VLDL相关基因的多态性及血清VLDL浓度对肉种母鸡繁殖性能的影响

论文摘要

在卵黄的形成过程中,需要肝脏合成的极低密度脂蛋白（VLDL）作为载体,与卵泡膜上的受体结合,将胆固醇转运进入卵泡膜。在VLDL的合成与转运过程中,Apo-VLDL II基因、Apo-B基因和OVR基因起着重要的调控作用。因此,本试验以肉种母鸡为研究对象,研究了血清VLDL浓度、这三个基因的多态性及其与繁殖性状的关系,结果如下：本试验检测了148份QM母鸡的血清VLDL浓度,按浓度大小由低到高分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组（44～200、201～380、381～720、720～1070mg/ml血清）,各组对应的产蛋量依次为：97.30、100.35、98.19、98.12。其中,Ⅱ组与其他组的产蛋量差异显著（0.01<P<0.05）,其他组之间的产蛋量差异不显著（P>0.05）,表明中等血清VLDL浓度组（200-380mg/ml）的产蛋量最高。各组受精蛋孵化率和受精蛋健雏率差异均不显著（P>0.05）。试验采用PCR-SSCP和PCR-RFLP的方法,在三个基因上共检测到四个变异位点。在Apo-B基因上检测到3个多态位点：SNP1（26732bp,T/G）和SNP3（38349bp,9bp的插入缺失）为高度多态（PIC>0.5）,SNP2（4578bp,A/G）为中度多态（0.25<PIC<0.5）；在OVR基因上检测出SNP4（3967bp,T/G）,为高度多态（PIC>0.5）；在Apo-VLDL II基因上进行全序列扩增,未发现多态位点。Apo-B基因多态性与繁殖性状的关联分析发现：在300日龄产蛋量性状中,SNP1和SNP3的不同基因型差异显著（0.01<P<0.05）,AB型比AA型高4.38个,HH型比GG型高3.25个。在300日龄蛋重中,SNP3的HH型比GG型高2.50g,差异达到显著水平（0.01<P<0.05）。进一步分析发现,单倍型组合在300日龄产蛋量、300日龄蛋重和受精蛋健雏率中的差异达到显著水平（0.01<P<0.05）：300日龄产蛋量的最好单倍型组合为H1H3（ACE-ADE,92.83）,最差单倍型组合为H3H4（ADE-ADF,85.52）,二者相差7.21枚蛋,大于前面单位点变异所显示出的效应；300日龄蛋重的最好单倍型组合为H4H6（ADF-BCF,54.17）,最差单倍型组合为H1H3（ACE-ADE,50.46）,相差3.71g,也大于前面单位点变异所显示出的效应；受精蛋健雏率的最好单倍型组合为H4H6（ADF-BCF,0.97）,最差单倍型组合为H2H6（ACF-BCF,0.89）,二者相差0.08。OVR基因多态性与繁殖性状的关联分析发现：MM型和KK型在300日龄产蛋量和开产日龄上的差异显著（0.01<P<0.05）。在300日龄产蛋量上,KK型比MM型高6.86个；在开产日龄上,KK型比MM型早2.84天；表明KK型是高产蛋量和早开产的优势基因型。MM型和MK型在受精蛋健雏率上的差异显著（0.01<P<0.05）,MM型比MK型高0.04,表明MM基因型是高受精蛋健雏率的优势基因型。基因多态性与血清VLDL浓度的关联分析发现：SNP1中BB型（234.75 mg/ml）的血清VLDL浓度极显著（P<0.01）低于AA型（349.23mg/ml）,并且两基因型间的受精蛋孵化率和受精蛋健雏率差异均不显著（P>0.05）。因此,BB型是较低VLDL浓度的优势基因型。综上所述,中等血清VLDL浓度组（201～380mg/ml）的产蛋量最高。Apo-B基因SNP1的AB型是高产蛋量的优势基因型,SNP3的HH型是高产蛋量和高蛋重的优势基因型。OVR基因SNP4的KK型是高产蛋量和早开产的优势基因型。对于Apo-B基因和OVR基因多态性、血清VLDL浓度水平和繁殖性状三者的关系仍需进一步研究。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 目录
• 1 文献综述
• 1.1 产蛋鸡VLDL研究进展
• 1.1.1 VLDL的结构及合成
• 1.1.2 VLDL的转运及代谢机制
• 1.1.3 Apo-VLDLⅡ结构与功能
• 1.1.4 Apo-B结构与功能
• 1.1.5 OVR结构与功能
• 1.2 本研究涉及的候选基因
• 1.2.1 Apo-VLDLⅡ基因
• 1.2.2 Apo-B基因
• 1.2.3 OVR基因
• 1.3 本研究的目的和意义
• 2 试验材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 供试样本
• 2.1.2 主要仪器设备
• 2.1.3 主要试剂及配置
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 技术路线
• 2.2.2 血样采集
• 2.2.3 血清VLDL浓度的测定
• 2.2.4 总DNA的提取
• 2.2.5 DNA样品纯度和浓度的检测
• 2.2.6 引物设计和引物稀释
• 2.2.7 PCR扩增
• 2.2.8 PCR产物的纯化回收
• 2.2.9 PCR-RFLP分析
• 2.2.10 SSCP分析和基因型判定
• 2.3 数据处理方法
• 2.3.1 血清VLDL浓度与繁殖性状的相关分析
• 2.3.2 基因频率和基因型频率的计算
• 2.3.3 多态信息含量（PIC）
• 2.3.4 基因SNPs与血清VLDL浓度及繁殖性状的关联分析
• 2.3.5 单倍型的构建
• 2.3.6 生物信息学分析
• 3 结果与分析
• 3.1 群体间的繁殖性能分析
• 3.2 VLDL与繁殖性状的相关分析
• 3.2.1 血清VLDL浓度与产蛋量的显著性分析
• 3.2.2 血清VLDL浓度与受精蛋孵化率和受精蛋健雏率的显著性分析
• 3.3 总DNA提取结果
• 3.4 PCR扩增结果
• 3.4.1 Apo-VLDLⅡ基因PCR扩增结果
• 3.4.2 Apo-B基因PCR扩增结果
• 3.4.3 OVR基因PCR扩增结果
• 3.5 Apo-B基因的结果分析
• 3.5.1 Apo-B基因酶切结果分析
• 3.5.2 Apo-B基因PCR-SSCP多态检测结果
• 3.6 OVR基因结果分析
• 3.7 突变位点统计
• 3.8 基因群体遗传学分析
• 3.8.1 Apo-B基因群体遗传学分析
• 3.8.2 基因单个多态位点对繁殖性状的遗传效应分析
• 3.8.3 Apo-B基因单倍型的构建及其对繁殖性状的遗传效应分析
• 3.8.4 单个多态位点对血清VLDL浓度的遗传效应分析
• 3.9 生物信息学分析
• 4 讨论
• 4.1 血清VLDL浓度与产蛋量的相关分析
• 4.2 血清VLDL浓度与孵化率的相关分析
• 4.3 鸡Apo-B基因的多态性及遗传效应
• 4.3.1 Apo-B基因变异的鉴定
• 4.3.2 Apo-B基因与繁殖性状及血清VLDL浓度的关联分析
• 4.4 鸡OVR基因的多态性及遗传效应
• 4.5 SNPs的生物信息学分析
• 5 结论
• 参考文献
• 致谢