微生物代谢通量及代谢途径分析

微生物代谢通量及代谢途径分析

论文摘要

本文围绕微生物代谢过程开展研究,首先构建大肠杆菌中心碳代谢网络,然后以代谢平衡分析(Flux BalanceAnalysis,FBA)方法为基础,选取E.coli1.1566及有代表性的中心碳代谢途径单基因敲除大肠杆菌进行考察,包括△sdhAB、△ackA-pta基因敲除大肠杆菌。在MATLAB6.1环境下,应用CellNetAnalyzer软件计算,以最大比生长速率(μ)为优化目标函数求解。通量值以胞外碳水化合物进入胞内的速率为标准进行归一化,得到野生型大肠杆菌胞内中心碳代谢途径的通量分布,以及敲除不同基因大肠杆菌与野生型的代谢通量对比。并通过代谢通量分析考察了这些单基因敲除对大肠杆菌代谢的影响,借以了解各菌株的主要代谢特征。为客观反映微生物细胞代谢物组的真实情况,建立快速微生物代谢淬灭(quenching)方法和标准化胞内代谢物提取方法,同时建立基于气相色谱和质谱联用的细菌胞内代谢物分析方法。研究利用不同有机溶剂快速淬灭细胞代谢活动的能力,筛选不同萃取方案对微生物细胞代谢物提取效率的差异,通过析因分析筛选出对细胞淬灭效果有显著影响的有机溶剂冷乙腈,同时为了提高硅烷化衍生效率,对GC-MS衍生条件也作了进一步的优化,结果表明:冻干后的胞内代谢物中加入50μL吡啶,超生10min溶解后,再加入60μL BSTFA+1%TMS,75℃水浴45min,使提取到的代谢物种类较多且总量较大。为“全组分”指纹分析提供可靠的前提条件,为进一步代谢途径分析打下了基础。对苯二甲酸(PTA)是一种重要的化工原料,为了研究生物催化对二甲苯(PX)生成对苯二甲酸(PTA)的代谢途径,建立了对苯二甲酸、对甲基苯甲醛、对甲基苯甲醇、对甲基苯甲酸的高效液相色谱分析方法。采用Hypersil SAX阴离子交换柱,流动相为2.5mol/LNH4H2PO4含10%的乙腈溶液,pH4.32,流速0.8mL/min,柱温30℃,紫外检测波长为254nm。在此色谱条件下,各组分在7min内得到很好的分离,回收率符合含量测定要求。运用该方法测定睾丸酮丛毛单胞菌和嗜麦芽窄食单胞菌生物催化生成对苯二甲酸不同发酵时间发酵液中主要代谢物含量,并结合GC-MS方法检测胞内代谢物,包括有机酸、氨基酸、糖及长链脂肪酸等,分析了睾丸酮丛毛单胞菌和嗜麦芽窄食单胞菌协同作用催化对二甲苯生成对苯二甲酸的代谢途径。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 目录
  • 第一章 文献综述
  • 1.1 代谢组学及其在微生物领域的研究进展
  • 1.1.1 代谢组学
  • 1.1.1.1 代谢组学研究的几个层次
  • 1.1.1.2 代谢组学技术平台
  • 1.1.1.3 代谢组学解析流程
  • 1.1.1.4 代谢组学的生物分析策略
  • 1.1.2 代谢组学在微生物研究中的应用
  • 1.1.2.1 微生物代谢组学
  • 1.1.2.2 代谢途径研究及发酵过程中细胞生理生化状态测定方面的应用
  • 1.1.2.3 代谢组学在微生物代谢工程学中的应用
  • 1.1.2.4 环境微生物研究
  • 1.2 微生物代谢物的提取
  • 1.2.1 具有代表性的生物样品的获得
  • 1.2.2 快速样品制备和淬灭
  • 1.2.3 实验设计
  • 1.3 代谢网络定量分析
  • 1.3.1 代谢控制分析
  • 1.3.1.1 基本理论
  • 1.3.1.2 应用
  • 1.3.2 代谢通量分析
  • 1.3.2.1 基本理论
  • 1.3.2.2 应用
  • 1.3.2.3 代谢平衡分析
  • 1.4 微生物代谢网络数据库
  • 1.4.1 参考生化数据库
  • 1.4.2 代谢途径数据库
  • 1.5 工业微生物技术和应用
