小黑杨(Populus simonii×P.nigra)花粉功能基因组和蛋白质组研究

小黑杨(Populus simonii×P.nigra)花粉功能基因组和蛋白质组研究

论文摘要

在显花植物授粉受精过程中,具顶端极性生长特性的花粉管是雄性生殖单位的载体,也是研究细胞生长分子调控机理的理想材料。本研究以小黑杨(Populus simonii×P.nigra)风干的成熟花粉(MP)、吸水花粉(HP)、花粉管(PT)为试材。采用细胞学观察、Solexa测序、双向电泳、基于液相色谱串联质谱的非标记定量(Label-free LC MS/MS)等技术方法,研究了小黑杨花粉的萌发动态及萌发率、花粉离体培养的适宜条件、花粉萌发(从MP到HP,称为PG)和花粉管生长(从HP到PT,称为PTG)的差异表达基因与差异表达蛋白极其功能分类等。得出以下结论:1.小黑杨成熟花粉为2-细胞型花粉。花粉萌发动态的观察表明:从1、2、4、6、7h,萌发率逐渐上升,7h萌发率可达70%以上,花粉管的平均长度为200-300gm2.小黑杨花粉离体培养的适宜条件:室温21℃左右,PH6.3,蔗糖、硼酸(H3BO3)和氯化钙(CaCl2)含量分别为15%、20mg/L和40mg/L3.Solexa测序结果评估:三个样品的有效标签数量最高达4.5M,最低2.5M,能够匹配到基因的标签数量约占50%左右,唯一性标签匹配到的基因数量达1万个左右,检测到的新的转录本有3-4万个,总体上测序数据正常4.转录的基因总数从MP到HP呈下降趋势,从HP到PT呈上升趋势;特异表达基因比例从MP到HP显著下降,从HP到PT显著上升;PG差异表达的基因中下调表达基因占优势,PTG差异表达的基因中上调表达占优势。说明成熟花粉已经包含了萌发和花粉管早期生长需要的大部分RNA,在花粉管生长阶段出现了新基因表达5.差异表达基因分子功能富集分析表明:在花粉萌发和花粉管生长过程中,和催化活性,结合,运输活性,酶调控活性相关的转录本被高度代表6.差异表达基因的生物学过程富集分析表明:PG主要和运输、定位及定位的建立等生物过程相关,PTG主要和鞘脂代谢过程、膜质代谢过程及乙醇代谢过程相关7.Pathway富集分析表明:PG过程显著富集的途径包括钙信号途径、磷脂酰肌醇信号途径,MAPK信号途径、磷酸肌醇代谢等49个。PTG过程显著富集的途径包括鞘脂代谢,半乳糖代谢,糖酵解,泛素介导的蛋白质水解等24个8.质谱分析得到612个差异表达蛋白。去冗余后得到301个差异表达蛋白。其中,MP特异表达的蛋白有5个,HP特异表达的蛋白有155个,PT特异表达蛋白有64个,特异表达的蛋白从MP到HP显著上升,从HP到PT显著下降9.301个蛋白质被分成12个不同功能类别。与碳水化合物和能量代谢、蛋白质代谢相关的蛋白占50%左右;和防御或胁迫、细胞壁构建和代谢、运输、细胞骨架动力学相关的蛋白占30%左右10.基因表达谱数据和蛋白质组数据整合分析表明,两者的相关性很低,甚至呈现反向的对应关系

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 绪论
  • 1.1 前言
  • 1.2 花粉管的结构
  • 1.2.1 花粉管的生长特点
  • 1.2.2 花粉管细胞壁结构以及化学成份
  • 1.3 花粉萌发和花粉管生长的过程
  • 1.4 花粉萌发和花粉管生长的影响因素
  • 1.5 花粉管生长的调节机制
  • 1.5.1 钙浓度在花粉萌发和生长中的作用
  • 1.5.2 肌动蛋白微丝在花粉管延伸过程中的作用
  • 1.6 花粉基因组表达水平的研究
  • 1.6.1 花粉转录组的总体特点
  • 1.6.2 重要细胞过程相关基因在花粉中的表达特征
  • 1.6.3 基因表达谱研究方法的新进展
  • 1.7 花粉蛋白质组研究进展
  • 1.7.1 蛋白质组学研究中的主要技术
  • 1.7.2 花粉蛋白质组研究进展
  • 1.8 研究的目的意义
  • 1.9 研究内容和技术路线
  • 1.9.1 研究内容
  • 1.9.2 技术路线
  • 2 小黑杨成熟花粉及萌发的细胞学观察
  • 2.1 材料和方法
  • 2.1.1 花粉材料
  • 2.1.2 主要试剂及溶液配制
  • 2.1.3 实验方法
  • 2.2 结果分析
  • 2.2.1 花粉萌发率统计
  • 2.2.2 成熟花粉和萌发状态的观察
  • 2.3 讨论
  • 2.3.1 花粉萌发及花粉管生长的影响因素
  • 2.3.2 小黑杨成熟花粉萌发的动态过程和细胞学观察
  • 2.4 本章小结
  • 3 小黑杨花粉萌发及花粉管生长的基因表达谱比较分析
  • 3.1 材料和方法
  • 3.1.1 花粉材料
  • 3.1.2 主要试剂和主要仪器
  • 3.1.3 试验方法
  • 3.2 结果分析
  • 3.2.1 花粉收集和花粉体外萌发和生长
  • 3.2.2 三个阶段样品总RNA的质量检测结果
  • 3.2.3 Solexa测序结果分析
  • 3.2.4 Solexa结果验证
  • 3.3 讨论
  • 3.3.1 花粉萌发和花粉管生长过程转录水平分析
  • 3.3.2 与花粉萌发和花粉管生长功能相关的基因
  • 3.3.3 与花粉管生长相关的代谢和信号途径
  • 3.4 本章小结
  • 4 小黑杨花粉萌发和花粉管生长的比较蛋白质组学
  • 4.1 材料和方法
  • 4.1.1 花粉材料
  • 4.1.2 主要试剂和仪器
  • 4.1.3 试验方法
  • 4.2 结果分析
  • 4.2.1 小黑杨花粉蛋白质提取的定量结果
  • 4.2.2 利用双向电泳技术评估各样品总体的蛋白表达差异
  • 4.2.3 小黑杨花粉蛋白质Label-free LC MS/MS鉴定结果
  • 4.3 讨论
  • 4.3.1 碳水化合物和能量代谢
  • 4.3.2 细胞壁构建和代谢相关的蛋白
  • 4.3.3 蛋白质代谢相关的蛋白质
  • 4.3.4 防御或胁迫反应相关的蛋白
  • 4.3.5 运输/ATP合成相关的蛋白质
  • 4.3.6 细胞骨架动态相关的蛋白
  • 4.3.7 信号相关蛋白
  • 4.3.8 脂类代谢
  • 4.4 本章小结
  • 结论
  • 参考文献
  • 附录
  • 攻读学位期间发表的学术论文
  • 致谢
  • 相关论文文献

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