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PITX2基因多态性与先天性心脏病相关研究

2020-12-16阅读(1049)

PITX2基因多态性与先天性心脏病相关研究

论文摘要

目的：本课题的研究重点是应用生物信息学的研究方法与研究工具,对与CHD相关的PITX2基因c亚型的编码区SNPs进行分析、筛选,确定可能影响基因功能的SNPs位点。进而在CHD与健康对照人群中用实验的方法对所得SNPs位点予以验证,探讨其与中国人群CHD的相关性,为预防和减少CHD的发生及制定CHD防治对策提供科学理论依据。方法：1.利用NCBI网站SNPs数据库查找PITX2基因c亚型编码区所有SNPs,同时运用在线生物信息学工具SNPper软件查找PITX2基因c亚型编码区的非同义SNPs。比较两种查询结果,参考相关文献,最终确定所要研究的SNPs位点。2.进行临床数据资料和临床标本收集和整理。采用病例-对照研究方法,采集入组CHD患者和健康对照组患者外周血2ml,以枸橼酸钠抗凝,于-80℃保存备用。3.基因测序并评价SNPs位点和CHD的相关性。血液基因组DNA提取→引物准备→PCR扩增目的片段→PCR产物的鉴定→PCR产物测序→数据分析。运用SPSS17.0软件进行相关数据分析：Hardy-Weinberg遗传平衡检测样本是否符合孟德尔遗传规律；病例-对照组间SNPs位点等位基因频率及基因型频率的比较,各基因型与CHD发病危险性的关系。结果：1.确定的PITX2基因2个SNPs位点分别为rs1051887:316G>C （Glu106Gln）, rs28936409:272G>C （Arg91Pro）。2.本研究所涉及的2个SNPs, rs1051887及rs28936409,在病例及对照组中均未见多态性结果。3.综合dbSNP数据库和SNPper软件的检索结果,确定本实验首次发现了PITX2基因的304C>G （Glu102Gln）位点存在C/G基因型,该SNP位于PITX2基因同源结构域内的外显子5内,mRNA序列第942位C→G,导致第102个氨基酸由谷氨酸（Glu, E）→谷氨酰胺（Gln, Q）,属非同义cSNP。4.数据分析结果显示,全部3个SNPs位点的病例组及对照组的基因型分布经Hardy-Weinberg遗传平衡检测无差异（P>0.05）,即样本符合孟德尔遗传规律。5.本研究新发现的PITX2基因SNP位点304C>G （Glu102Gln）,病例-对照研究发现,CHD组的CG基因型频率高于对照组（x2=7.177,P<0.05）,且等位基因的频率亦高于对照组χ2=5.566, P<0.05), CG基因型的OR=2.667,所以CG基因型使CHD发生的危险度增加。6. PITX2基因新的SNPs位点304C>G （Glu102Gln）,病例-对照研究发现,间隔缺损类CHD组CG基因型频率高于对照组（x2=6.400,P<0.05）,且等位基因的频率亦高于对照组（χ2=5.120, P<0.05）, CG基因型OR=2.778,所以CG基因型使间隔缺损类CHD发生的危险度增加。7.PITX2基因新的SNPs位点304C>G （Glu102Gln）,病例-对照研究发现,心血管畸形类CHD组的CG基因型频率高于对照组（x2=11.868,P<0.05）,且等位基因的频率亦高于对照组（x2=9.351,P<0.05）,CG基因型OR=4.000,所以CG基因型使血管畸形类CHD发生的危险度增加。结论：1.通过对PITX2基因进行生物学信息分析,综合dbSNP数据库和（?）SNPper软件的检索结果,参考相关文献,选择位于PITX2基因外显子5内两种检索方法共有的SNPs,分别确定SNP位点：rs1051887:316G>C （Glu106Gln）及rs28936409：272G>C （Arg91Pro）,并将其作为本组研究的PITX2基因的SNPs。2.选定的2个SNPs:rs1051887:316G>C （Glu106Gln）及rs28936409：272G>C（Arg91Pro）在病例-对照组中均未见多态性结果,推测上述2个SNPs位点可能与本组CHD的发生无关。3.综合dbSNP数据库和SNPper软件的检索结果,确定本研究首次发现存在个新的SNP位点304C>G （Glu102Gln）。直接测序结果发现位于PITX2基因外显子5内,发现了该位点CG基因型,mRNA序列第942位C→G,导致第102个氨基酸由谷氨酸（Glu, E）→谷氨酰胺（Gln, Q）,属非同义cSNP。4. PITX2基因的新的SNP位点304C>G （Glu102Gln）的CG基因型,对CHD的发生可能有重要的致病作用（CG基因型OR=2.667）。其中,对间隔缺损类CHD的发生可能有重要的致病作用（CG基因型OR=2.778）,并且对心血管畸形类CHD的发生也可能有重要的致病作用（CG基因型OR=4.000）。

论文目录

  • 中文摘要
  • Abstract
  • 缩略语
  • 前言
  • 研究现状、成果
  • 研究目的、方法
  • 2基因编码区内SNPs的筛选及生物信息学分析'>1 PITX2基因编码区内SNPs的筛选及生物信息学分析
  • 2基因相关生物信息学分析'>1.1 PITX2基因相关生物信息学分析
  • 2基因编码区内SNPs的筛选'>1.2 PITX2基因编码区内SNPs的筛选
  • 2 对象和方法
  • 2.1 研究对象
  • 2.2 主要仪器设备及实验试剂
  • 2.2.1 主要仪器设备
  • 2.2.2 主要实验试剂
  • 2.3 血液基因组DNA提取
  • 2.4 基因组DNA的鉴定
  • 2.5 引物准备
  • 2.6 PCR扩增
  • 2.7 PCR产物鉴定
  • 2.8 测序和比较
  • 2.9 统计学分析
  • 2.10 质量控制
  • 3 结果
  • 3.1 DNA质量鉴定
  • 3.2 PCR产物的鉴定
  • 3.3 测序结果
  • 3.3.1 测序结果比较
  • 2基因rs1051887位点测序结果'>3.3.2 PITX2基因rs1051887位点测序结果
  • 2基因rs28936409位点测序结果'>3.3.3 PITX2基因rs28936409位点测序结果
  • 2基因新发现SNP位点测序结果'>3.3.4 PITX2基因新发现SNP位点测序结果
  • 3.4 基因型分布及Hardy-Weinberg平衡
  • 3.5 CHD病例-对照组间各SNPs位点的等位基因频率、基因型频率比较
  • 4 讨论
  • 4.1 单核苷酸多态性的研究概况
  • 2基因与心脏的发育'>4.2 PITX2基因与心脏的发育
  • 2基因与CHD'>4.3 PITX2基因与CHD
  • 2基因与间隔缺损类CHD和心血管畸形类CHD'>4.4 PITX2基因与间隔缺损类CHD和心血管畸形类CHD
  • 结论
  • 参考文献
  • 发表论文和参加科研情况说明
  • 附录
  • 2基因与先天性心脏病'>综述 PITX2基因与先天性心脏病
  • 综述参考文献
  • 致谢

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