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雪峰乌骨鸡遗传多样性与起源分化研究

2020-12-07阅读(103)

雪峰乌骨鸡遗传多样性与起源分化研究

论文摘要

雪峰乌骨鸡是湖南省优质肉药兼用地方品种,具有抗逆性强、药用价值高、肉质细嫩、品味特佳等特点.对雪峰乌骨鸡的遗传性能与群体结构的研究具有重要的学术价值和经济价值。为了研究雪峰乌骨鸡的起源、进化及遗传多样性,本研究通过对雪峰乌骨鸡95个个体线粒体DNA的提取,PCR扩增D-100p区序列并进行测序分析。结合GenBank中提供的56条家鸡和原鸡的mtDNAD-loop区序列,应用分子进化遗传分析软件MEGA version 2.1进行序列比对:利用Dnasp4.0软件进行单倍型多样度,核苷酸多样度、核苷酸差异均数等分析;应用MEGA 4.0软件以Kimura双参数模型构建系统发育树;运用Network 4.0软件绘制所研究个体所有单倍型的中介网络图,研究各单倍型可能的进化途径。主要结论如下:1、首次获得11条雪峰乌骨鸡mtDNA D-loop区基因序列,长度为539bp。所测序列己被Genbank接收,序列号为:EU598205、EU598206、EU598207、EU598208、EU598209、EU598210、EU598211、EU598212、EU598213、EU598214、EU598215。2、雪峰乌骨鸡mtDNA序列539bp存在13个单倍型,同标准序列（序列号NC001323）相比较,得到25个变异位点,所有序列变异位点只有颠换（transversion）发生,没有发现转换、缺失和插入变异,平均颠换发生率为4.638%。3、在雪峰乌骨鸡和其它鸡种的23种单倍型中,单倍型H1、H3、H5为主体单倍型;在雪峰乌骨鸡中存在7种独特的单倍型（H11-14、H19-21）。4、雪峰乌骨鸡的单倍型多样度（H）为0.97500,核苷酸多样度（P1）为0.01364,核苷酸差异数（K）为7.32500,结果表明:雪峰乌骨鸡与其它家鸡相比,有着较为丰富的遗传多样性。5、根据序列间的遗传距离构建的NJ进化树,雪峰乌骨鸡13个单倍型共分为四支进化方向,由此推断雪峰乌骨鸡可能有四个不同的母系来源。6、雪峰乌骨鸡、余干乌骨鸡、盐津乌鸡之间表现出较近的遗传关系,它们与原鸡之间的遗传关系较其它群体与原鸡之间的遗传关系相对要近。7、雪峰乌骨鸡与余干乌骨鸡、盐津乌骨鸡乌可能共同起源于泰国红色原鸡、老挝原鸡和越南红色原鸡,并且在进化的过程中和其它家鸡有一定的基因交流。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 前言
  • 1 畜禽遗传多样性研究的重要性
  • 2 我国家养动物遗传多样性研究的必要性
  • 3 家鸡的起源与中国乌骨鸡种质资源研究概况
  • 3.1 家鸡的起源和演化
  • 3.2 乌骨鸡的品种
  • 3.3 乌骨鸡的乌色性状与羽色遗传
  • 3.4 乌骨鸡的开发利用
  • 4 家鸡遗传多样性研究进展
  • 4.1 形态学水平的遗传多样性研究
  • 4.2 染色体水平的遗传多样性研究
  • 4.3 蛋白质水平的遗传多样性研究
  • 4.3.1 血型基因座位多态性
  • 4.3.2 蛋白质、同工酶多态性
  • 4.4 DNA水平的遗传多态性
  • 4.4.1 微卫星DNA多态性
  • 4.4.2 RAPD多态性
  • 4.4.3 SNP多态性
  • 4.4.4 PCR-RFLP多态性
  • 4.4.5 AFL多态性
  • 5 线粒体DNA在禽类遗传多样性研究中的应用
  • 5.1 动物线粒体基因组的遗传特征
  • 5.2 家鸡线粒体基因组结构
  • 5.3 mtDNA多态性的研究方法
  • 5.4 动物mtDNA标记在群体遗传多样性研究中的应用
  • 5.4.1 分析种间多态性
  • 5.4.2 分析种内品种间及品种内多态性
  • 5.4.3 动物品种的起源与分化研究
  • 5.4.4 动物品种及类型的分类研究
  • 5.4.5 动物群体遗传结构及基因流动的研究
  • 5.4.6 标记经济性状,开展标记辅助选择
  • 6 雪峰乌骨鸡遗传多样性与起源研究的必要性
  • 7 本研究的目标和主要内容
  • 第二章 雪峰乌骨鸡线粒体DNA（mtDNA）D-loop区序列遗传多样性研究
  • 1 实验材料
  • 1.1 实验对象
  • 1.2 样品采集
  • 1.3 GenBank中家鸡和原鸡mtDNA D-loop区序列
  • 1.4 主要仪器设备
  • 1.5 主要试剂及工具酶
  • 1.6 部分试验试剂的配制
  • 2 实验方法
  • 2.1 mtDNA提取、检测及稀释
  • 2.2 PCR扩增
  • 2.2.1 扩增引物的设计
  • 2.2.2 PCR反应体系
  • 2.2.3 PCR反应程序
  • 2.2.4 PCR产物检测
  • 2.2.5 PCR产物回收
  • 2.2.6 测序
  • 2.3 数据处理与分析
  • 2.3.1 序列的编辑比对
  • 2.3.2 序列多态性及群体遗传结构分析
  • 3 结果与分析
  • 3.1 雪峰乌骨鸡mtDNA的提取与检测图
  • 3.2 PCR扩增及电泳检测图
  • 3.3 雪峰乌骨鸡mtDNAD-loop区序列比较及多态性
  • 3.4 数据库的建立
  • 3.5 雪峰乌骨鸡mtDNAD-loop区序列变异位点分析
  • 3.6 群体遗传多样性研究
  • 3.6.1 mtDNA单倍型分析
  • 3.6.2 单倍型多样度、核苷酸多样度和核苷酸差异均数
  • 4 讨论
  • 4.1 mtDNA提取方法的探讨
  • 4.1.1 不同组织中线粒体的分离
  • 4.1.2 线粒体DNA的提取
  • 4.2 D-loop区的生物学价值
  • 4.3 单倍型分析方法的应用探讨
  • 5 小结
  • 第三章 雪峰乌骨鸡的起源与分化研究
  • 1 实验材料
  • 2 数据分析
  • 2.1 单倍型间的系统进化研究
  • 2.2 单倍型间的网络关系分析
  • 3 结果与分析
  • 3.1 群体间的遗传距离
  • 3.2 雪峰乌骨鸡、其它家鸡与红色原鸡的系统发育关系研究
  • 3.2.1 分子系统进化树的构建
  • 3.2.2 单倍型网络关系分析
  • 4 讨论
  • 4.1 家鸡的起源
  • 4.2 雪峰乌骨鸡的起源
  • 4.3 雪峰乌骨鸡的遗传结构与多样性
  • 4.4 雪峰乌骨鸡的保护
  • 4.5 需要进一步研究和解决的问题
  • 5 小结
  • 全文结论
  • 参考文献
  • 附录:已登录的雪峰乌骨鸡mtDNAD-loop区基因序列
  • 致谢
  • 作者简历

    • 相关论文文献

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