导读:本文包含了基因表达图谱论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:乳腺癌,差异表达基因,KEGG通路富集,GO功能富集
基因表达图谱论文文献综述
张燚铭,马世良[1]（2019）在《基于TCGA数据库乳腺癌不同病理阶段基因表达图谱建立》一文中研究指出目的早期诊断和精准靶向治疗是提高乳腺癌治愈率、降低死亡率的有效途径。本研究旨在通过生物信息学方法,分析癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中人类乳腺癌不同临床病理分期的癌组织与癌旁组织基因之间的差异,获得不同临床病理分期相关特异性标志基因,为乳腺癌不同临床病理分期的分子诊断及靶向治疗方案的确定提供参考。方法 TCGA数据库中IlluminaHiSeq_RNASeqV2平台下临床样本数据集中的722个乳腺癌转移基因组数据,对临床病理分期Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ阶段的癌组织与癌旁组织基因之间的差异表达进行分析,以基因差异表达绝对值相差5倍作为候选标准进行分析,选择其中|log2FC|≥2.5且P≤0.05的基因进行差异表达基因分析,获得差异表达基因谱。将得到的差异表达基因进一步通过Enrichr与Kobas网站工具分别进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,确定差异表达基因的功能及作用通路。利用Targetscan和Mirwalk等工具构建与靶基因相关联的miRNA,建立临床病理分期各阶段关联表达的miRNA图谱。Cytoscape软件建立乳腺癌临床病理分期的基因表达与相应miRNA相关性图谱。结果共获得乳腺癌癌组织和癌旁组织差异表达基因112个,其中癌组织高表达的基因有34个,癌旁组织高表达基因有78个。各阶段的特异性差异表达基因Ⅰ期5个、Ⅱ期4个、Ⅲ期2个和Ⅳ期13个,其中各阶段上调基因Ⅰ期4个、Ⅱ期0、Ⅲ期0和Ⅳ期4个,下调基因Ⅰ期1个、Ⅱ期4个、Ⅲ期2个和Ⅳ期9个。GO富集分析显示,各阶段特异性差异表达基因主要包括与癌细胞外基质组织、细胞周期的调控基因、蛋白质磷酸化调控、细胞增殖的调节、染色体功能、细胞膜完整性、金属内肽酶活性、蛋白激酶结合性、半胱氨酸型内肽酶抑制活性及细胞因子活性相关。KEGG通路富集分析显示,癌组织差异表达基因显着富集在癌症通路、细胞因子受体相互作用通路、卵母细胞减数分裂通路与细胞周期通路中。miRNA靶向的反向通路富集中,建立miRNA与mRNA共同作用的各阶段特异性通路,获得mRNA高表达与相应的miRNA低表达相关的临床病理分期基因表达差异图谱。结论通过分析TCGA乳腺癌癌组织与癌旁组织基因表达差异,获得了临床病理Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期特异性标志基因,并通过GO聚类分析和KEGG通路富集分析,获得了病理分期各阶段在细胞增殖、浸润、分化、定向转移与扩散等分子过程的差异。本研究为乳腺癌临床各阶段的诊断和精准靶向治疗提供了依据,为进一步了解乳腺癌各阶段的分子机制提供了新的信息。(本文来源于《中华肿瘤防治杂志》期刊2019年16期）
Maniatis,S[2]（2019）在《新的ALS基因表达图谱为疾病进展提供了前所未有的细节》一文中研究指出据Maniatis S 2019年4月5日[Science,2019,364(6435):89-93.]报道,美国纽约基因组中心、布罗德研究所、哥伦比亚大学、斯坦福大学、纽约大学、弗莱提荣研究所(Flatiron Institute)和瑞典皇家理工学院的研究人员利用新技术绘制出脊髓样本的基因表达图谱,这就为肌肉侧索硬化症(ALS,也称渐冻人症)患者的疾病发生和进展机制提供了新的见解。他们将空间转录组学(spatial transcriptomics)和一种新的计算方法结合在一起,获得脊髓中将近1.2万个基因在时间和空间上的基因表达测量值。结果就是产生一种新的多维基因表达图谱。这种基因表达图谱提供了史无前例的细节和规模,并且提供了一个以前无法获得的关于ALS疾病进展的观点。(本文来源于《生物医学工程与临床》期刊2019年03期）
