对与Hin蛋白质相互作用的Hix脱氧核糖核酸的中心位的核磁共振研究

论文摘要

Hin是一种可以促进脱氧核糖核酸位置倒置,从而可以控制鼠伤寒杆菌中鞭毛蛋白的交替性表达的一种特殊的重组结合酶。在这种特殊位的倒置中,一段被两个具有26个碱基对的反序序列(（HixL and HixR）所包围的993个碱基对得到倒置。在这种脱氧核糖核酸位置倒置的第一阶段中,Hin重组结合酶以很高的亲和性和特殊性作为二聚物绑定到每一个具有26个碱基对的Hix脱氧核糖核酸位置上。起初,对这种特殊性的理解是通过研究和Hin重组结合酶结合的Hix脱氧核糖核酸的主槽面和副槽面的5-6和9-13的位置（分别从倒置的中心编号）。然而,我们通过体内试验发现对中心位（+1,-1）进行变异的Hix脱氧核糖核酸也可以调节Hin重组结合酶和Hix脱氧核糖核酸之间的绑定。 为了探讨和解释这种未知的特殊性,我通过运用核磁共振实验和荧光光谱能量共振偏移对具有野生型和变异型的中心位的Hix脱氧核糖核酸的三维结构进行了解析和动力学的研究和表征。同时本文将以脱氧核糖核酸结构的可塑性为切入点来探讨Hix脱氧核糖核酸的中心位对Hin重组结合酶的作用。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• Contents
• List of Figures
• List of Tables
• 1. Introduction
• 1.1. DNA-Protein Interation
• 1.2. Salmonella Typhimurium Phase Varian
• 1.2.1. Salmonella Typhimurium
• 1.2.2. Salmonella Typhimurium Flagellins
• 1.2.3 Salmonella Typhimurium Phage Varian
• 1.3. Site-Specific DNA Inversion by Hin recombinase
• 1.3.1. Site-Specific Recombination
• 1.3.2. Recombinase Category
• 1.3.3 Site-Specific Protein-Hin Recombinase
• 1.3.4. DNA Binding of Hin Recombinase
• 1.3.5. Mechanism of specific DNAInversion by Hin recombinase
• 1.3.6 Recombination Site Required by Hin Recombinase
• 1.3.7 Invivo Assay of Hin-Hix binding
• 1.3.8 Aim of this Work
• 2. Materials and Method
• 2.1. Sample Preparation
• 2.2.NMR Experiment
• 2.3. Base Pair Kinetics
• 2.4. Fluorescence Experiment
• 2.5. Model Building
• 3. Results
• 3.1. NMR Resonance Assignment
• 3.2.Structure Determination
• 3.3. Overall Structure of Hix-AT and Hix-CG
• 3.4.Characteristic Structural Indentities of Hix-AT and Hix-CG
• 3.5 Base Pair Lifetime of Hix-AT and Hix-CG
• 3.6 Fluorescence Resonance Energy Transfer of Hix-AT and Hix-CG
• 4. Discussion
• 5. References
• Acknowledgement