羟喜树碱结合肽的实验与模拟计算研究

论文摘要

通过羟喜树碱的结合肽研究,分析羟喜树碱结合肽的同源序列模式及其与羟喜树碱的结合机制,寻找羟喜树碱的结合蛋白质,为深入探究关于羟喜树碱的抗癌机制、耐药机制和毒理机制提供帮助。酯化脱水法制备生物素化羟喜树碱,使用Resourse15反相柱纯化,液质联用分析确证。SRB法鉴定生物素化羟喜树碱的抗癌活性。利用生物素化羟喜树碱包被的亲和素磁珠,采用噬菌体展示技术筛选得到十四条羟喜树碱结合肽,利用序列比对分析得出羟喜树碱结合肽保守性序列模式为xxxxxLxPxxxx,简并羟喜树碱结合肽保守性序列模式为xGxxGGGNxGGx。经生物信息学比对分析得到一系列肿瘤相关羟喜树碱结合蛋白,主要包括癌基因蛋白,癌基因靶标蛋白,癌基因调节蛋白,肿瘤特异性抗原,跨膜受体及受体相关蛋白,转录因子,两种受体型蛋白酪氨酸磷酸酶,一种G蛋白偶联受体,一种磷脂酰肌醇磷酸激酶,一种信号激活增殖相关蛋白等多个信号通路调节靶点以及肿瘤耐药蛋白等。构建并优化了羟喜树碱结构模型。构建并通过分子动力学优化了羟喜树碱结合肽结构模型。使用分子对接验证并分析了羟喜树碱与羟喜树碱结合肽的结合作用。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 绪言
• 1.1 课题研究背景
• 1.1.1 癌症治疗的方法和抗癌药物
• 1.1.2 抗癌药物目前存在的问题以及抗癌药物研究的发展趋势
• 1.1.3 羟喜树碱概述
• 1.1.4 噬菌体展示技术简介
• 1.1.5 序列比对分析技术概述
• 1.1.6 模拟计算简介及其在药物研究方面的应用
• 1.2 课题研究意义
• 1.3 课题研究内容
• 第二章 生物素化羟喜树碱的制备及药物活性检测
• 2.1 实验材料、仪器
• 2.1.1 实验材料
• 2.1.2 实验试剂
• 2.1.3 实验仪器
• 2.2 实验方法
• 2.2.1 生物素化羟喜树碱的合成
• 2.2.2 生物素化羟喜树碱的纯化
• 2.2.3 生物素化羟喜树碱的液质联用检测
• 2.2.4 细胞培养配置
• 2.2.5 生物素化羟喜树碱的药物活性鉴定
• 2.3 实验结果
• 2.3.1 生物素化羟喜树碱的制备与鉴定
• 2.3.2 生物素化羟喜树碱的药物活性分析
• 2.4 讨论
• 2.5 本章小结
• 第三章 噬菌体展示技术筛选羟喜树碱结合肽及其序列分析研究
• 3.1 实验材料、仪器
• 3.1.1 实验材料
• 3.1.2 实验试剂
• 3.1.3 实验仪器
• 3.2 实验方法
• 3.2.1 生物素化羟喜树碱包被链霉亲和素磁珠
• 3.2.2 噬菌体展示肽库淘洗筛选羟喜树碱结合肽
• 3.2.3 噬菌体滴度测定（梯度稀释法）
• 3.2.4 噬菌体单克隆的挑选与测序
• 3.2.5 羟喜树碱结合肽序列聚类分析
• 3.2.6 羟喜树碱结合肽同源蛋白比对分析
• 3.3 实验结果
• 3.3.1 羟喜树碱结合肽序列测定
• 3.3.2 羟喜树碱结合肽序列的聚类比对分析
• 3.3.3 羟喜树碱结合肽同源蛋白分析
• 3.4 讨论
• 3.4.1 羟喜树碱结合肽分析
• 3.4.2 现有实验现象讨论分析
• 3.4.3 待研究作用靶点讨论
• 3.5 本章小结
• 第四章 羟喜树碱结合肽的模拟计算分析
• 4.1 计算软件、设备
• 4.1.1 计算软件
• 4.1.2 计算设备
• 4.2 计算方法
• 4.2.1 羟喜树碱的建模与结构优化
• 4.2.2 羟喜树碱结合肽的建模与结构优化及其分子动力学模拟计算
• 4.2.3 羟喜树碱结合肽与羟喜树碱的分子对接模拟计算
• 4.3 计算结果
• 4.3.1 羟喜树碱的建模与结构优化结果
• 4.3.2 羟喜树碱结合肽的结构优化结果
• 4.3.3 羟喜树碱结合肽的分子动力学模拟计算结果
• 4.3.4 羟喜树碱与羟喜树碱结合肽的分子对接模拟计算结果
• 4.4 讨论
• 4.5 本章小结
• 第五章 总结与展望
• 5.1 课题总结
• 5.2 课题发展方向
• 致谢
• 参考文献
• 附录：作者在攻读硕士学位期间发表的论文