李锦忠,龚晓兵[3]（2019）在《异常表达的甲基化驱动基因谱在肝细胞癌中的预后价值:基于癌症基因组图谱的研究》一文中研究指出目的从甲基化驱动基因角度构建肝细胞癌(LIHC)的预后风险模型,为了解其发病机制和预后监测提供了有效的生物信息学基础。方法从癌症基因组图谱数据库下载肝细胞癌相关3级的RNA-seq数据和DNA methylation数据,并使用R-limma和R-MethylMix包筛选出癌症组织和正常组织中的差异性甲基化驱动基因。DAVID和Consensus Path DB分别用于分析差异甲基化驱动基因的GO富集和PATHWAY途径,单因素和(本文来源于《第十届全国疑难及重症肝病大会论文汇编》期刊2019-05-16）
张宇君,王普昶,赵丽丽,曾庆飞,张雄[4]（2019）在《巴哈雀稗PnDREB2基因克隆及时序表达图谱构建》一文中研究指出脱水反应元件结合蛋白(DREBs)在植物非生物逆境胁迫中可调节下游一系列抗逆基因的表达。为探究巴哈雀稗DREB2基因在逆境胁迫下的功能,本研究采用RNA-Seq结合RT-PCR技术从巴哈雀稗中获得一个DREB2基因CDS区全序列,命名为PnDREB2(GenBank登录号:MH150946)。核苷酸序列分析表明,该基因开放阅读框全长774 bp,编码257个氨基酸,相对分子质量为28.09 kD,理论等电点为5.25;该植物蛋白中具有DREB类基因家族典型的保守域AP2结构域,属于DREB2类转录因子A类中A2亚类的亚型1。进化和聚类分析结果表明,巴哈雀稗PnDREB2基因与高粱、割手密、玉米、谷子及牛鞭草亲缘关系较近,氨基酸序列同源性分别为91.10%、89.50%、88.20%、87.60%和87.60%。RT-qPCR和生物信息学分析表明,PnDREB2基因在茎中表达量最高,幼穗次之,叶最低;表达产物定位于细胞质中,具有26个磷酸化位点,并具有结构和功能的特异性。PnDREB2表达量受干旱(PEG-6000,20%)和高温(40℃)的强烈诱导,同时也受到高盐(NaCl,300 mmol·L~(-1))、低温(4℃)、脱落酸(ABA,100μmol·L~(-1))和赤霉素(GA,100μmol·L~(-1))等非生物胁迫和激素的不同程度诱导,随着处理时间的延长,整体上均呈先增加后降低的趋势。本试验为巴哈雀稗抗逆分子机理研究与抗性增强的转基因材料培育奠定了理论基础。(本文来源于《核农学报》期刊2019年01期）
卞承玲,戴剑,陆亚云,李子文,常乐[5]（2018）在《基于癌症基因组图谱数据库的结直肠腺癌加权基因共表达网络的构建与分析》一文中研究指出目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库结直肠腺癌组织样本表达谱数据,筛选差异表达的基因及微小RNA(miRNA),构建结直肠癌加权基因共表达网络,分析预后相关基因及miRNA。方法首先在TCGA数据库下载结直肠腺癌组织样本表达谱数据,应用生物信息学原理探索并分析差异表达基因及miRNA,构建加权基因共表达网络,筛选其枢纽基因及相关miRNA,进而发现预后相关枢纽基因及miRNA。结果共发现2个核心网络,结合2个核心网络的top10枢纽基因及相关miRNA,进一步确定了和预后相关的基因及miRNA,分别为CYP2E1和mir-885。结论构建结直肠癌加权基因共表达网络可为研究结直肠癌的潜在发病机制提供了参考,枢纽基因及相关miRNA有可能作为诊断的生物标志物和治疗靶点应用于临床。(本文来源于《海军医学杂志》期刊2018年05期）
