直翅目昆虫Ubx和Wg基因的克隆与高级阶元系统发育关系

直翅目昆虫Ubx和Wg基因的克隆与高级阶元系统发育关系

论文摘要

直翅目(Orthoptera)隶属于昆虫纲(insecta)有翅亚纲(Pterygota)新翅下纲(Neoptera),包括蝗虫、蚱、蜢、螽斯、蟋蟀、蝼蛄等,全球已知25,000余种,中国已记录约2,360种。直翅目高级阶元的系统发育关系至今尚未定论,为大多数学者所接受的2亚目分类系统也受到来自分子数据的质疑。本论文基于2个发育调控基因(Ubx和Wg)序列对直翅目高级阶元的系统发育关系进行了分析。应用PCR、RT-PCR和巣式PCR的方法,分别得到3种昆虫Ubx基因117bp和9种昆虫Wg基因549bp(gap包括在内)的核苷酸序列。利用MEGA软件对序列进行碱基组成、替换分析,遗传距离等。同时从GenBank下载昆虫纲以及外群甲壳动物大型溞的相关基因序列,使用MEGA、PHYLIP、MrBayes和PAUP软件分别构建基于Ubx和Wg基因的系统发育树,结论如下:1、Ubx基因117bp的核苷酸序列高度保守。直翅目中变异位点数13个,占11.1%,全部发生在密码子的第3位点,均为同义突变,没有造成氨基酸序列的差异。碱基组成表现出明显的不均衡性,在直翅目类群中,密码子第3位点的G+C含量高达92.9%,但是密码子第2位的G+C含量却仅为33.4%。氨基酸组成上,不含天冬氨酸(Asp)、甘氨酸(Gly)、脯氨酸(Pro)、丝氨酸(Ser)、缬氨酸(Val)和酪氨酸(Tyr),碱性氨基酸精氨酸(Arg)的含量最高,为17.95%。2、Wg基因包括Gap在内的549bp的核苷酸序列保守位点数为375,占68.3%,密码子第3位的变异率最高,为56.3%,第2位点变异率为18.0%。碱基组成表现出明显的不均衡性,在直翅目类群中,密码子第3位点的G+C含量高达96.8%,但是密码子第2位的A+T含量却为52.9%。氨基酸组成上,12种直翅目昆虫涵盖20种氨基酸中,色氨酸(Trp)的含量最低,平均含量为0.56%,其次是异亮氨酸(Ile),平均含量为1.91%。碱性氨基酸精氨酸(Arg)的含量最高,为11.26%,甘氨酸(Gly)的含量次之,为11.12%。3、碱基替换饱和度分析显示,Ubx和Wg基因转换和颠换均为达到饱和。遗传距离分析均表现出直翅目类群间的遗传距离较小,而与外群的遗传距离较大。4、系统发育重建结果显示,基于Ubx基因部分序列构建的NJ树、MP树、ML树以及贝叶斯树都没有很好的解决直翅目的系统发育关系问题,这可能与Ubx基因这段序列长度和氨基酸组成上的高度保守有关系。而基于Wg基因部分序列构建的NJ树、MP树、ML树以及贝叶斯树都能够得到较为一致的系统发育关系:外群大型溞Daphnia magna最先从树的根部分出,整个昆虫纲聚为一支;在昆虫纲内,石蛃目昆虫作为原始的类群最早分出,有翅类群聚为一支;在有翅类群中,直翅目昆虫聚为一支,形成一个单系群,直翅目中分为2个分支,支持直翅目2亚目的分类系统。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 前言
  • 第一章 概述
  • 1 分子系统学研究概述
  • 1.1 分子系统学的定义
  • 1.2 分子系统学的形成与发展
  • 1.3 分子系统学基本原理与研究方法
  • 2 直翅目系统学研究概况
  • 2.1 直翅目昆虫简介
  • 2.2 直翅目的分类地位及高级阶元分类系统发展史
  • 2.3 直翅目各总科的主要形态特征
  • 2.4 核酸序列在直翅目系统学研究中的应用
  • 3 Ubx 和Wg 基因简介
  • 4 研究目的及意义
  • 第二章 研究内容及分析
  • 1 实验材料
  • 1.1 材料来源
  • 1.2 实验药品
  • 1.3 实验仪器及耗材
  • 2 实验方法
  • 2.1 总DNA 的提取(Proteinase K 消化法)
  • 2.2 总RNA 的提取(酸性胍-苯酚-氯仿提取法,AGPC)
  • 2.3 DNA 质量检测与梯度电泳
  • 2.4 RNA 质量检测
  • 2.5 反转录(RT)反应
  • 2.6 聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR )
  • 2.7 PCR 产物纯化
  • 2.8 PCR 产物克隆
  • 2.9 测序
  • 3 实验结果与分析讨论
  • 3.1 Ubx 和Wg 基因的确定
  • 3.2 Ubx 和Wg 基因的组成与变异
  • 3.3 遗传距离和碱基替换饱和度分析
  • 3.4 系统发育重建
  • 3.5 讨论
  • 第三章 结论
  • 参考文献
  • 附录1 Wg 基因序列比对
  • 附录2 Wg 基因部分序列氨基酸组成统计
  • 致谢
  • 攻读学位期间取得的科研成果
  • 相关论文文献

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