF3(CP)de xiang shi xing zui gao 。ji tong fa yo fen xi ye biao ming ,NSPaV-T04yu NSPaV/12P42de qin yuan guan ji zui jin 。zhe shi wo guo NSPaVquan chang ji yin zu xu lie de shou ci bao dao 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自中国农业科学院的许云霄，发表于刊物中国农业科学院2019-07-05论文，是一篇关于油桃论文,病毒群体论文,高通量测序论文,基因组克隆论文,遗传进化分析论文,中国农业科学院2019-07-05论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自中国农业科学院2019-07-05论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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