周童[6]（2018）在《合浦珠母贝遗传连锁图谱构建、QTL定位及热休克蛋白基因HSP22的克隆与表达研究》一文中研究指出合浦珠母贝(Pinctada fucata)是世界上培育海水珍珠的主要贝种,其分布广泛,在太平洋、印度洋和大西洋的主要热带和温带海洋都有分布。它也是中国重要的海水养殖种类,其培育的珍珠即为闻名遐迩的“南珠”,具有极高的经济价值。中国合浦珠母贝的遗传育种研究经历了十余年的发展,在不同年代提供了针对养殖育种现状和经济需求的多种研究思路及方案,并取得过丰硕成果。随着现代生物技术不断进步发展,各种水产动物包括合浦珠母贝的遗传育种都迎来了新的思考角度和发展机遇。相比传统的家系选育需要多个世代长达十几年的育种年限,现代生物技术能大大加速育种的效率,也能针对种质衰退、养殖环境恶化等现状,提供多水平更精准的遗传育种解决方案。全基因组SNP分型技术能对合浦珠母贝遗传育种工作带来技术上的进步升级,具有广阔的研究及应用前景。为此,本研究以合浦珠母贝为研究对象,开展的研究包括(1)基于GBS简化基因组技术的大规模SNP标记的开发、注释及个体基因分型;(2)利用开发的SNP标记构建高密度遗传连锁图谱,并结合采集的该家系表型信息,进行QTL定位及分析;(3)克隆了合浦珠母贝热休克蛋白基因HSP22,并探究了高温胁迫下,类胡萝卜素对HSP22基因的表达影响。主要结果如下:(1)对构建的10个合浦珠母贝家系的亲本及对应子代共计978个个体进行GBS简化基因组测序,统计比对结果发现,所有样品获得的标签平均数目为312,008个,平均测序深度为13×,对基因组的覆盖度范围为0.84%~12.50%;对合浦珠母贝全部样品的测序数据进行分型,共计获得129,584个SNP位点,注释结果显示整体变异率为每4,875个碱基出现1次变异;(2)构建出A7家系的遗传连锁图谱,上图标记数为2,485个,共生成14个遗传连锁群,图谱总长度为1,697.01 cM,全部连锁群平均标记间隔为0.69 cM;对9个性状进行QTL定位,共定位到与7个性状相关的13个主效QTLs,各QTL位点的LOD值范围为3.57~5.78,可解释表型变异范围为17.0%~26.1%;(3)获得了HSP22基因cDNA序列,命名为PfHSP22,NCBI登录号为MG013985,其全长2,187 bp,开放阅读框699 bp,编码232个氨基酸。常温条件下,PfHSP22在类胡萝卜素含量高的橘色组和含量低的白色组的各组织均有表达,足中表达量最高,且橘色组均显着高于白色组(P<0.05),表明类胡萝卜素含量高低可能影响PfHSP22的基础表达水平。高温胁迫时,橘色组和白色组各组织PfHSP22表达量在前3小时基本呈现下降趋势,之后呈现出升高或下降的复杂变化;其中一些组织的PfHSP22表达量显着升高时间是橘色组晚于白色组,可能是由类胡萝卜素含量差异引起。这些结果为进一步探究类胡萝卜素和HSP22基因在高温胁迫下的相互作用奠定了一定基础。本研究将GBS简化基因组测序技术运用到合浦珠母贝大规模SNP标记开发中,是第一张基于GBS构建的合浦珠母贝遗传连锁图谱,定位到的13个主效QTLs可以用于后续筛选关键基因,对合浦珠母贝的育种工作具有重要指导意义;本研究获得了HSP22基因全序列,为研究HSP22蛋白功能奠定了基础,也初步探究了类胡萝卜素对HSP22基因的表达影响,能为合浦珠母贝橘色闭壳肌家系选育提供理论基础。(本文来源于《上海海洋大学》期刊2018-05-01）