  • 1.5.1 微生物催化合成
  • 1.5.2 重要工业微生物的代谢工程
  • 1.6 本论文的研究意义与内容
  • 第二章 不同遗传背景的大肠杆菌代谢通量分析
  • 2.1 前言
  • 2.2 实验材料
  • 2.2.1 仪器和试剂
  • 2.2.2 菌株
  • 2.2.3 培养基
  • 2.3 实验方法
  • 2.3.1 样品制备
  • 2.3.1.1 细胞培养条件
  • 2.3.1.2 发酵液制备
  • 2.3.2 生长曲线的绘制
  • 2.3.3 细胞浓度测定
  • 2.3.4 残糖测定
  • 2.3.5 标准溶液的配制
  • 2.3.6 HPLC 条件
  • 2.3.7 代谢平衡分析方法
  • 2.4 结果与讨论
  • 2.4.1 三株大肠杆菌生长曲线及葡萄糖残余浓度曲线
  • 2.4.2 细胞浓度测定结果
  • 2.4.3 大肠杆菌发酵液中有机酸的测定
  • 2.4.3.1 有机酸标准品分析
  • 2.4.3.2 有机酸外标工作曲线和线性范围的确定
  • 2.4.3.3 发酵不同时间大肠肝菌发酵液中有机酸含量的测定
  • 2.4.4 大肠杆菌代谢通量分析
  • 2.4.4.1 大肠杆菌代谢反应方程
  • 2.4.4.2 不同遗传背景的大肠杆菌代谢通量比较
  • 2.5 本章小结
  • 第三章 GC-MS 分析细菌胞内代谢物的代谢组学研究方法的建立
  • 3.1 前言
  • 3.2 实验材料
  • 3.2.1 仪器和试剂
  • 3.2.2 试验菌株
  • 3.2.3 培养基及培养条件
  • 3.3 实验方法
  • 3.3.1 实验设计
  • 3.3.1.1 大肠肝菌快速淬灭有机溶剂选择的实验设计
  • 3.3.1.2 气相色谱衍生条件优化的实验设计
  • 3.3.2 胞内代谢物的提取方法
  • 3.3.3 衍生方法
  • 3.3.4 标准溶液的配制
  • 3.3.5 GC-MS 分析方法
  • 3.3.6 数据处理
  • 3.4 结果与讨论
  • 3.4.1 微生物淬灭方法的确定
  • 3.4.1.1 淬灭方法的选择
  • 3.4.1.2 淬灭所用有机溶剂的确定
  • 3.4.2 气相衍生条件的确定
  • 3.4.3 GC-MS 方法学研究大肠杆菌胞内代谢物
  • 3.4.3.1 大肠杆菌胞内代谢物GC-MS指纹图谱
  • 3.4.3.2 胞内代谢物GC-MS定性定量分析
  • 3.4.3.3 胞内代谢物标准品GC-MS定量参数
  • 3.4.4 六种细菌用于代谢组学研究的GC-MS方法学考察
  • 3.5 本章小结
  • 第四章 生物催化生成对苯二甲酸微生物协同作用的代谢途径分析
  • 4.1 前言
  • 4.2 实验材料
  • 4.2.1 仪器和试剂
  • 4.2.2 试验菌株
  • 4.2.3 培养基
  • 4.3 实验方法
  • 4.3.1 样品制备
  • 4.3.1.1 细胞培养及发酵液制备
  • 4.3.1.2 细胞破碎及胞内代谢物的衍生
  • 4.3.2 标准溶液的配制
  • 4.3.3 HPLC 检测条件
  • 4.3.4 GC-MS 检测条件
  • 4.4 结果与讨论
  • 4.4.1 对苯二甲酸等 4 种标准品 HPLC 图谱
  • 4.4.2 对苯二甲酸等 4 种标准品 HPLC 定量参数
  • 4.4.3 发酵液中主要代谢物的 HPLC 分析
  • 4.4.4 胞内代谢物的GC-MS检测
  • 4.4.5 代谢途径分析
  • 4.5 本章小结
  • 结论
  • 参考文献
  • 攻读硕士学位期间发表和撰写的论文
  • 致谢
  • 相关论文文献

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