ZHANG,Q,SUN,W,SUN,BY,XIAO,Y,ZHANG,Z[7]（2018）在《家蚕卵子发生基因表达动态图谱》一文中研究指出家蚕卵子发生的是一个包括卵黄发生前、卵黄发生和绒毛膜发生的复杂的过程。家蚕卵子发生期间卵泡会出现激烈的形态及生理变化。然而,在卵子发生过程中基因的表达情况仍有待确定。重庆大学ZHANG Q等对卵子发生各时期的卵巢进行了转录组测序,并成功的构建了卵子发生期间的动态基因表达图谱。分析表明,在不同的发育阶段共鉴定了1 932个差异表达基因,其中大多数是在卵黄发生后期到绒毛膜发生起始的过度阶段。继而进行加权基因共表达网络分析,结果鉴定到了6组对应不同调控通路的时期特异表达的基因。值得注意的是,其中一组基因对应的通路是蜕皮激素(20E)合成通路。进一步分析表明,蜕化类固醇20-羟化酶基因(CYP314A1)主要在卵黄发生前和卵黄发生初期表达。然而,20E灭活基因,尤其是蜕化类固醇26-羟化酶基因(Cyp18a1),在卵黄发生后期呈现高表达。研究人员推测,20E合成和代谢相关基因的不同表达模式可能确保了卵黄发生到绒毛膜发生的过渡时期激素滴度能快速下降。此外,研究团队还将家蚕(鳞翅目)卵子发生的基因调控情况与果蝇(双翅目)相比较,结果显示,在这些昆虫的卵子发生过程中是存在一些共同的基因表达模式的。(本文来源于《广西蚕业》期刊2018年01期）
洪朝金,卢丽琴,郭勇,钦志泉[8]（2017）在《大肠癌组织与癌旁正常组织基因差异表达图谱及信号通路研究》一文中研究指出目的筛查人大肠癌肿瘤组织与相应癌旁正常组织差异表达基因。方法应用NimbleGen基因芯片检测4例大肠癌肿瘤组织及相应癌旁正常组织基因表达谱,并以RT-PCR技术对部分基因芯片检测结果进行验证,利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果大肠癌肿瘤组织和癌旁正常组织差异表达基因共5 042条,其中表达水平上调3 399条,下调1 643条,这些基因涉及多个信号通路。结论本研究结果可为寻找大肠癌分子标记物和探索大肠癌发生的分子机制提供实验依据。(本文来源于《浙江医学》期刊2017年09期）
张雄,张勇,尚以顺,陈祥,史开志[9]（2017）在《从江香猪LPL基因克隆、多态及时序表达图谱构建》一文中研究指出脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)具有调控动物机体脂肪沉积的功能,但在小型地方猪种中LPL基因分子遗传机制研究鲜有报道。为探究LPL基因调控功能,揭示其对从江香猪(Sus scrofa)肉质性状的影响,本研究以从江香猪为实验动物,利用RT-PCR技术克隆从江香猪LPL基因CDS区(Gen Bank No.1994531),生物信息学软件预测蛋白理化性质及结构特征,通过限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)技术对从江香猪LPL基因第5内含子AfaⅠ位点进行遗传效应分析,运用q RT-PCR技术分析不同月龄阶段从江香猪背最长肌组织中LPL mRNA表达发育规律,并研究其与肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量相关性。结果表明,从江香猪LPL基因CDS区全序列长1 437 bp,共编码478个氨基酸,构成具有PLAT/LH2结构域的稳定亲水性蛋白。不同品种猪间氨基酸序列的同源性很高,其中从江香猪与挪威长白猪和陆川猪氨基酸序列的同源性高达99.8%,与贵州白香猪同源性最低,为99.2%。PCR-RFLP分析结果显示,AfaⅠ位点共检测到CC、CG和GG 3种基因型,其中CG为优势基因型,等位基因C和G的频率分别为35.05%和64.95%,从江香猪群体在此位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;CC基因型的皮厚显着高于CG型(P<0.05),但背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪含量与其他基因型个体间差异不显着(P>0.05)。时序表达谱显示,不同月龄阶段从江香猪背最长肌组织中LPL mRNA表达水平呈现出先降低后升高的趋势,LPL mRNA表达量与IMF呈显着正相关(P<0.05)。结果表明,LPL基因可作为影响从江香猪脂肪沉积的关键候选基因之一,实验结果可为从江香猪LPL基因结构功能的后续研究提供理论依据。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2017年04期）
连秋宇,张谷超,王东方,古槿[10]（2017）在《肝癌基因表达图谱构建与分析》一文中研究指出肝癌是高发的癌症类型之一,发现肝癌分子分型与分子标志物对肝癌的精准诊疗具有重要的意义。发现新的分子亚型或标志物需要大规模数据的支持,我们系统收集整理了源自临床样本的肝癌基因表达谱,并开发了肝癌表达图谱数据库HCCDB,目前数据库已收录了超过3000例临床样本的表达数据,数据库还供临床特征分析、差异表达分析、共表达分析以及文献挖掘等功能。同时,我们还收集整理了全基因组DNA甲基化(约800例)、染色体拷贝数变异(约600例)等数据。(本文来源于《中国生物工程学会第二届青年科技论坛暨首届青年工作委员会学术年会摘要集》期刊2017-04-08）
基因表达图谱论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
据Maniatis S 2019年4月5日[Science,2019,364(6435):89-93.]报道,美国纽约基因组中心、布罗德研究所、哥伦比亚大学、斯坦福大学、纽约大学、弗莱提荣研究所(Flatiron Institute)和瑞典皇家理工学院的研究人员利用新技术绘制出脊髓样本的基因表达图谱,这就为肌肉侧索硬化症(ALS,也称渐冻人症)患者的疾病发生和进展机制提供了新的见解。他们将空间转录组学(spatial transcriptomics)和一种新的计算方法结合在一起,获得脊髓中将近1.2万个基因在时间和空间上的基因表达测量值。结果就是产生一种新的多维基因表达图谱。这种基因表达图谱提供了史无前例的细节和规模,并且提供了一个以前无法获得的关于ALS疾病进展的观点。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因表达图谱论文参考文献
[1].张燚铭,马世良.基于TCGA数据库乳腺癌不同病理阶段基因表达图谱建立[J].中华肿瘤防治杂志.2019
[2].Maniatis,S.新的ALS基因表达图谱为疾病进展提供了前所未有的细节[J].生物医学工程与临床.2019
[3].李锦忠,龚晓兵.异常表达的甲基化驱动基因谱在肝细胞癌中的预后价值:基于癌症基因组图谱的研究[C].第十届全国疑难及重症肝病大会论文汇编.2019
[4].张宇君,王普昶,赵丽丽,曾庆飞,张雄.巴哈雀稗PnDREB2基因克隆及时序表达图谱构建[J].核农学报.2019
[5].卞承玲,戴剑,陆亚云,李子文,常乐.基于癌症基因组图谱数据库的结直肠腺癌加权基因共表达网络的构建与分析[J].海军医学杂志.2018
[6].周童.合浦珠母贝遗传连锁图谱构建、QTL定位及热休克蛋白基因HSP22的克隆与表达研究[D].上海海洋大学.2018
[7].ZHANG,Q,SUN,W,SUN,BY,XIAO,Y,ZHANG,Z.家蚕卵子发生基因表达动态图谱[J].广西蚕业.2018
[8].洪朝金,卢丽琴,郭勇,钦志泉.大肠癌组织与癌旁正常组织基因差异表达图谱及信号通路研究[J].浙江医学.2017
[9].张雄,张勇,尚以顺,陈祥,史开志.从江香猪LPL基因克隆、多态及时序表达图谱构建[J].农业生物技术学报.2017
[10].连秋宇,张谷超,王东方,古槿.肝癌基因表达图谱构建与分析[C].中国生物工程学会第二届青年科技论坛暨首届青年工作委员会学术年会摘要集.2017